More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2990 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
391 aa  767    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.97 
 
 
337 aa  432  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.13 
 
 
317 aa  353  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.13 
 
 
317 aa  353  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  62.06 
 
 
302 aa  344  2e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.06 
 
 
302 aa  344  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  63.46 
 
 
282 aa  330  3e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.99 
 
 
302 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.08 
 
 
284 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.23 
 
 
274 aa  291  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.09 
 
 
275 aa  286  4e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.83 
 
 
311 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.9 
 
 
274 aa  279  8e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.96 
 
 
275 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.96 
 
 
275 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.6 
 
 
275 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.6 
 
 
275 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  51.79 
 
 
276 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  51.79 
 
 
276 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.92 
 
 
275 aa  258  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.62 
 
 
273 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.48 
 
 
284 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.97 
 
 
272 aa  253  3e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  49.26 
 
 
279 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.77 
 
 
272 aa  252  6e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.69 
 
 
278 aa  252  8.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  52.54 
 
 
273 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
279 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.67 
 
 
279 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  48.53 
 
 
289 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  48.53 
 
 
289 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  48.53 
 
 
279 aa  249  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.04 
 
 
279 aa  249  8e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.06 
 
 
275 aa  246  4e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.84 
 
 
270 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.89 
 
 
279 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.48 
 
 
278 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  48.52 
 
 
279 aa  243  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  51.64 
 
 
282 aa  242  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  51.64 
 
 
282 aa  242  9e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.64 
 
 
282 aa  242  9e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
281 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.38 
 
 
278 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.38 
 
 
278 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
281 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.01 
 
 
281 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.52 
 
 
272 aa  234  2.0000000000000002e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
281 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.65 
 
 
278 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  49.8 
 
 
275 aa  233  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  47.29 
 
 
278 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.62 
 
 
280 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  50.37 
 
 
272 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
274 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  49.08 
 
 
275 aa  220  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.28 
 
 
278 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.28 
 
 
278 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
281 aa  208  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.97 
 
 
275 aa  192  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.41 
 
 
261 aa  188  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
268 aa  177  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
276 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
261 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
264 aa  170  5e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.15 
 
 
269 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
596 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
264 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.84 
 
 
258 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
264 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.84 
 
 
242 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
268 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
268 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
591 aa  166  5.9999999999999996e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
269 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
266 aa  166  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
269 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.6 
 
 
264 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
265 aa  164  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
272 aa  164  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  35.52 
 
 
266 aa  163  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
265 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.5 
 
 
271 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
266 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  37.05 
 
 
271 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
261 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
266 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
588 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
276 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
597 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
274 aa  153  4e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.560014  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.63 
 
 
279 aa  152  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.2 
 
 
262 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
550 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  34.88 
 
 
264 aa  150  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  34.69 
 
 
281 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
606 aa  147  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  40 
 
 
259 aa  146  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  33.2 
 
 
264 aa  145  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>