More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3272 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
269 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2121  putative spermidine/putrescine transport system permease protein  66.92 
 
 
265 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.3 
 
 
272 aa  362  3e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.2 
 
 
273 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.82 
 
 
268 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.82 
 
 
268 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34 
 
 
268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
267 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  34.48 
 
 
284 aa  143  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.55 
 
 
275 aa  142  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  32.69 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.4 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.31 
 
 
266 aa  140  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.31 
 
 
266 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.31 
 
 
266 aa  140  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.31 
 
 
266 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.31 
 
 
266 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.31 
 
 
266 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.31 
 
 
266 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.31 
 
 
266 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
281 aa  138  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  32.22 
 
 
265 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3606  Ornithine carbamoyltransferase  32.4 
 
 
288 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.129461 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.46 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  31.7 
 
 
287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  33.21 
 
 
266 aa  136  4e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  31.89 
 
 
268 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  29.2 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.88 
 
 
256 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.05 
 
 
276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  35.1 
 
 
262 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  30.43 
 
 
266 aa  132  6.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.74 
 
 
266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  31.64 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.3 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
282 aa  129  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.65 
 
 
268 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  30.27 
 
 
285 aa  130  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  29.96 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  33.33 
 
 
282 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
282 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4305  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
265 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000237313  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.84 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.2 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.31 
 
 
266 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
264 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  31.35 
 
 
264 aa  126  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0372  ornithine carbamoyltransferase  33.33 
 
 
261 aa  125  6e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
284 aa  125  7e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  32.63 
 
 
260 aa  125  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  33.89 
 
 
269 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  31.3 
 
 
256 aa  123  4e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  31.71 
 
 
256 aa  122  4e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.66 
 
 
275 aa  122  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.56 
 
 
262 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.08 
 
 
270 aa  122  7e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0325  Ornithine carbamoyltransferase  31.98 
 
 
268 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000489255  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  30.52 
 
 
274 aa  122  9e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
272 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  34.24 
 
 
288 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.93 
 
 
256 aa  120  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
260 aa  120  3e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  31.75 
 
 
244 aa  120  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.5 
 
 
275 aa  119  3.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0287  ABC transporter permease  34.75 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
272 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.73 
 
 
597 aa  119  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.69 
 
 
274 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.62 
 
 
259 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  29.17 
 
 
276 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.59 
 
 
284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
272 aa  119  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  31.3 
 
 
273 aa  118  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.72 
 
 
286 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163733  normal  0.0234889 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
275 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.32 
 
 
264 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  27.38 
 
 
264 aa  117  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.16 
 
 
268 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.49 
 
 
268 aa  117  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  31.54 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.81 
 
 
269 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.27 
 
 
274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.23 
 
 
669 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  31.54 
 
 
289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.76 
 
 
268 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  31.54 
 
 
279 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 
268 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.03 
 
 
277 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.68 
 
 
279 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.17 
 
 
275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.65 
 
 
257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
264 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>