164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8015 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8015  Ku protein  100 
 
 		 295 aa  600  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6965  Ku protein  79.32 
 
 		 297 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.697838  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  68.36 
 
 		 302 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  62.91 
 
 		 304 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  59.53 
 
 		 299 aa  355  3.9999999999999996e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1426  Ku family containing protein  63.98 
 
 		 294 aa  345  6e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198791  hitchhiker  0.00133741 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2176  Ku domain-containing protein  58.94 
 
 		 267 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00076571  normal  0.0371963 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0381  Ku protein  55.51 
 
 		 287 aa  305  8.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1263  Ku domain-containing protein  56.77 
 
 		 267 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4316  Ku family containing protein  53.15 
 
 		 285 aa  302  5.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1734  Ku protein  53.9 
 
 		 282 aa  300  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.675504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0276  Ku protein  56.59 
 
 		 284 aa  299  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0307  Ku protein  55.47 
 
 		 284 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0524  hypothetical protein  58.17 
 
 		 267 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  51.24 
 
 		 281 aa  293  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2238  Ku protein  51.55 
 
 		 287 aa  275  8e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  41.89 
 
 		 293 aa  228  7e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  41.39 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  40.34 
 
 		 291 aa  222  6e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  40.75 
 
 		 293 aa  222  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4172  Ku protein  41.05 
 
 		 293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.411787  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  38.01 
 
 		 331 aa  201  8e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  36.13 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0355  hypothetical protein  35.66 
 
 		 327 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.162182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  35.23 
 
 		 312 aa  196  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  36.55 
 
 		 328 aa  195  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  36.96 
 
 		 278 aa  191  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  37.15 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  38.98 
 
 		 321 aa  188  9e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  35.66 
 
 		 333 aa  187  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  35.69 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  37.77 
 
 		 270 aa  181  9.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3906  hypothetical protein  37.84 
 
 		 269 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.906907  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1427  Ku family containing protein  34.44 
 
 		 271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  hitchhiker  0.00131417 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4314  Ku family containing protein  36.13 
 
 		 266 aa  172  6.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4302  Ku family containing protein  36.9 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.551773  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1773  Ku protein  36.05 
 
 		 283 aa  169  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.155858 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1735  Ku protein  36.03 
 
 		 271 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0383  Ku protein  33.58 
 
 		 267 aa  163  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3981  Ku family containing protein  33.33 
 
 		 285 aa  162  9e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0306  Ku protein  33.58 
 
 		 268 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4362  Ku family containing protein  32.85 
 
 		 269 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1694  Ku protein  35.9 
 
 		 285 aa  159  6e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0306892  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0275  Ku protein  34.51 
 
 		 267 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8016  Ku protein  34.22 
 
 		 273 aa  152  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0632763  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2175  Ku domain-containing protein  34.51 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621113  decreased coverage  0.00931596 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6966  Ku protein  33.06 
 
 		 275 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7048  Ku protein  31.84 
 
 		 270 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2434  Ku domain-containing protein  33.46 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.359133  normal  0.109903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0523  hypothetical protein  34.08 
 
 		 262 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  31.93 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  33.1 
 
 		 290 aa  142  5e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  32.77 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5141  Ku protein  30.8 
 
 		 270 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2240  Ku protein  31.65 
 
 		 268 aa  139  7e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.986714 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2978  Ku domain-containing protein  30.73 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.180009  normal  0.23611 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3455  Ku domain-containing protein  30.4 
 
 		 256 aa  126  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  25.84 
 
 		 346 aa  125  8.000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3329  Ku protein  30.8 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0181402  normal  0.3354 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  31.06 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  27.4 
 
 		 344 aa  119  7.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  27.73 
 
 		 276 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  30.58 
 
 		 331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  30.77 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4423  Ku  31.5 
 
 		 301 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  27.4 
 
 		 344 aa  115  6e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  27.57 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  26.85 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  30.3 
 
 		 396 aa  113  3e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  30.08 
 
 		 273 aa  113  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  28.87 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  29.59 
 
 		 264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  24.92 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  27.74 
 
 		 318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  31.47 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  30.77 
 
 		 273 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  30.77 
 
 		 273 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  25.96 
 
 		 270 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  31.03 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8388  Ku family containing protein  28.17 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.97043 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  31.3 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  26.5 
 
 		 347 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0045  Ku domainn containing protein  28.35 
 
 		 278 aa  108  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  29.29 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  27.84 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  24.74 
 
 		 283 aa  106  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  27.24 
 
 		 312 aa  106  6e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  27.38 
 
 		 286 aa  105  6e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  26.71 
 
 		 317 aa  105  8e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  29.18 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  27.35 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  25.32 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5208  Ku protein  28.32 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.381222 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  28.73 
 
 		 343 aa  103  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  29.96 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3454  Ku domain-containing protein  28.4 
 
 		 261 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  27.91 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  26.32 
 
 		 304 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  26.32 
 
 		 375 aa  102  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0938  Ku family containing protein  29.84 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.903247  normal  0.163745 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>