More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1033 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
550 aa  1066    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
593 aa  279  8e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
588 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
587 aa  274  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 
597 aa  270  5e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.31 
 
 
606 aa  263  4.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
596 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
593 aa  258  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.42 
 
 
591 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184868  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.14 
 
 
669 aa  210  5e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.33 
 
 
268 aa  206  7e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.52 
 
 
588 aa  196  1e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0237049  normal  0.467133 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
268 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.11 
 
 
268 aa  195  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.04 
 
 
269 aa  193  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
269 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.46 
 
 
269 aa  191  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.09 
 
 
275 aa  187  4e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
269 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40 
 
 
275 aa  181  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
268 aa  179  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0758947  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  46.76 
 
 
279 aa  178  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  37.99 
 
 
271 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.09 
 
 
282 aa  174  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
272 aa  173  5.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.43 
 
 
272 aa  173  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  40.09 
 
 
282 aa  173  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.26 
 
 
271 aa  173  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
282 aa  173  6.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  38 
 
 
267 aa  172  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  39.34 
 
 
264 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
264 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  38.4 
 
 
266 aa  172  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
274 aa  169  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
391 aa  167  5e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
264 aa  167  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
283 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
275 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  38.71 
 
 
282 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
276 aa  165  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
266 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
279 aa  164  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
274 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.560014  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.22 
 
 
275 aa  163  6e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0853398  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
265 aa  163  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
266 aa  162  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
266 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
272 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
270 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.7 
 
 
279 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.38 
 
 
303 aa  161  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.72 
 
 
278 aa  159  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  39.83 
 
 
279 aa  158  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
270 aa  158  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
294 aa  158  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
272 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
276 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.39 
 
 
279 aa  157  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
261 aa  157  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  38.59 
 
 
264 aa  156  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  38.66 
 
 
279 aa  157  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.29 
 
 
284 aa  156  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.97 
 
 
424 aa  156  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  39.45 
 
 
281 aa  156  9e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
275 aa  156  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.06 
 
 
274 aa  156  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
281 aa  156  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
301 aa  155  1e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
279 aa  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 
279 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 
289 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  37.76 
 
 
289 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.13 
 
 
311 aa  154  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
265 aa  154  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.66 
 
 
278 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
275 aa  153  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
264 aa  153  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
281 aa  153  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.88 
 
 
290 aa  153  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  41.23 
 
 
276 aa  153  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
423 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
275 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  41.23 
 
 
276 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
278 aa  152  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.7 
 
 
423 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
278 aa  152  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
278 aa  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
415 aa  151  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
278 aa  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
281 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
281 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
281 aa  150  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.94 
 
 
422 aa  150  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
275 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
265 aa  150  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
422 aa  150  7e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
274 aa  150  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
290 aa  150  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.84 
 
 
591 aa  149  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  39.37 
 
 
275 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>