More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1612 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
307 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.142547 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.02 
 
 
307 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0707466  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.79 
 
 
307 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  0.336927 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.79 
 
 
307 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.79 
 
 
307 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4848  ABC transporter, inner membrane subunit  93.87 
 
 
310 aa  552  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.432693  hitchhiker  0.000811543 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  91.21 
 
 
307 aa  536  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.37571  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.39 
 
 
301 aa  479  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.47 
 
 
312 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.15 
 
 
280 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.87 
 
 
280 aa  312  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.63 
 
 
291 aa  310  2e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174626  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0757  ABC transporter, permease protein  61.31 
 
 
280 aa  306  3e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.931203  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0807  ABC transporter, permease protein  60.95 
 
 
280 aa  304  2.0000000000000002e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5508  ABC transporter membrane spanning protein  63.74 
 
 
280 aa  303  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07130  ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component II  61.32 
 
 
290 aa  288  7e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.396184  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.33 
 
 
270 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.56 
 
 
306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.817792  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.66 
 
 
263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
268 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
270 aa  106  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124345  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  32.45 
 
 
264 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.45 
 
 
264 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  29.82 
 
 
266 aa  103  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.86 
 
 
280 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  28.26 
 
 
284 aa  102  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  33.78 
 
 
287 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  28.79 
 
 
285 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.5 
 
 
268 aa  99.4  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  31.36 
 
 
266 aa  99.8  6e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
262 aa  99  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
269 aa  99  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
295 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  27.76 
 
 
293 aa  98.6  1e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.19 
 
 
266 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.91 
 
 
275 aa  97.4  2e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.19 
 
 
266 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.08 
 
 
284 aa  97.4  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.19 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.19 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  31.19 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  31.19 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.19 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.19 
 
 
266 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
283 aa  96.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.93964  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.46 
 
 
264 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
280 aa  96.7  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.8 
 
 
596 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
266 aa  96.3  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.16 
 
 
271 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.15 
 
 
277 aa  95.9  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  29.03 
 
 
264 aa  95.5  9e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.13 
 
 
269 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2178  ABC transporter membrane spanning protein  32.42 
 
 
288 aa  95.1  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  27.69 
 
 
265 aa  95.5  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
264 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
282 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
282 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  30 
 
 
282 aa  95.1  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  26.33 
 
 
286 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.53 
 
 
316 aa  95.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.552575 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  29.18 
 
 
274 aa  94.4  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
265 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.02 
 
 
300 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1555  molybdenum ABC transporter, permease protein  32.73 
 
 
241 aa  93.6  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  29.25 
 
 
244 aa  93.2  5e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
307 aa  93.2  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0488544 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  30.69 
 
 
266 aa  93.2  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
273 aa  92.8  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.43 
 
 
303 aa  92.8  6e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11213  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  28.63 
 
 
276 aa  92.8  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.62 
 
 
279 aa  92.8  7e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  32.11 
 
 
271 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  28.43 
 
 
264 aa  92.4  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2121  putative spermidine/putrescine transport system permease protein  33.72 
 
 
265 aa  92.4  9e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.05 
 
 
270 aa  92.4  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.81 
 
 
266 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28 
 
 
266 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.7 
 
 
265 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
276 aa  92  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2582  Ornithine carbamoyltransferase  26.89 
 
 
263 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000818626  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2450  putative spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.49 
 
 
278 aa  91.3  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.39 
 
 
268 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.91 
 
 
267 aa  91.3  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.49 
 
 
278 aa  91.3  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.260813  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2058  putative spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.49 
 
 
278 aa  91.3  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.650732  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.51 
 
 
269 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.32 
 
 
275 aa  90.9  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.52 
 
 
278 aa  90.5  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.66 
 
 
275 aa  90.5  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
276 aa  90.1  4e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2689  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  34.01 
 
 
269 aa  90.1  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106468  normal  0.549789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.51 
 
 
268 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.46 
 
 
272 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.77 
 
 
272 aa  90.1  4e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
587 aa  90.1  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.24 
 
 
264 aa  89.7  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.93 
 
 
269 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.93 
 
 
268 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>