More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4000 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
275 aa  536  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  89.71 
 
 
274 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.05 
 
 
275 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.32 
 
 
275 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.05 
 
 
275 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.05 
 
 
275 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  91.61 
 
 
276 aa  447  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  91.97 
 
 
276 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  88.97 
 
 
273 aa  427  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  89.34 
 
 
273 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.11 
 
 
274 aa  374  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  70.15 
 
 
279 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  70.15 
 
 
289 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  69.78 
 
 
279 aa  366  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  70.15 
 
 
289 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.92 
 
 
279 aa  362  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.55 
 
 
279 aa  359  3e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  69.55 
 
 
279 aa  357  9e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.15 
 
 
278 aa  344  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.78 
 
 
278 aa  343  2e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.78 
 
 
281 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.78 
 
 
281 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.78 
 
 
281 aa  343  2e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.4 
 
 
281 aa  342  5e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.4 
 
 
278 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  69.03 
 
 
278 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.46 
 
 
272 aa  338  5e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.6 
 
 
272 aa  338  8e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.89 
 
 
279 aa  335  5e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
272 aa  331  6e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.52 
 
 
275 aa  330  1e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  70.3 
 
 
272 aa  326  3e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.78 
 
 
279 aa  325  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.75 
 
 
278 aa  322  3e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
278 aa  322  3e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  67.77 
 
 
282 aa  319  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  67.77 
 
 
282 aa  319  3.9999999999999996e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.77 
 
 
282 aa  319  3.9999999999999996e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  67.42 
 
 
275 aa  314  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.17 
 
 
278 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.17 
 
 
278 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.67 
 
 
275 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.65 
 
 
270 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.37 
 
 
274 aa  298  4e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.09 
 
 
391 aa  296  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.26 
 
 
281 aa  293  3e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  55.07 
 
 
282 aa  289  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  57.42 
 
 
275 aa  288  7e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.37 
 
 
280 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  50.35 
 
 
302 aa  278  6e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.35 
 
 
302 aa  278  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.36 
 
 
317 aa  277  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.36 
 
 
317 aa  277  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
337 aa  265  5e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.35 
 
 
302 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.05 
 
 
284 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
311 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.8 
 
 
284 aa  236  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.9 
 
 
261 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  50 
 
 
258 aa  218  7.999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.91 
 
 
264 aa  217  2e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.33 
 
 
261 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  51.39 
 
 
242 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.93 
 
 
262 aa  204  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
268 aa  201  9e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
269 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.2 
 
 
269 aa  198  7e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.58 
 
 
275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
268 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
596 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
269 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.5 
 
 
268 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
269 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  47.22 
 
 
279 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
597 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
264 aa  186  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
591 aa  185  6e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
272 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.03 
 
 
261 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  46.61 
 
 
259 aa  181  9.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.85 
 
 
271 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1815  ABC transporter permease  78.95 
 
 
118 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132168  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  40.17 
 
 
271 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1814  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  62.59 
 
 
167 aa  178  8e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.272424  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  39.2 
 
 
267 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
266 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
266 aa  175  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
588 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.71 
 
 
587 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  38.78 
 
 
266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  38.74 
 
 
266 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  37.19 
 
 
265 aa  169  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  38.96 
 
 
264 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
265 aa  169  5e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
274 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.560014  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
265 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
268 aa  169  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0758947  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  41.42 
 
 
262 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>