More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3204 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3204  branched chain amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 354 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.975304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3018  inner-membrane translocator  84.2 
 
 		 350 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.322534 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2665  inner-membrane translocator  83.43 
 
 		 354 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3320  inner-membrane translocator  76.97 
 
 		 348 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4290  inner-membrane translocator  59.71 
 
 		 357 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00962699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5757  inner-membrane translocator  54.21 
 
 		 356 aa  331  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0807  inner-membrane translocator  54.05 
 
 		 352 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1562  inner-membrane translocator  46.81 
 
 		 368 aa  249  5e-65  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4450  branched chain amino acid ABC transporter permease  42.67 
 
 		 351 aa  186  7e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0565603 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0351  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1504  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.83 
 
 		 373 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 393 aa  124  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1502  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 		 401 aa  123  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 371 aa  122  7e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1046  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 352 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1287  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.64 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  33 
 
 		 398 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  30.79 
 
 		 414 aa  119  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3129  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  31.53 
 
 		 400 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0943  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 351 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.74 
 
 		 404 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2178  branched-chain ABC transporter, permease protein, putative  31.25 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.108059  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3105  putative amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 		 400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2050  putative amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.525267  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0730  putative amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2563  putative amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.589249  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3069  putative amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 		 400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  30.46 
 
 		 375 aa  116  6.9999999999999995e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2253  urea ABC transporter, permease protein UrtC  30.4 
 
 		 398 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.731994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 315 aa  116  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2744  urea ABC transporter, permease protein UrtC  31.18 
 
 		 358 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0952  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.79 
 
 		 394 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4010  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.79 
 
 		 405 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3685  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.79 
 
 		 393 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.145721 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0429  inner-membrane translocator  31.05 
 
 		 395 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0908  inner-membrane translocator  31.05 
 
 		 395 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2484  urea ABC transporter, permease protein UrtC  30.69 
 
 		 406 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0878  urea ABC transporter, permease protein UrtC  31.05 
 
 		 395 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0796  urea ABC transporter, permease protein UrtC  30.77 
 
 		 394 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.63 
 
 		 383 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4012  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.95 
 
 		 395 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0110439  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1868  urea ABC transporter, permease protein UrtC  31.46 
 
 		 389 aa  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514988  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0785  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 394 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2864  urea ABC transporter, permease protein UrtC  33.65 
 
 		 385 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  31.87 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.82 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  31.87 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  29 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2618  putative membrane protein of urea ABC transport system  29.81 
 
 		 382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0303421  normal  0.395432 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2191  urea ABC transporter, permease protein UrtC  31.46 
 
 		 388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 652 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0588  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 359 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.98768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3819  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 362 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  30.41 
 
 		 359 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  30.34 
 
 		 387 aa  110  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  28.87 
 
 		 397 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  28.53 
 
 		 407 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  28.19 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  28.8 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  30.22 
 
 		 663 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.57 
 
 		 315 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  31 
 
 		 332 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  29.88 
 
 		 401 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1395  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 377 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1200  inner-membrane translocator  30.62 
 
 		 380 aa  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.729253  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  30.65 
 
 		 359 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1955  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.06 
 
 		 382 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.18 
 
 		 339 aa  107  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.52 
 
 		 387 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.79 
 
 		 391 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4900  urea ABC transporter, permease protein UrtC  31.27 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153709 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 333 aa  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  28.07 
 
 		 377 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0699  putative permease transporter transmembrane protein  29.27 
 
 		 378 aa  106  5e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0568286  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  30.65 
 
 		 359 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0222  urea ABC transporter, permease protein UrtC  27.63 
 
 		 396 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0999  inner-membrane translocator  30 
 
 		 403 aa  106  6e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2973  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.78 
 
 		 383 aa  106  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.604364  normal  0.198493 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  28.61 
 
 		 386 aa  105  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  30.45 
 
 		 363 aa  105  9e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3238  urea ABC transporter, permease protein UrtC  28.74 
 
 		 368 aa  105  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00689363  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  30.89 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1709  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  26.78 
 
 		 387 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0393894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4721  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131365  hitchhiker  0.00989065 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  26.96 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.04 
 
 		 382 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  33.56 
 
 		 332 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 340 aa  103  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 415 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 314 aa  104  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2159  urea ABC transporter, permease protein UrtC  28.95 
 
 		 358 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.708792  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  31.97 
 
 		 332 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  30.25 
 
 		 364 aa  103  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0988  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 404 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791392  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0699  inner-membrane translocator  30.89 
 
 		 363 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.813237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3209  inner-membrane translocator  30.52 
 
 		 372 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0890625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 316 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5670  urea ABC transporter, permease protein UrtC  26.74 
 
 		 389 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 372 aa  103  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>