More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2423 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 345 aa  712    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  86.38 
 
 		 345 aa  626  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5786  LysR family transcriptional regulator  73.62 
 
 		 345 aa  521  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.286417 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5557  LysR family transcriptional regulator  73.33 
 
 		 345 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6638  LysR family transcriptional regulator  60.55 
 
 		 338 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5409  transcriptional regulator, LysR family  62.86 
 
 		 347 aa  416  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2342  transcriptional regulator, LysR family  57.01 
 
 		 344 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4625  LysR family transcriptional regulator  58.92 
 
 		 331 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00069577 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  58.15 
 
 		 353 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  58.13 
 
 		 359 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5256  LysR family transcriptional regulator  58.13 
 
 		 359 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1996  transcriptional regulator, LysR family  54.78 
 
 		 343 aa  348  9e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 303 aa  211  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  205  7e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 298 aa  197  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 335 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 289 aa  193  4e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.17 
 
 		 298 aa  193  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 298 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.83 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 304 aa  189  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  189  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 324 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  32.53 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 297 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2413  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 292 aa  186  6e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 310 aa  186  7e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  33.68 
 
 		 288 aa  186  7e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  32.53 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  34.02 
 
 		 306 aa  184  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 289 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 299 aa  182  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  33.8 
 
 		 302 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.19 
 
 		 290 aa  181  1e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2223  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  36.55 
 
 		 297 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 293 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 289 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 292 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 292 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 293 aa  178  9e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 289 aa  178  9e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 292 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5623  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.919335  normal  0.153906 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 428 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 415 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  35.34 
 
 		 435 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  32.65 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 291 aa  177  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 324 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3454  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 310 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0269  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 337 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 324 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1524  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551916 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 324 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 338 aa  176  4e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 324 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 324 aa  176  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 324 aa  176  7e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2573  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 303 aa  176  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.888641  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 326 aa  175  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  34.97 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  34.97 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  35.31 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2283  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.95602  normal  0.350255 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>