More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3207 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
264 aa  517  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  85.23 
 
 
264 aa  455  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  84.85 
 
 
264 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.48 
 
 
264 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.52 
 
 
263 aa  400  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.97 
 
 
264 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.97 
 
 
264 aa  386  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.54 
 
 
264 aa  368  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  66.29 
 
 
264 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
264 aa  359  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.05 
 
 
264 aa  359  2e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.05 
 
 
264 aa  359  2e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
264 aa  359  2e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.05 
 
 
264 aa  359  2e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.91 
 
 
264 aa  358  7e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.15 
 
 
264 aa  354  6.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  69.08 
 
 
264 aa  333  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.4 
 
 
265 aa  315  4e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  58.17 
 
 
269 aa  301  5.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  56.44 
 
 
264 aa  301  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.72 
 
 
265 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  50.96 
 
 
265 aa  289  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  53.61 
 
 
265 aa  278  7e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.99 
 
 
265 aa  277  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.53 
 
 
268 aa  270  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.71 
 
 
270 aa  268  7e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
265 aa  263  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.47 
 
 
265 aa  255  6e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  37.75 
 
 
264 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
264 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.86 
 
 
263 aa  178  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.05 
 
 
272 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  36.19 
 
 
260 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
277 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  38.84 
 
 
281 aa  166  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  38.2 
 
 
266 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
262 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.63 
 
 
282 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
282 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  38.63 
 
 
282 aa  160  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
268 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.82 
 
 
275 aa  157  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.89 
 
 
267 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
268 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
275 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
272 aa  155  4e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
267 aa  155  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
279 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
265 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
279 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
274 aa  154  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
262 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
272 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
278 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.14 
 
 
269 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
269 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
269 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
268 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
268 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
262 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
268 aa  150  2e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
269 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
275 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
275 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.11 
 
 
274 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
287 aa  146  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  37.55 
 
 
259 aa  146  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
264 aa  146  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  37.55 
 
 
259 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  34 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  38.98 
 
 
260 aa  145  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
275 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.02 
 
 
275 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
270 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.2 
 
 
256 aa  145  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.12 
 
 
276 aa  145  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
275 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.29 
 
 
275 aa  144  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
279 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  37.4 
 
 
258 aa  143  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  34.78 
 
 
273 aa  143  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  34.18 
 
 
273 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.83 
 
 
256 aa  143  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.33 
 
 
273 aa  142  4e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.34 
 
 
272 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  32.91 
 
 
266 aa  142  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  32.82 
 
 
271 aa  142  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.09 
 
 
264 aa  142  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
275 aa  141  9e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.91 
 
 
271 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1037  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.36 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000490693  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
270 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  38.32 
 
 
276 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
391 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  37.85 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.82 
 
 
266 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.82 
 
 
266 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  31.82 
 
 
266 aa  139  3e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  31.82 
 
 
266 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  31.82 
 
 
266 aa  139  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>