More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2708 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  100 
 
 
264 aa  513  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
265 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.07 
 
 
268 aa  326  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.63 
 
 
265 aa  320  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  60.46 
 
 
265 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.23 
 
 
265 aa  317  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  57.58 
 
 
264 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.58 
 
 
264 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.85 
 
 
264 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.82 
 
 
264 aa  306  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.17 
 
 
270 aa  306  3e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.5 
 
 
265 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.89 
 
 
264 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  54.55 
 
 
269 aa  301  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.65 
 
 
263 aa  301  9e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.44 
 
 
264 aa  299  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  56.82 
 
 
264 aa  298  5e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  53.46 
 
 
265 aa  296  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.84 
 
 
265 aa  296  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.44 
 
 
264 aa  295  5e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.44 
 
 
264 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.68 
 
 
264 aa  292  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.44 
 
 
264 aa  292  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.06 
 
 
264 aa  291  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.68 
 
 
264 aa  289  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.68 
 
 
264 aa  289  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.44 
 
 
264 aa  285  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  58.71 
 
 
264 aa  279  4e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
263 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  40.87 
 
 
264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.87 
 
 
264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.05 
 
 
262 aa  185  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
277 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
287 aa  175  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  39.92 
 
 
281 aa  169  4e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35 
 
 
268 aa  168  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
265 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
268 aa  166  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  33.74 
 
 
260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.02 
 
 
275 aa  163  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  36.32 
 
 
266 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
268 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
275 aa  158  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  36.44 
 
 
271 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
272 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
272 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
275 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  33.91 
 
 
282 aa  155  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  33.91 
 
 
282 aa  155  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.91 
 
 
282 aa  155  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
270 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
596 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
272 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.33 
 
 
272 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3518  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  42.59 
 
 
261 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336262  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  35.83 
 
 
302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.83 
 
 
302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.14 
 
 
275 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
278 aa  151  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.14 
 
 
274 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.22 
 
 
262 aa  151  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
261 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.610891  normal  0.0260594 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.73 
 
 
268 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
276 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
259 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.96 
 
 
267 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
274 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
266 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
593 aa  149  4e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
275 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  35.96 
 
 
266 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
269 aa  148  7e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.84 
 
 
275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
262 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
279 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.12 
 
 
591 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
266 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
265 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102499  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
391 aa  145  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.91 
 
 
269 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
268 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
269 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
268 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
284 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
269 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
274 aa  143  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
597 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
587 aa  143  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.77 
 
 
284 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
273 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.668545  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
279 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
302 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  35.44 
 
 
260 aa  142  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
262 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
267 aa  142  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.48 
 
 
268 aa  141  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0758947  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.75 
 
 
259 aa  141  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  34.09 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>