More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3518 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3518  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
261 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336262  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.62 
 
 
261 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.610891  normal  0.0260594 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
262 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  40.98 
 
 
264 aa  192  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
264 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.95 
 
 
264 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
264 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.6 
 
 
264 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.6 
 
 
264 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  41.95 
 
 
264 aa  187  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
264 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
264 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  41.32 
 
 
265 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.06 
 
 
264 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  40.98 
 
 
269 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
264 aa  186  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  40.98 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.57 
 
 
264 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.06 
 
 
265 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
264 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
264 aa  175  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
263 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
268 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
264 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
263 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
265 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
270 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  37.19 
 
 
265 aa  166  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  40.57 
 
 
264 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.35 
 
 
267 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  33.07 
 
 
260 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
265 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
262 aa  162  7e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
268 aa  158  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  39.42 
 
 
281 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  38.49 
 
 
264 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
264 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
275 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
268 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
265 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
277 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.15 
 
 
262 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
264 aa  149  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
597 aa  149  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.4 
 
 
275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
606 aa  146  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
272 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
270 aa  145  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.73 
 
 
274 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  36.08 
 
 
279 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.89 
 
 
265 aa  145  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  36.8 
 
 
289 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  36.76 
 
 
279 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  36.8 
 
 
289 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.86 
 
 
268 aa  143  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.09 
 
 
282 aa  142  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.68 
 
 
268 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.09 
 
 
282 aa  142  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.09 
 
 
282 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.86 
 
 
274 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.56 
 
 
284 aa  141  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
279 aa  141  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 
275 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  35.18 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.13 
 
 
587 aa  140  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
596 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  39.81 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
274 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
272 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
262 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
275 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
272 aa  138  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
279 aa  138  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  39.34 
 
 
276 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  35.71 
 
 
266 aa  137  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3185  ABC transporter permease  38.56 
 
 
271 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
279 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  34.92 
 
 
279 aa  137  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
274 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.560014  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
279 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
284 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.78 
 
 
282 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
272 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
275 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
267 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673957  normal  0.0589597 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.59 
 
 
287 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
272 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
273 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.668545  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1465  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  31.66 
 
 
262 aa  136  4e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
276 aa  135  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.86 
 
 
264 aa  132  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.650523  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
279 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
265 aa  132  6e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102499  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>