More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5508 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5508  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 
280 aa  539  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.04 
 
 
280 aa  382  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0757  ABC transporter, permease protein  73.29 
 
 
280 aa  376  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.931203  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0807  ABC transporter, permease protein  72.92 
 
 
280 aa  374  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4848  ABC transporter, inner membrane subunit  63.74 
 
 
310 aa  337  9e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.432693  hitchhiker  0.000811543 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.74 
 
 
307 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0707466  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.74 
 
 
307 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.142547 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.14 
 
 
307 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.14 
 
 
307 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.14 
 
 
307 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  0.336927 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.6 
 
 
307 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.37571  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.94 
 
 
301 aa  331  6e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.71 
 
 
312 aa  329  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.83 
 
 
280 aa  327  9e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.08 
 
 
291 aa  324  9e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174626  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07130  ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component II  62.81 
 
 
290 aa  298  6e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.396184  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.15 
 
 
295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.41 
 
 
306 aa  277  1e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.817792  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.62 
 
 
270 aa  246  4e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.98 
 
 
272 aa  107  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.28 
 
 
263 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.24 
 
 
279 aa  102  6e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.24 
 
 
275 aa  100  2e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.67 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2178  ABC transporter membrane spanning protein  32.97 
 
 
288 aa  96.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.07 
 
 
283 aa  95.9  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.93964  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
268 aa  94.7  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.18 
 
 
264 aa  94  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
270 aa  92.8  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.744968  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.28 
 
 
269 aa  92  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1737  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  33.33 
 
 
276 aa  90.9  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
265 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  29.83 
 
 
271 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
273 aa  90.1  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2378  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.3 
 
 
273 aa  90.1  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.76 
 
 
277 aa  89.4  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  25.98 
 
 
264 aa  89.4  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.07 
 
 
276 aa  89.4  7e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.28 
 
 
271 aa  89  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.5 
 
 
264 aa  88.6  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  31.28 
 
 
260 aa  89  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2478  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.04 
 
 
235 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7452  ABC transporter membrane spanning protein  31.38 
 
 
271 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.94 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  29.5 
 
 
264 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.89 
 
 
269 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0230  molybdate porter  31.22 
 
 
233 aa  87.8  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.02 
 
 
606 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.69 
 
 
278 aa  87.8  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.260813  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.77 
 
 
588 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2058  putative spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.69 
 
 
278 aa  87.8  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.650732  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2450  putative spermidine/putrescine ABC transporter permease  30.69 
 
 
278 aa  87.8  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.09 
 
 
269 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  25.22 
 
 
281 aa  87.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  27.92 
 
 
264 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.92 
 
 
264 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  25.64 
 
 
274 aa  87  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.63 
 
 
266 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.55 
 
 
262 aa  87  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  29.05 
 
 
265 aa  87  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.11 
 
 
591 aa  86.7  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  28.72 
 
 
264 aa  86.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
268 aa  86.3  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.32 
 
 
264 aa  86.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.72 
 
 
264 aa  86.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5611  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  34.32 
 
 
269 aa  86.3  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  29.28 
 
 
287 aa  85.9  7e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.59 
 
 
268 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.59 
 
 
269 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.1 
 
 
264 aa  85.5  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.39 
 
 
266 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.5 
 
 
264 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.3 
 
 
287 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.09 
 
 
268 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.1 
 
 
264 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1555  molybdenum ABC transporter, permease protein  28.38 
 
 
241 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.82 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  27.82 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.64 
 
 
275 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.64 
 
 
275 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.82 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  27.82 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.82 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.82 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.82 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.64 
 
 
275 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.3 
 
 
270 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124345  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.26 
 
 
276 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  26.59 
 
 
284 aa  84.3  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.82 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.82 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.5 
 
 
264 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  27.4 
 
 
269 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
267 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673957  normal  0.0589597 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  26.24 
 
 
293 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.86 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.95 
 
 
264 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.47 
 
 
258 aa  83.2  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.38 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>