More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2121 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2121  putative spermidine/putrescine transport system permease protein  100 
 
 
265 aa  529  1e-149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.16 
 
 
272 aa  384  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.92 
 
 
269 aa  353  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
273 aa  230  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.98 
 
 
268 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.98 
 
 
268 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
267 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  31.5 
 
 
285 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
268 aa  133  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.02 
 
 
275 aa  133  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  30.66 
 
 
286 aa  132  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  32.02 
 
 
284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  30.52 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  30.52 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  30.52 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  30.52 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.52 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.08 
 
 
266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  32.35 
 
 
288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.08 
 
 
266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  31.08 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.12 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.52 
 
 
284 aa  125  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  31.08 
 
 
266 aa  122  5e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.24 
 
 
256 aa  122  7e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  31.36 
 
 
265 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.42 
 
 
275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  29.59 
 
 
276 aa  120  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  28.46 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.46 
 
 
256 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  31.08 
 
 
268 aa  119  6e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.27 
 
 
256 aa  119  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.61 
 
 
289 aa  118  7.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.698414  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  30.6 
 
 
260 aa  117  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.73 
 
 
276 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.12 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
260 aa  117  3e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.7 
 
 
282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.7 
 
 
282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  30.7 
 
 
282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  28.57 
 
 
266 aa  115  5e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
284 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0287  ABC transporter permease  33.61 
 
 
269 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.39 
 
 
669 aa  114  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7451  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.83 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0488544 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0372  ornithine carbamoyltransferase  31.22 
 
 
261 aa  114  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  28.83 
 
 
264 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
267 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3038  ABC permidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  28.41 
 
 
267 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.41 
 
 
267 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.548577  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.67 
 
 
267 aa  112  6e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.85 
 
 
268 aa  112  6e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.63 
 
 
264 aa  112  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.27 
 
 
258 aa  112  7.000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.28 
 
 
257 aa  112  9e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  31.85 
 
 
274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.22 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  30.52 
 
 
256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.05 
 
 
256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.79 
 
 
280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.67 
 
 
266 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  30.12 
 
 
256 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.74 
 
 
281 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1141  hypothetical protein  28.98 
 
 
255 aa  109  5e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.54 
 
 
257 aa  109  5e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1146  hypothetical protein  28.98 
 
 
255 aa  108  6e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2398  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  32.67 
 
 
266 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 
264 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.93 
 
 
256 aa  108  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.44 
 
 
269 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.682654  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.86 
 
 
270 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  29.24 
 
 
269 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.12 
 
 
264 aa  107  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 
259 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.09 
 
 
264 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  28.09 
 
 
264 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.09 
 
 
264 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  32.24 
 
 
269 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.09 
 
 
264 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.09 
 
 
264 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.09 
 
 
264 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
266 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.361864  normal  0.102972 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.09 
 
 
264 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.09 
 
 
264 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  28.09 
 
 
264 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  26.44 
 
 
287 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.91 
 
 
261 aa  106  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0325  Ornithine carbamoyltransferase  31.8 
 
 
268 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000489255  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
588 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.41 
 
 
272 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00609739  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
278 aa  106  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
287 aa  105  5e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  26.23 
 
 
244 aa  105  6e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 
275 aa  105  6e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.49 
 
 
272 aa  105  7e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0566  ornithine carbamoyltransferase  31.44 
 
 
256 aa  104  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000138704  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
274 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.560014  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.49 
 
 
272 aa  104  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>