More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7212 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 531 aa  1075    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  59.46 
 
 		 531 aa  627  1e-178  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  58.32 
 
 		 531 aa  615  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  51.37 
 
 		 527 aa  513  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.95 
 
 		 529 aa  495  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  48.85 
 
 		 520 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  49.14 
 
 		 544 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  48.08 
 
 		 528 aa  476  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  47.25 
 
 		 532 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  46.94 
 
 		 542 aa  471  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  49.5 
 
 		 524 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  47.79 
 
 		 534 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.77 
 
 		 534 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  46.68 
 
 		 534 aa  455  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.94 
 
 		 539 aa  419  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  42.83 
 
 		 560 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  43.16 
 
 		 544 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  40.39 
 
 		 524 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  39.59 
 
 		 532 aa  368  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  40.55 
 
 		 544 aa  360  3e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  37.45 
 
 		 529 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  37.96 
 
 		 495 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  36.33 
 
 		 529 aa  322  8e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  38.62 
 
 		 558 aa  322  9.000000000000001e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  36.38 
 
 		 529 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 		 536 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 		 532 aa  286  9e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  35.41 
 
 		 533 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  35.66 
 
 		 536 aa  277  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  35.59 
 
 		 537 aa  276  6e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  34.98 
 
 		 527 aa  276  7e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  33.52 
 
 		 522 aa  275  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  35.19 
 
 		 515 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  35.16 
 
 		 530 aa  275  2.0000000000000002e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 		 537 aa  270  5.9999999999999995e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  36.32 
 
 		 533 aa  268  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  35.45 
 
 		 533 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  33.61 
 
 		 534 aa  263  8e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  32.99 
 
 		 516 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 		 535 aa  259  8e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 516 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  33.27 
 
 		 522 aa  256  7e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 		 534 aa  251  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  33.09 
 
 		 539 aa  250  5e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  33.98 
 
 		 534 aa  248  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 535 aa  247  4e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  33.55 
 
 		 531 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  34 
 
 		 530 aa  244  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  33.59 
 
 		 538 aa  237  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 		 517 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 		 538 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  31.75 
 
 		 535 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  33.8 
 
 		 528 aa  233  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 		 538 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  32.37 
 
 		 538 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 535 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  31.06 
 
 		 546 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  28.63 
 
 		 540 aa  196  7e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.07 
 
 		 538 aa  191  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  29.22 
 
 		 502 aa  191  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 		 538 aa  187  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  40.96 
 
 		 259 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  29.9 
 
 		 516 aa  184  3e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 		 551 aa  182  2e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 539 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  30.54 
 
 		 510 aa  177  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.22 
 
 		 505 aa  177  4e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 		 512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 528 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 		 512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 		 512 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 515 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  30.06 
 
 		 524 aa  173  6.999999999999999e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.7 
 
 		 524 aa  172  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.17 
 
 		 505 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  30.06 
 
 		 526 aa  171  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  29.45 
 
 		 540 aa  171  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.41 
 
 		 510 aa  170  8e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  27.37 
 
 		 541 aa  169  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 565 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  32.21 
 
 		 525 aa  169  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  28.25 
 
 		 531 aa  168  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  30.39 
 
 		 522 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 		 521 aa  167  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0639  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 		 580 aa  167  4e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000307469  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  29.14 
 
 		 576 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 522 aa  167  5.9999999999999996e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  27.47 
 
 		 553 aa  165  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.79 
 
 		 511 aa  166  1.0000000000000001e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 		 489 aa  166  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  27.61 
 
 		 537 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  29.34 
 
 		 509 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 492 aa  164  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.01 
 
 		 540 aa  164  5.0000000000000005e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 		 494 aa  164  5.0000000000000005e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  29.98 
 
 		 508 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.19 
 
 		 511 aa  163  6e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  30.11 
 
 		 555 aa  163  6e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 538 aa  163  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  27.98 
 
 		 520 aa  163  7e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>