More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1379 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
266 aa  527  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.361864  normal  0.102972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2398  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  96.23 
 
 
266 aa  513  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.23 
 
 
266 aa  513  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.04 
 
 
266 aa  337  9e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0287  ABC transporter permease  52.31 
 
 
269 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.51 
 
 
262 aa  236  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2037  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  46.33 
 
 
269 aa  227  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0823298  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.95 
 
 
264 aa  223  4e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  48.43 
 
 
262 aa  222  4e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.77 
 
 
267 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48730  polyamine transport protein PotI  40.33 
 
 
289 aa  188  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.907578  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0130  ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component II  47.3 
 
 
293 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.501331  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4861  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.55 
 
 
293 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6775  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
260 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.261463  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  42.13 
 
 
285 aa  179  2.9999999999999997e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5301  putrescine ABC transporter, permease protein  37.89 
 
 
293 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  41.76 
 
 
286 aa  179  4e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03960  polyamine transport protein PotI  37.6 
 
 
289 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  42.61 
 
 
259 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  42.61 
 
 
259 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39 
 
 
273 aa  178  7e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5177  ornithine carbamoyltransferase  37.55 
 
 
297 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00577642  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0395  polyamine transport protein PotI  37.5 
 
 
289 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5237  ornithine carbamoyltransferase  37.86 
 
 
297 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5084  ornithine carbamoyltransferase  37.55 
 
 
297 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.182213  normal  0.482733 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 
272 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1580  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 
284 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.333619  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  39.24 
 
 
266 aa  177  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  41.49 
 
 
272 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  39.52 
 
 
273 aa  176  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.42 
 
 
267 aa  176  3e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
272 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0286  ornithine carbamoyltransferase  37.45 
 
 
297 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470057  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  42.86 
 
 
258 aa  176  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
275 aa  176  5e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.7 
 
 
278 aa  175  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5401  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.4 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.424261  hitchhiker  0.00155673 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0085  ABC transporter, permease protein  41.64 
 
 
284 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  42.48 
 
 
256 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  37.5 
 
 
266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  37.5 
 
 
266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  37.5 
 
 
266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  37.5 
 
 
266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
266 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  36.22 
 
 
272 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  38.55 
 
 
293 aa  173  2.9999999999999996e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  42.04 
 
 
256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7680  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.2 
 
 
313 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.540437  normal  0.115465 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  38.31 
 
 
271 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  37.1 
 
 
266 aa  172  5e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  37.9 
 
 
272 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
272 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  37.65 
 
 
273 aa  171  7.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.15 
 
 
269 aa  171  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
261 aa  171  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  37.65 
 
 
273 aa  171  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.1 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.1 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  38.49 
 
 
274 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.24 
 
 
281 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  38.34 
 
 
276 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  37.94 
 
 
275 aa  169  4e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.24 
 
 
281 aa  169  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.24 
 
 
281 aa  169  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  36.73 
 
 
266 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2118  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.19 
 
 
294 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210176  normal  0.100236 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.46 
 
 
272 aa  168  8e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
310 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.979336  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0349  ornithine carbamoyltransferase  35.91 
 
 
295 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  37.21 
 
 
275 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  41 
 
 
288 aa  167  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  39 
 
 
260 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
271 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  38.43 
 
 
271 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2284  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.63 
 
 
281 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.408593  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  35.42 
 
 
279 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  37.66 
 
 
273 aa  166  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
271 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
271 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  38.17 
 
 
271 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  38.17 
 
 
271 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  38.17 
 
 
271 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  38.17 
 
 
271 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.72 
 
 
281 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.72 
 
 
281 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.72 
 
 
281 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
271 aa  165  8e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.72 
 
 
281 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
295 aa  165  9e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  37.2 
 
 
271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  39.15 
 
 
281 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
264 aa  163  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1695  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.63 
 
 
281 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.714449  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1648  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.98 
 
 
281 aa  163  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.256197 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  36.4 
 
 
270 aa  163  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1961  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.2 
 
 
281 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
281 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>