More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1718 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
261 aa  503  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.91 
 
 
264 aa  343  2e-93  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  72.11 
 
 
258 aa  335  5e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  74.06 
 
 
242 aa  331  7.000000000000001e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  72.76 
 
 
259 aa  322  5e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.2 
 
 
262 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.39 
 
 
275 aa  238  5e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.8 
 
 
275 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.93 
 
 
272 aa  227  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
272 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  50.64 
 
 
276 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.23 
 
 
279 aa  225  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  49.79 
 
 
276 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
278 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  51.81 
 
 
279 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.59 
 
 
279 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  50.79 
 
 
289 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  50.79 
 
 
279 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  50.79 
 
 
289 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.91 
 
 
281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  51.81 
 
 
279 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.91 
 
 
281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.91 
 
 
281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.46 
 
 
270 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.41 
 
 
279 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.5 
 
 
281 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.8 
 
 
274 aa  218  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  53.5 
 
 
278 aa  217  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.6 
 
 
279 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.65 
 
 
278 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.63 
 
 
278 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.63 
 
 
278 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.09 
 
 
275 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.03 
 
 
272 aa  215  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48 
 
 
275 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.21 
 
 
274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.65 
 
 
275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.65 
 
 
275 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  47.33 
 
 
275 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  46.44 
 
 
282 aa  211  5.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.44 
 
 
282 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  46.44 
 
 
282 aa  211  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  44.57 
 
 
282 aa  208  8e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.09 
 
 
280 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 
275 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45 
 
 
284 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.57 
 
 
278 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.22 
 
 
274 aa  198  7e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  47.66 
 
 
273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  48.09 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.29 
 
 
278 aa  195  7e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  52.07 
 
 
272 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
317 aa  193  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
317 aa  193  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.81 
 
 
278 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.73 
 
 
284 aa  192  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  49.77 
 
 
275 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.73 
 
 
261 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.77 
 
 
281 aa  186  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  40.44 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.44 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
391 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.67 
 
 
302 aa  175  8e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
276 aa  169  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.97 
 
 
268 aa  169  5e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
264 aa  168  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
311 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
264 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
587 aa  163  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.52 
 
 
264 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
266 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
337 aa  159  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.13 
 
 
275 aa  159  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 
269 aa  158  8e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  37.95 
 
 
267 aa  158  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
266 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
597 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.6 
 
 
272 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.87 
 
 
269 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  37.29 
 
 
266 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.21 
 
 
265 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.96 
 
 
591 aa  153  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
265 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
269 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
596 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.8 
 
 
268 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.2 
 
 
268 aa  149  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0758947  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.8 
 
 
268 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  37.25 
 
 
265 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.4 
 
 
264 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.19 
 
 
271 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  33.91 
 
 
271 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
269 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  37.01 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
550 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.74 
 
 
279 aa  142  4e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
588 aa  142  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 
269 aa  142  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>