More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8169 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 
260 aa  495  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.11 
 
 
263 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.83 
 
 
264 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  46.83 
 
 
264 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
264 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
264 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.62 
 
 
265 aa  185  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 
264 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.52 
 
 
264 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  38.52 
 
 
264 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.89 
 
 
264 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.87 
 
 
264 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  39.58 
 
 
265 aa  179  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.27 
 
 
264 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.68 
 
 
264 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  40.08 
 
 
264 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
264 aa  176  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  35.92 
 
 
264 aa  173  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.96 
 
 
263 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
265 aa  170  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.86 
 
 
262 aa  169  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
268 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
264 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  34.39 
 
 
260 aa  165  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  36.25 
 
 
265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
265 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
265 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
270 aa  160  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
272 aa  160  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
265 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
275 aa  157  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1465  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  33.08 
 
 
262 aa  155  5.0000000000000005e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.97 
 
 
259 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
277 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.77 
 
 
275 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.5 
 
 
275 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.96 
 
 
274 aa  153  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
269 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
591 aa  152  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
265 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.39 
 
 
269 aa  151  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  36.93 
 
 
271 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
272 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 
262 aa  150  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  38.43 
 
 
264 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
269 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
278 aa  149  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
272 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
276 aa  148  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
275 aa  148  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  37.73 
 
 
271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.77 
 
 
271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.87 
 
 
282 aa  147  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.87 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
269 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  37.79 
 
 
279 aa  146  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
268 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  35.37 
 
 
282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
268 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
596 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.44 
 
 
275 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
259 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  34.96 
 
 
266 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.44 
 
 
275 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
274 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.28 
 
 
266 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  36.4 
 
 
266 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  39.07 
 
 
276 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
275 aa  143  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.96 
 
 
266 aa  143  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.96 
 
 
266 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  39.07 
 
 
276 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
266 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
278 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.96 
 
 
266 aa  142  8e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.96 
 
 
266 aa  142  8e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.96 
 
 
266 aa  142  8e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  34.96 
 
 
266 aa  142  8e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.96 
 
 
266 aa  142  8e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.96 
 
 
266 aa  142  8e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
274 aa  142  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
276 aa  142  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.15 
 
 
272 aa  141  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
261 aa  141  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 
279 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.16 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  35.83 
 
 
279 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  36.44 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  36.44 
 
 
289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  36.44 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  34.55 
 
 
266 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>