More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1479 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
260 aa  508  1e-143  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.41 
 
 
262 aa  259  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.12 
 
 
262 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.53 
 
 
259 aa  234  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1465  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  45.17 
 
 
262 aa  224  1e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.77 
 
 
259 aa  219  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.53 
 
 
262 aa  203  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  37.5 
 
 
281 aa  188  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
264 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  36.82 
 
 
265 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  35.55 
 
 
264 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.55 
 
 
264 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  37.74 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.82 
 
 
263 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.35 
 
 
264 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
264 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
265 aa  178  7e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
263 aa  177  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  33.47 
 
 
269 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
265 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
264 aa  175  6e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
264 aa  174  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  34.38 
 
 
264 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
264 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
264 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  33.88 
 
 
265 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
264 aa  171  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
264 aa  171  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
264 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
268 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
268 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
270 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.06 
 
 
265 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  33.74 
 
 
264 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
268 aa  163  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
264 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
262 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  33.89 
 
 
266 aa  158  9e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
287 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
265 aa  155  8e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
265 aa  154  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
265 aa  154  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102499  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
265 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
279 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  32.03 
 
 
264 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
264 aa  151  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 
264 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.650523  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  31.75 
 
 
271 aa  149  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  34 
 
 
279 aa  149  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  35.55 
 
 
276 aa  148  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
279 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  33.2 
 
 
279 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
289 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
289 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
266 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0498  putative sperimidine/putrescine ABC transporter (permease protein)  31.93 
 
 
265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  34.6 
 
 
276 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 
279 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
279 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.09 
 
 
282 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  33.19 
 
 
282 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
282 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.2 
 
 
275 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.58 
 
 
267 aa  144  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.55 
 
 
268 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
279 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
273 aa  143  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227272  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
269 aa  143  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 
275 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.24 
 
 
275 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
274 aa  142  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
272 aa  141  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.9 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  30.57 
 
 
266 aa  140  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.9 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.9 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
272 aa  140  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
278 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.71 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.48 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
275 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
286 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163733  normal  0.0234889 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  33.47 
 
 
278 aa  139  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.18 
 
 
275 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.21 
 
 
269 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.74 
 
 
271 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.84 
 
 
274 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.08 
 
 
269 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.08 
 
 
268 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  30.45 
 
 
271 aa  138  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
266 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.89 
 
 
272 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>