More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2037 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  100 
 
 
269 aa  538  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0287  ABC transporter permease  50.97 
 
 
269 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.19 
 
 
262 aa  249  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  52.04 
 
 
262 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
264 aa  229  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 
266 aa  227  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.361864  normal  0.102972 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.98 
 
 
266 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2398  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  45.98 
 
 
266 aa  226  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  45.41 
 
 
266 aa  219  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  45.41 
 
 
266 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  45.41 
 
 
266 aa  219  3e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  45.41 
 
 
266 aa  219  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  45.41 
 
 
266 aa  219  3e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  45.41 
 
 
266 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  45 
 
 
266 aa  217  2e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  45.33 
 
 
266 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  45.33 
 
 
266 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  45.18 
 
 
266 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.9 
 
 
266 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.15 
 
 
272 aa  206  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  45.41 
 
 
266 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
267 aa  202  4e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  42.45 
 
 
259 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  42.45 
 
 
259 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
275 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  44.44 
 
 
258 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  41.06 
 
 
275 aa  198  7.999999999999999e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  40.32 
 
 
271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  40.32 
 
 
271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  40.32 
 
 
271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  40.32 
 
 
271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  40.08 
 
 
275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
272 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  39.52 
 
 
271 aa  196  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  43.11 
 
 
272 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
269 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  42.54 
 
 
273 aa  195  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1580  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  39.53 
 
 
284 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.333619  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0085  ABC transporter, permease protein  39.92 
 
 
284 aa  195  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.52 
 
 
271 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  39.18 
 
 
272 aa  194  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
271 aa  194  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
271 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.97 
 
 
272 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  38.62 
 
 
271 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
271 aa  193  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
271 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
264 aa  192  3e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  39.75 
 
 
273 aa  192  6e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  40.44 
 
 
273 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  41.63 
 
 
270 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0130  ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component II  44.31 
 
 
293 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.501331  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
272 aa  189  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  42.04 
 
 
258 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.29 
 
 
281 aa  188  7e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  40.83 
 
 
289 aa  188  9e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.61 
 
 
278 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  39.56 
 
 
266 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.91 
 
 
273 aa  186  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  40.44 
 
 
271 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  43.72 
 
 
264 aa  185  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.95 
 
 
281 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.95 
 
 
281 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.04 
 
 
281 aa  185  7e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  36.95 
 
 
281 aa  185  8e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.7 
 
 
296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710361  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6331  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
273 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.949038  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  37.3 
 
 
297 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  38.01 
 
 
273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  37.12 
 
 
260 aa  183  3e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
279 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.49 
 
 
281 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.49 
 
 
281 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  38.58 
 
 
279 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.49 
 
 
281 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
260 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  35.77 
 
 
276 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.68 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0349  ornithine carbamoyltransferase  38.87 
 
 
295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.49 
 
 
281 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
279 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
279 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  38.58 
 
 
279 aa  182  7e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.09 
 
 
267 aa  181  8.000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  36.9 
 
 
297 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1951  putrescine ABC transporter, permease protein  38.19 
 
 
309 aa  181  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1276  ornithine carbamoyltransferase  39.52 
 
 
272 aa  180  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.719655  normal  0.197685 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  36.9 
 
 
297 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2017  putrescine transport system permease protein  37.8 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0631  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  37.8 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366823  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0723  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  37.8 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.8 
 
 
279 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.8 
 
 
279 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  37.08 
 
 
289 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  37.8 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.9 
 
 
293 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.85 
 
 
264 aa  179  4.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>