More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1598 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  100 
 
 
268 aa  519  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.15 
 
 
268 aa  387  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  71.15 
 
 
268 aa  359  2e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.15 
 
 
268 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.54 
 
 
268 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.3 
 
 
268 aa  335  5.999999999999999e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  38.95 
 
 
266 aa  187  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  37.45 
 
 
266 aa  186  5e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.45 
 
 
266 aa  185  6e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  37.45 
 
 
266 aa  185  6e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  37.45 
 
 
266 aa  185  6e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  37.45 
 
 
266 aa  185  6e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.45 
 
 
266 aa  185  6e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  37.45 
 
 
266 aa  185  6e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.45 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.45 
 
 
266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  37.45 
 
 
266 aa  175  5e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.04 
 
 
264 aa  170  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.19 
 
 
275 aa  162  7e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
284 aa  159  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
267 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
275 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  36.22 
 
 
273 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  35.83 
 
 
273 aa  150  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  37.3 
 
 
244 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  37.25 
 
 
273 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  39.62 
 
 
284 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  35.57 
 
 
260 aa  148  8e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.6 
 
 
270 aa  148  9e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  33.46 
 
 
285 aa  147  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.95 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  32.56 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  36.97 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.99 
 
 
254 aa  146  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.2 
 
 
272 aa  146  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  36.84 
 
 
272 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  33.46 
 
 
286 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  39.08 
 
 
274 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.56 
 
 
256 aa  144  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
272 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.44 
 
 
273 aa  142  5e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  31.03 
 
 
276 aa  142  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
280 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.91 
 
 
281 aa  141  9e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.91 
 
 
281 aa  141  9e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.91 
 
 
281 aa  141  9e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.38 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  36.33 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.71 
 
 
272 aa  141  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  35.71 
 
 
266 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.86 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.15 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01122  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.9 
 
 
264 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2523  Ornithine carbamoyltransferase  33.9 
 
 
264 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122553  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
274 aa  140  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
279 aa  140  3e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  37.44 
 
 
272 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01130  hypothetical protein  33.9 
 
 
264 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1244  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.9 
 
 
264 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0760675  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2201  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.9 
 
 
264 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381737  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2479  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.9 
 
 
264 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0237436  normal  0.58915 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2002  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.9 
 
 
264 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.818334 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1247  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.9 
 
 
264 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0802676  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1502  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.9 
 
 
264 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000827524  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
263 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
284 aa  139  3.9999999999999997e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
269 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
269 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
268 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
272 aa  138  7.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.47 
 
 
275 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.99 
 
 
267 aa  138  8.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.27 
 
 
257 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
289 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.698414  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.44 
 
 
268 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  35.34 
 
 
264 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
264 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  31.87 
 
 
265 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
271 aa  137  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.15 
 
 
262 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  37.25 
 
 
271 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  32.42 
 
 
293 aa  137  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
272 aa  137  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  36.32 
 
 
256 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  36.86 
 
 
271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  36.08 
 
 
271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.47 
 
 
269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0343  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.15 
 
 
256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  36.86 
 
 
271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  36.86 
 
 
271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  36.86 
 
 
271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
271 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  32.91 
 
 
282 aa  135  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  35.87 
 
 
256 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
275 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>