More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6578 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
265 aa  527  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.81 
 
 
264 aa  481  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  89.06 
 
 
264 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.41 
 
 
265 aa  277  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.84 
 
 
262 aa  264  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
272 aa  180  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
272 aa  180  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.56 
 
 
282 aa  179  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.56 
 
 
282 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  39.56 
 
 
282 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
284 aa  179  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.1 
 
 
275 aa  177  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
268 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
269 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
269 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
268 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
272 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
269 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.1 
 
 
269 aa  170  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
279 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 
268 aa  169  3e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
279 aa  169  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
278 aa  169  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  35.83 
 
 
267 aa  169  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
272 aa  168  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
275 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  40.08 
 
 
279 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  40.08 
 
 
279 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  40.08 
 
 
289 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  40.08 
 
 
289 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
279 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 
278 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  35.55 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  39.2 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
391 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
279 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.07 
 
 
268 aa  160  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0758947  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.91 
 
 
274 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
271 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
270 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
284 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
274 aa  158  9e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
274 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.560014  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  34.47 
 
 
302 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.25 
 
 
275 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
275 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
302 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
261 aa  156  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
270 aa  156  4e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  33.05 
 
 
271 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
264 aa  155  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
275 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.69 
 
 
274 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
275 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
275 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  31.62 
 
 
266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
281 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
281 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
281 aa  152  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
266 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
278 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
278 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
278 aa  151  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.77 
 
 
278 aa  150  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.77 
 
 
281 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
311 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2542  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.52 
 
 
283 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.40939  normal  0.246449 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
276 aa  148  8e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.1 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
606 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  34.91 
 
 
276 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
587 aa  145  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.65 
 
 
280 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
276 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
264 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  34.33 
 
 
275 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  34.48 
 
 
276 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
588 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  38.36 
 
 
272 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
337 aa  143  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 
258 aa  142  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.81 
 
 
242 aa  142  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.63 
 
 
279 aa  142  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
275 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.97 
 
 
593 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.55 
 
 
597 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
593 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.47 
 
 
261 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
261 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  38.1 
 
 
275 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
281 aa  136  5e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
591 aa  135  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184868  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.16 
 
 
550 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
278 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  28.96 
 
 
264 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>