More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2149 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
317 aa  634    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
317 aa  634    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.08 
 
 
302 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  76.08 
 
 
302 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.08 
 
 
302 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.45 
 
 
311 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.13 
 
 
391 aa  353  1e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  56.69 
 
 
282 aa  336  1.9999999999999998e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.72 
 
 
337 aa  322  6e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.01 
 
 
284 aa  317  2e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.36 
 
 
275 aa  268  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.23 
 
 
274 aa  263  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.34 
 
 
275 aa  261  1e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.74 
 
 
274 aa  258  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.45 
 
 
275 aa  258  8e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.81 
 
 
284 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.65 
 
 
270 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.13 
 
 
275 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.13 
 
 
275 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  46.89 
 
 
289 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  46.89 
 
 
289 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  46.89 
 
 
279 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  46.56 
 
 
279 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
275 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.19 
 
 
279 aa  242  6e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  47.3 
 
 
276 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  46.98 
 
 
276 aa  241  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  46.86 
 
 
279 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.98 
 
 
279 aa  238  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.81 
 
 
280 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  49.3 
 
 
275 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.25 
 
 
278 aa  237  2e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
279 aa  235  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.39 
 
 
272 aa  234  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
281 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
281 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.56 
 
 
281 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.23 
 
 
278 aa  232  5e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.23 
 
 
281 aa  232  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.23 
 
 
278 aa  232  6e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.23 
 
 
278 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  47.74 
 
 
273 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  45.9 
 
 
278 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.18 
 
 
272 aa  230  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.18 
 
 
272 aa  229  4e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.56 
 
 
279 aa  228  8e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
278 aa  226  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.91 
 
 
273 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.42 
 
 
275 aa  223  2e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  43.79 
 
 
282 aa  222  6e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.79 
 
 
282 aa  221  9e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  43.79 
 
 
282 aa  221  9e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.63 
 
 
278 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.63 
 
 
278 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  46.2 
 
 
272 aa  207  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.72 
 
 
274 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.2 
 
 
281 aa  206  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  48.91 
 
 
275 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
261 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
261 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
264 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
275 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.94 
 
 
258 aa  171  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.94 
 
 
242 aa  171  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
268 aa  167  2e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
265 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
262 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
597 aa  156  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
264 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
265 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.8 
 
 
264 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
587 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
266 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
272 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
269 aa  150  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.55 
 
 
269 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
276 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.44 
 
 
268 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
266 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
269 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.1 
 
 
268 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.62 
 
 
269 aa  148  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  31.97 
 
 
266 aa  149  9e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.93 
 
 
588 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1815  ABC transporter permease  64.91 
 
 
118 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132168  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  35.66 
 
 
279 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
591 aa  145  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.18 
 
 
259 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
266 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.14 
 
 
261 aa  142  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
267 aa  140  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  33.56 
 
 
281 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  31.54 
 
 
271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
259 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.13 
 
 
593 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.48 
 
 
257 aa  136  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
591 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184868  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
268 aa  136  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  31.82 
 
 
293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>