135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2005 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2005  hydrogenase expression/formation  100 
 
 
368 aa  724    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.432728  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1164  hydrogenase expression/formation  41.22 
 
 
369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0669591  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1172  coenzyme F420-reducing hydrogenase alpha subunit-like  41.23 
 
 
370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.903456  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3763  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  39.95 
 
 
373 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4563  hypothetical protein  34.33 
 
 
368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2497  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  29.57 
 
 
379 aa  84.7  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.633578  normal  0.13514 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4118  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  32.78 
 
 
391 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1965  hypothetical protein  30.39 
 
 
390 aa  80.5  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.241509  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2817  HupK protein  30.96 
 
 
388 aa  75.1  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.42 
 
 
481 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.47 
 
 
477 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  34.78 
 
 
479 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.75 
 
 
485 aa  70.1  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.81 
 
 
488 aa  69.7  0.00000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  34.55 
 
 
475 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.92 
 
 
480 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.55 
 
 
475 aa  68.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.68 
 
 
482 aa  67.8  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  33.54 
 
 
485 aa  67.8  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.92 
 
 
484 aa  65.5  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.16 
 
 
481 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  31.95 
 
 
474 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1287  hypothetical protein  33.33 
 
 
384 aa  63.2  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.272363  normal  0.489405 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50500  hydrogenase expression/formation protein HoxV  36.78 
 
 
348 aa  61.6  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.102569  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.33 
 
 
472 aa  60.5  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1167  putative hydrogenase expression/formation protein HupK  42.05 
 
 
406 aa  60.5  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.819635  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  32.34 
 
 
496 aa  60.8  0.00000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.38 
 
 
485 aa  59.7  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.25 
 
 
531 aa  55.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.25 
 
 
532 aa  55.8  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35 
 
 
531 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  27.97 
 
 
535 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  31.09 
 
 
567 aa  53.9  0.000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  26.6 
 
 
591 aa  53.5  0.000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.5 
 
 
547 aa  53.1  0.000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  35 
 
 
532 aa  52.8  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  35 
 
 
532 aa  52.8  0.000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.79 
 
 
470 aa  52.8  0.000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  27.05 
 
 
534 aa  52.4  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  25.82 
 
 
518 aa  52.4  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  29.11 
 
 
475 aa  52.4  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.75 
 
 
531 aa  51.6  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2020  hypothetical protein  39.02 
 
 
379 aa  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  28.06 
 
 
570 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.81 
 
 
558 aa  51.2  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1437  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.68 
 
 
417 aa  50.8  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  32.5 
 
 
532 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.81 
 
 
567 aa  50.1  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  29.84 
 
 
535 aa  50.1  0.00006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.25 
 
 
562 aa  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.25 
 
 
531 aa  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.25 
 
 
531 aa  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  30.91 
 
 
554 aa  49.7  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.52 
 
 
567 aa  48.9  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.69 
 
 
567 aa  48.9  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.69 
 
 
567 aa  48.9  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.69 
 
 
567 aa  48.9  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.59 
 
 
568 aa  48.9  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.52 
 
 
567 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.52 
 
 
567 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.52 
 
 
567 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.69 
 
 
567 aa  48.9  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.33 
 
 
517 aa  48.1  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.66 
 
 
540 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.85 
 
 
577 aa  47.8  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.72 
 
 
568 aa  47.8  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.18 
 
 
567 aa  47.8  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.03 
 
 
481 aa  47.8  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  27.67 
 
 
456 aa  47.4  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.45 
 
 
566 aa  47.4  0.0004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  32.18 
 
 
567 aa  47.4  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  27.73 
 
 
618 aa  47  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  31.71 
 
 
559 aa  47  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.56 
 
 
567 aa  47  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.71 
 
 
559 aa  47  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.85 
 
 
569 aa  46.6  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  30.23 
 
 
597 aa  46.2  0.0008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  24.58 
 
 
536 aa  46.2  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  32.91 
 
 
585 aa  46.2  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.91 
 
 
585 aa  46.2  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  29.11 
 
 
572 aa  46.2  0.0009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.45 
 
 
465 aa  46.2  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.58 
 
 
545 aa  46.2  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  30.95 
 
 
567 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  30.95 
 
 
567 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.86 
 
 
485 aa  45.4  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.15 
 
 
571 aa  46.2  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  30.95 
 
 
567 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  30.95 
 
 
567 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  30.95 
 
 
567 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.69 
 
 
566 aa  45.1  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  24.88 
 
 
568 aa  45.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.59 
 
 
597 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.19 
 
 
597 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.49 
 
 
546 aa  45.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.77 
 
 
567 aa  45.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.5 
 
 
509 aa  45.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  27.78 
 
 
526 aa  44.3  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.63 
 
 
577 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  28.89 
 
 
548 aa  44.3  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>