More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4417 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
268 aa  525  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.16 
 
 
265 aa  357  8e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  65.52 
 
 
265 aa  345  4e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.52 
 
 
270 aa  343  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.75 
 
 
265 aa  342  4e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.05 
 
 
265 aa  335  5e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
265 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  61.07 
 
 
264 aa  326  2.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  54.37 
 
 
269 aa  292  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.83 
 
 
265 aa  290  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
264 aa  289  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  53.79 
 
 
264 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.64 
 
 
263 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.41 
 
 
264 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.44 
 
 
264 aa  279  3e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.96 
 
 
264 aa  279  4e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  50.57 
 
 
265 aa  278  6e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.38 
 
 
264 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  51.53 
 
 
264 aa  267  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.53 
 
 
264 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.76 
 
 
264 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.76 
 
 
264 aa  264  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.76 
 
 
264 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.76 
 
 
264 aa  261  6e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.76 
 
 
264 aa  261  6e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.53 
 
 
264 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.38 
 
 
264 aa  260  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  49.81 
 
 
264 aa  248  6e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
263 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
262 aa  175  7e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  35.8 
 
 
260 aa  169  4e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  36.95 
 
 
264 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
264 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.29 
 
 
275 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  36.67 
 
 
266 aa  159  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  35.21 
 
 
271 aa  155  7e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
272 aa  153  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.31 
 
 
267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
277 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.72 
 
 
275 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
272 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
282 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.04 
 
 
282 aa  149  5e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.04 
 
 
282 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
267 aa  149  6e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
268 aa  149  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
265 aa  148  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
596 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.05 
 
 
276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
287 aa  145  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
268 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
275 aa  144  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
302 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  32.95 
 
 
302 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.96 
 
 
256 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  33.46 
 
 
281 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
272 aa  142  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
270 aa  142  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
278 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  38.56 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102499  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0498  putative sperimidine/putrescine ABC transporter (permease protein)  36.25 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 
269 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
262 aa  138  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
274 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
272 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.29 
 
 
274 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
275 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.99 
 
 
268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
275 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.88 
 
 
259 aa  135  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
274 aa  135  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.3 
 
 
262 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
269 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  32.5 
 
 
273 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
259 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
275 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  33.04 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.76 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
597 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.7 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.7 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.7 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  32.7 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  32.7 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  32.7 
 
 
266 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
272 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.17 
 
 
279 aa  133  3.9999999999999996e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
264 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
268 aa  133  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
276 aa  132  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.88 
 
 
275 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  31.76 
 
 
266 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
275 aa  132  5e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
302 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  33.2 
 
 
266 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>