More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4246 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  94.9 
 
 		 412 aa  798    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  96.12 
 
 		 412 aa  805    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  94.66 
 
 		 412 aa  795    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  98.08 
 
 		 417 aa  826    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  96.36 
 
 		 412 aa  811    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 412 aa  838    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  96.36 
 
 		 412 aa  811    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  72.93 
 
 		 413 aa  621  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  65.04 
 
 		 420 aa  546  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  63.97 
 
 		 420 aa  541  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  64.79 
 
 		 420 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  64.79 
 
 		 420 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  65.04 
 
 		 420 aa  541  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  64.55 
 
 		 420 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  64.55 
 
 		 420 aa  538  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  62.99 
 
 		 420 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  62.75 
 
 		 420 aa  532  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  65.25 
 
 		 420 aa  532  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  62.75 
 
 		 420 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  65.25 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  62.5 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  62.5 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  62.5 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  62.5 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  62.75 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  62.5 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  59.47 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  62.75 
 
 		 420 aa  525  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  62.5 
 
 		 420 aa  523  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  63.48 
 
 		 420 aa  522  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  62.25 
 
 		 420 aa  522  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  62.99 
 
 		 420 aa  523  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  62.53 
 
 		 412 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  61.52 
 
 		 416 aa  511  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  61.89 
 
 		 416 aa  511  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  61.33 
 
 		 414 aa  504  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  62.94 
 
 		 431 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  60.2 
 
 		 410 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  60.2 
 
 		 410 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  59.7 
 
 		 410 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  37.12 
 
 		 434 aa  248  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28310  Diaminopimelate decarboxylase  37.53 
 
 		 471 aa  247  2e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0114023  hitchhiker  0.00277036 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  36.12 
 
 		 421 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  37.3 
 
 		 453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  34.53 
 
 		 416 aa  233  3e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  35.29 
 
 		 425 aa  230  4e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  34.4 
 
 		 409 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  35.84 
 
 		 421 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  34.07 
 
 		 424 aa  216  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  31.81 
 
 		 406 aa  214  1.9999999999999998e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  35.41 
 
 		 481 aa  214  2.9999999999999995e-54  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  31.94 
 
 		 398 aa  212  9e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 411 aa  210  3e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  32.77 
 
 		 410 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  35.88 
 
 		 432 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  34.95 
 
 		 420 aa  204  3e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 		 413 aa  202  6e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  33.26 
 
 		 466 aa  202  8e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  35.52 
 
 		 419 aa  202  8e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  31.58 
 
 		 406 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  36.21 
 
 		 447 aa  201  1.9999999999999998e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  31.63 
 
 		 407 aa  200  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2691  diaminopimelate decarboxylase  32.55 
 
 		 419 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  35.66 
 
 		 429 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  31.91 
 
 		 412 aa  196  7e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  34.62 
 
 		 407 aa  196  7e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  36.3 
 
 		 415 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  32.78 
 
 		 401 aa  196  8.000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  33.25 
 
 		 399 aa  196  9e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  34.53 
 
 		 416 aa  194  2e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  36.08 
 
 		 415 aa  195  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  34.43 
 
 		 421 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1995  diaminopimelate decarboxylase  31.54 
 
 		 439 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000281435  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  36.24 
 
 		 430 aa  193  4e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  36.74 
 
 		 415 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  34.67 
 
 		 421 aa  193  5e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  36.26 
 
 		 422 aa  193  6e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  36.28 
 
 		 415 aa  193  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  34.83 
 
 		 445 aa  192  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  36.19 
 
 		 419 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  36.19 
 
 		 419 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  37.3 
 
 		 427 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  35.18 
 
 		 427 aa  191  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  32.37 
 
 		 393 aa  191  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  35.41 
 
 		 412 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  34.52 
 
 		 422 aa  190  5e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  37.06 
 
 		 427 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  34.46 
 
 		 401 aa  189  8e-47  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  37.65 
 
 		 438 aa  189  9e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0461  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  33.93 
 
 		 868 aa  189  9e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  35.32 
 
 		 417 aa  188  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  34.73 
 
 		 850 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  34.65 
 
 		 418 aa  187  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3033  Diaminopimelate decarboxylase  32.5 
 
 		 439 aa  188  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000267  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  37.06 
 
 		 427 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  34.52 
 
 		 430 aa  187  3e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  35.24 
 
 		 421 aa  187  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  34.68 
 
 		 425 aa  187  3e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  31.92 
 
 		 402 aa  187  3e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  35.63 
 
 		 419 aa  187  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>