189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6307 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6307  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
389 aa  775    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.311164  normal  0.233668 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1313  helix-turn-helix, Fis-type  91.26 
 
 
393 aa  703    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5581  helix-turn-helix, Fis-type  98.46 
 
 
389 aa  763    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6516  helix-turn-helix, Fis-type  91.26 
 
 
393 aa  703    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6118  Fis family transcriptional regulator  91 
 
 
393 aa  704    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3488  transcriptional regulator, Fis family  47.25 
 
 
365 aa  269  5.9999999999999995e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.447559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2976  Fis family transcriptional regulator  40.82 
 
 
626 aa  239  5e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3247  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.28 
 
 
596 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.376143 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1458  helix-turn-helix, Fis-type  34.14 
 
 
635 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0340  transcriptional activator of acetoin/glycerol metabolism-like protein  30 
 
 
416 aa  109  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1769  Fis family transcriptional regulator  30.08 
 
 
386 aa  99.8  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5019  transcriptional regulator, Fis family  31.01 
 
 
426 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5567  Fis family transcriptional regulator  26.86 
 
 
406 aa  98.2  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296467  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2856  putative GAF sensor protein  28.81 
 
 
380 aa  90.5  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0426  Fis family transcriptional regulator  27.08 
 
 
411 aa  90.1  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.702511  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3354  Fis family transcriptional regulator  27.67 
 
 
392 aa  87.8  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.385927  normal  0.681411 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5133  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.19 
 
 
584 aa  83.6  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0596409  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0802  Fis family transcriptional regulator  25.78 
 
 
427 aa  82.4  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2092  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.53 
 
 
676 aa  76.6  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000637573  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2870  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.09 
 
 
676 aa  75.9  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.360055  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5127  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator, HTH Fis-type family  25.1 
 
 
654 aa  74.3  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.53901  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0285  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.4 
 
 
687 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2247  Fis family transcriptional regulator  27.84 
 
 
388 aa  73.9  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.108557  normal  0.0366574 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2486  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  24.79 
 
 
672 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1592  transcriptional regulator, Fis family  26.72 
 
 
399 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6814  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  29.53 
 
 
630 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.890865  normal  0.850064 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0899  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  24.8 
 
 
632 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.599128  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  24.8 
 
 
632 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.917083  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2640  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.33 
 
 
657 aa  69.7  0.00000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1000  helix-turn-helix, Fis-type  25.51 
 
 
661 aa  67.8  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0343  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  23.44 
 
 
640 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00036469  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0367  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.95 
 
 
696 aa  66.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.569096  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2864  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  25.82 
 
 
651 aa  65.1  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.414238  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1840  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.24 
 
 
667 aa  65.1  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.286624  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2813  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.07 
 
 
699 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.475478  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1744  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  30.12 
 
 
652 aa  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0785861  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1963  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  24.9 
 
 
647 aa  62.8  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3622  putative GAF sensor protein  23.42 
 
 
319 aa  62.8  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0853279 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3379  putative phytochrome sensor protein  26.75 
 
 
651 aa  62.8  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1778  helix-turn-helix, Fis-type  24.45 
 
 
673 aa  62  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1691  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.83 
 
 
667 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7189  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.29 
 
 
662 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000334896  normal  0.517977 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5954  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.32 
 
 
677 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0983903 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0252  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.79 
 
 
652 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  28.03 
 
 
627 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3148  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.47 
 
 
628 aa  60.8  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6490  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.12 
 
 
701 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519588  normal  0.249204 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4569  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  25.64 
 
 
638 aa  60.1  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1413  sigma-54 dependent transcriptional regulator  24.54 
 
 
587 aa  60.1  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6248  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  24.9 
 
 
708 aa  58.9  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423516  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3538  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  23.29 
 
 
660 aa  59.3  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1790  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  23.14 
 
 
753 aa  58.2  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000112297 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0932  sigma54 specific transcriptional regulator  25.76 
 
 
653 aa  58.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.702555  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0365  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.38 
 
 
633 aa  58.9  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0633679  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2789  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.68 
 
 
668 aa  58.5  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3427  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.11 
 
 
648 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.535868 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1741  sigma-54 dependent transcriptional regulator  27.47 
 
 
609 aa  57  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.606989  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4479  sigma-54 dependent transcriptional regulator  25.32 
 
 
616 aa  57  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0253  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  24.38 
 
 
652 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000233378 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0309  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.68 
 
 
657 aa  57  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3467  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  60 
 
 
636 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5969  putative phytochrome sensor protein  25.29 
 
 
663 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118543  normal  0.0102226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.38 
 
 
626 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1400  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  30.65 
 
 
629 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2301  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  60 
 
 
636 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2469  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  58 
 
 
636 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416044  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0941  transcriptional regulator AcoR  25 
 
 
625 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003329  sigma-54 dependent transcriptional regulator  24.44 
 
 
586 aa  55.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1556  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  23.37 
 
 
657 aa  55.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0249  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  23.97 
 
 
652 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2951  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.95 
 
 
639 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0236757  normal  0.346853 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3077  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  24.77 
 
 
682 aa  54.7  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6164  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.52 
 
 
666 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1365  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.86 
 
 
454 aa  54.3  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10290  transcriptional regulator AcoR  24.58 
 
 
625 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.153743  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5897  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.52 
 
 
669 aa  53.9  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.313078 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3145  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.82 
 
 
705 aa  53.9  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0557  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25 
 
 
617 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0602  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25 
 
 
617 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0690484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0596  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25 
 
 
617 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5158  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.19 
 
 
680 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.493898 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3245  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.19 
 
 
680 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5123  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.19 
 
 
680 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0328449  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0270  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.32 
 
 
598 aa  52.4  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3626  sigma-54-dependent transcriptional regulator HTH Fis-type family  30.34 
 
 
626 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.139273 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2338  sigma-54 factor, interaction region  24.78 
 
 
612 aa  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00232257  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3771  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.81 
 
 
619 aa  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0251  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  26.81 
 
 
628 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000347396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3234  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  25.14 
 
 
699 aa  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0436708  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2583  sigma-54 activated regulatory protein  22.86 
 
 
709 aa  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3637  putative sigma-54-dependent transcriptional regulator  28.85 
 
 
646 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1094  transcriptional regulator  23.53 
 
 
329 aa  51.6  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2218  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  24.22 
 
 
651 aa  50.4  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2411  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.42 
 
 
595 aa  50.4  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3434  sigma-54 dependent transcriptional regulator  25.53 
 
 
602 aa  50.4  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.66609  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2373  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  26.52 
 
 
680 aa  50.1  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000104876  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3573  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  22.51 
 
 
591 aa  50.1  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0224  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  24.03 
 
 
617 aa  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0735  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  20.35 
 
 
683 aa  50.1  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.431182  normal  0.0765632 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5649  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  23.13 
 
 
653 aa  49.7  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00169895 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>