More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2522 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
264 aa  520  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  98.48 
 
 
264 aa  512  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.23 
 
 
264 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.38 
 
 
264 aa  411  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.14 
 
 
264 aa  409  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.67 
 
 
263 aa  404  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.48 
 
 
264 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  67.42 
 
 
264 aa  371  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.3 
 
 
264 aa  371  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.8 
 
 
264 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.42 
 
 
264 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.42 
 
 
264 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.05 
 
 
264 aa  367  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.42 
 
 
264 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.42 
 
 
264 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.42 
 
 
264 aa  368  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  69.47 
 
 
264 aa  348  5e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.16 
 
 
265 aa  323  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  58.56 
 
 
269 aa  315  7e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  57.58 
 
 
264 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  53.26 
 
 
265 aa  294  9e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.09 
 
 
265 aa  293  2e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  54.37 
 
 
265 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.79 
 
 
268 aa  283  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.23 
 
 
265 aa  283  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.09 
 
 
270 aa  276  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.23 
 
 
265 aa  265  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 
265 aa  261  4.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  37.74 
 
 
260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
263 aa  183  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  37.75 
 
 
264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
277 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
262 aa  168  7e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
272 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
282 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.36 
 
 
282 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.36 
 
 
282 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
268 aa  158  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  35.62 
 
 
266 aa  158  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
275 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
272 aa  155  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
268 aa  155  5.0000000000000005e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
272 aa  155  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  36.36 
 
 
281 aa  155  9e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
265 aa  155  9e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
268 aa  154  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  35.11 
 
 
271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.71 
 
 
275 aa  152  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
269 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.2 
 
 
267 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
279 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
262 aa  149  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
275 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  38.56 
 
 
260 aa  149  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
278 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
272 aa  149  6e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
279 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
275 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
267 aa  148  7e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
268 aa  148  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.02 
 
 
287 aa  148  8e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.89 
 
 
274 aa  148  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
275 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.2 
 
 
269 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
596 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.62 
 
 
258 aa  145  5e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
274 aa  145  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.34 
 
 
242 aa  145  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
274 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.89 
 
 
275 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
591 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3518  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  42.04 
 
 
261 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336262  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.89 
 
 
279 aa  143  3e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
269 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
261 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.610891  normal  0.0260594 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
268 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
264 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
268 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
284 aa  142  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
261 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  35.1 
 
 
258 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  33.6 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.51 
 
 
284 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
275 aa  139  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1465  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  29.8 
 
 
262 aa  140  3e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.64 
 
 
256 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  35.52 
 
 
285 aa  137  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.07 
 
 
276 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
265 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102499  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.03 
 
 
262 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  36.45 
 
 
276 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  30.68 
 
 
266 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  36.68 
 
 
259 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>