More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5004 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  98.44 
 
 		 321 aa  639    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5004  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  647    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3145  AraC family transcriptional regulator  92.83 
 
 		 326 aa  609  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  92.52 
 
 		 326 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  92.52 
 
 		 326 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  92.52 
 
 		 326 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5301  AraC family transcriptional regulator  86.6 
 
 		 326 aa  567  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  41.19 
 
 		 319 aa  242  6e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 319 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 323 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 325 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4563  transcriptional regulator, AraC family  31.44 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.409707 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 352 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 347 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  30.03 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  28.53 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  34.38 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  34.38 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  27.09 
 
 		 321 aa  106  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 325 aa  106  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 330 aa  106  5e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 329 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0397  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4010  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.14987 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 791 aa  103  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  42.74 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2110  transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 339 aa  95.9  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1804  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0697858 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  30.88 
 
 		 791 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 330 aa  94.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 322 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2493  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 316 aa  91.7  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.470802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 330 aa  89.7  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 791 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 354 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4450  transcriptional regulator, AraC family  33.18 
 
 		 314 aa  86.3  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29327  normal  0.0834018 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1956  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 327 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.220266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4963  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 810 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.559194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  28 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 337 aa  84.3  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  22.15 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 340 aa  83.6  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6715  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11240  DNA-binding transcriptional activator FeaR  39.32 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5967  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.953571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 342 aa  82.4  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.88 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  25.72 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4958  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 165 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 777 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 389 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  25.54 
 
 		 340 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  28.51 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5123  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 348 aa  79.7  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 324 aa  79.7  0.00000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1031  DNA-binding transcriptional activator FeaR  39.13 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.48 
 
 		 342 aa  79.3  0.00000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  27.07 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3599  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 844 aa  79  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.675813 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5602  AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 391 aa  78.2  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.455635  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3198  transcriptional regulator, AraC family  43.3 
 
 		 353 aa  77.4  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 314 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  26.45 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 367 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 332 aa  75.9  0.0000000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  41.35 
 
 		 347 aa  75.1  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.383418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3807  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 		 325 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.988218  normal  0.13417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3510  DNA-binding transcriptional activator FeaR  37.76 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120077  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3970  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 338 aa  75.5  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3674  helix-turn-helix domain-containing protein  27.19 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.833381  hitchhiker  0.00584343 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1512  AraC family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.322603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1834  transcriptional regulator, AraC family  34.17 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.170119  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0607  helix-turn-helix domain-containing protein  23.53 
 
 		 348 aa  71.2  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 368 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>