More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4069 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
259 aa  521  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  76.74 
 
 
257 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.25 
 
 
257 aa  374  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.2 
 
 
264 aa  309  4e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.67 
 
 
260 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.67 
 
 
260 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.54 
 
 
264 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.35 
 
 
255 aa  298  4e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.18 
 
 
267 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.96 
 
 
254 aa  279  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.41 
 
 
270 aa  279  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_003296  RS02008  oxidoreductase protein  62.26 
 
 
257 aa  270  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.91 
 
 
254 aa  264  1e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
258 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
266 aa  258  9e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.8 
 
 
244 aa  227  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2681  putative oxidoreductase  52.8 
 
 
253 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
261 aa  219  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
253 aa  214  7e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
249 aa  209  4e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128748  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.43 
 
 
245 aa  205  5e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
252 aa  201  7e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
252 aa  199  3.9999999999999996e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.55845  normal  0.496669 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.58 
 
 
261 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 
285 aa  192  6e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.35 
 
 
249 aa  191  9e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246853  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
257 aa  189  5e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.86266  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
257 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
253 aa  185  5e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.75 
 
 
277 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.72 
 
 
257 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.69 
 
 
255 aa  177  1e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.62 
 
 
261 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.52 
 
 
262 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.61 
 
 
257 aa  175  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.38 
 
 
281 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.28 
 
 
261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.28 
 
 
261 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.45 
 
 
261 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.28 
 
 
261 aa  172  5e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.84 
 
 
261 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.22 
 
 
256 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
276 aa  172  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.44 
 
 
256 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.76 
 
 
256 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
259 aa  170  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
250 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.84 
 
 
262 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
253 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.82 
 
 
256 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.65 
 
 
259 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.65 
 
 
259 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.98 
 
 
256 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.45 
 
 
257 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.84 
 
 
265 aa  169  6e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.1 
 
 
256 aa  168  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.74 
 
 
262 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
256 aa  168  9e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.22 
 
 
260 aa  168  1e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.98 
 
 
256 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.84 
 
 
263 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
247 aa  167  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.37 
 
 
288 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1817  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.63 
 
 
261 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181531  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2140  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.63 
 
 
261 aa  166  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.13 
 
 
262 aa  167  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.55 
 
 
258 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.11 
 
 
257 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
256 aa  166  2e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
250 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
248 aa  166  5e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.47 
 
 
260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.9 
 
 
258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
257 aa  165  6.9999999999999995e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.31 
 
 
257 aa  164  9e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
233 aa  164  9e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  36.92 
 
 
263 aa  163  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.65 
 
 
265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
258 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.25 
 
 
262 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
254 aa  162  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
292 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.74 
 
 
261 aa  162  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3283  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
253 aa  162  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.13 
 
 
262 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
258 aa  162  7e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
233 aa  162  7e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.37 
 
 
258 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.43 
 
 
261 aa  161  8.000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.5 
 
 
261 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.55 
 
 
261 aa  161  8.000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
292 aa  161  9e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.13 
 
 
258 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
292 aa  160  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>