More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0325 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
273 aa  535  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.17 
 
 
272 aa  263  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.2 
 
 
269 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2121  putative spermidine/putrescine transport system permease protein  49.16 
 
 
265 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
267 aa  148  9e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.86 
 
 
257 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.48 
 
 
272 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.81 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  31.34 
 
 
284 aa  138  7.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  35.25 
 
 
273 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  31.09 
 
 
266 aa  137  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.63 
 
 
256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.89 
 
 
272 aa  136  3.0000000000000003e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
273 aa  135  8e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  33.72 
 
 
273 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  35.02 
 
 
264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  33.72 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
263 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
286 aa  132  6e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163733  normal  0.0234889 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
272 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.02 
 
 
257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.67 
 
 
268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  30.63 
 
 
276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.04 
 
 
262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  33.2 
 
 
287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.97 
 
 
275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  35.96 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
269 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
268 aa  130  3e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
268 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  29.59 
 
 
266 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  35.96 
 
 
269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  33.05 
 
 
260 aa  129  4.0000000000000003e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  34.91 
 
 
272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  35.62 
 
 
272 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.21 
 
 
266 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  35.11 
 
 
268 aa  129  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.21 
 
 
266 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
268 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1141  hypothetical protein  32.64 
 
 
255 aa  128  9.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1958  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.2 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1146  hypothetical protein  32.64 
 
 
255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.9 
 
 
268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
269 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.9 
 
 
268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  34.26 
 
 
271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.84 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.84 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  28.84 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.67 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.96 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  28.84 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.84 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.4 
 
 
264 aa  127  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  34.38 
 
 
282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  30.54 
 
 
256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  35.19 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  33.76 
 
 
256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  34.86 
 
 
282 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
262 aa  125  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  34.43 
 
 
264 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
272 aa  125  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.92 
 
 
272 aa  125  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  34.82 
 
 
260 aa  125  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
264 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.86 
 
 
256 aa  125  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  31.72 
 
 
293 aa  125  9e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  33.33 
 
 
256 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
278 aa  124  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
268 aa  125  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  36.25 
 
 
266 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.17 
 
 
391 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.87 
 
 
264 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0148885  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
284 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
292 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
266 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1937  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potC)-like protein  30.77 
 
 
266 aa  123  3e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.8 
 
 
273 aa  123  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.08 
 
 
259 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  32.93 
 
 
285 aa  123  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  37.01 
 
 
259 aa  122  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.59 
 
 
278 aa  122  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  31.71 
 
 
265 aa  122  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  37.01 
 
 
259 aa  122  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.23 
 
 
284 aa  122  5e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.91 
 
 
273 aa  122  6e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
260 aa  122  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1345  Ornithine carbamoyltransferase  37.39 
 
 
280 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.593277  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  33.06 
 
 
286 aa  122  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  34.06 
 
 
271 aa  122  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.29 
 
 
280 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
272 aa  122  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  32.2 
 
 
264 aa  122  9e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  34.44 
 
 
275 aa  122  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.49 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>