More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6872 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_6872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
295 aa  575  1.0000000000000001e-163  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  76.19 
 
 
291 aa  420  1e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174626  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07130  ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component II  68.8 
 
 
290 aa  339  2.9999999999999998e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.396184  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.93 
 
 
306 aa  326  2.0000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.817792  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.12 
 
 
307 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.37571  normal  0.155307 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.98 
 
 
301 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.12 
 
 
307 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  0.336927 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.12 
 
 
307 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1687  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.12 
 
 
307 aa  299  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.14 
 
 
307 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0707466  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
307 aa  297  1e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.142547 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.22 
 
 
280 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4848  ABC transporter, inner membrane subunit  59.32 
 
 
310 aa  295  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.432693  hitchhiker  0.000811543 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.46 
 
 
312 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3340  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.07 
 
 
280 aa  291  6e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0757  ABC transporter, permease protein  58.24 
 
 
280 aa  272  4.0000000000000004e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.931203  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5508  ABC transporter membrane spanning protein  60.15 
 
 
280 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0807  ABC transporter, permease protein  57.85 
 
 
280 aa  270  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 
270 aa  245  6.999999999999999e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.86 
 
 
263 aa  117  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 
269 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 
268 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 
268 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
276 aa  109  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.93 
 
 
272 aa  108  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.52 
 
 
269 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
268 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.81 
 
 
269 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 
588 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.92 
 
 
280 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.41 
 
 
269 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.58 
 
 
255 aa  96.3  5e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.77 
 
 
283 aa  96.7  5e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.93964  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.31 
 
 
267 aa  95.5  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  27.46 
 
 
271 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.78 
 
 
271 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.03 
 
 
300 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.47 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
295 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2178  ABC transporter membrane spanning protein  30 
 
 
288 aa  93.2  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.26 
 
 
280 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  28 
 
 
281 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  28.05 
 
 
244 aa  91.7  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0283  polyamine ABC-transporter, inner membrane subunit  29.36 
 
 
274 aa  90.9  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.463421  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.59 
 
 
295 aa  90.9  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  34.41 
 
 
264 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0809  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
281 aa  91.3  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.84 
 
 
596 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.14 
 
 
275 aa  90.5  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  27.46 
 
 
266 aa  90.1  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2558  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  33.17 
 
 
293 aa  90.1  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.000169531  normal  0.108126 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  27.66 
 
 
264 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.14 
 
 
606 aa  89.7  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.66 
 
 
264 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  30.3 
 
 
267 aa  89.7  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.74 
 
 
266 aa  89.4  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 
300 aa  89.4  7e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.56 
 
 
270 aa  89.4  7e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124345  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  32.07 
 
 
366 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.46 
 
 
264 aa  89  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  32.07 
 
 
347 aa  88.2  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4467  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.69 
 
 
282 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.380773  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7452  ABC transporter membrane spanning protein  31.63 
 
 
271 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.35 
 
 
268 aa  88.6  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  26.92 
 
 
284 aa  88.6  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  32.28 
 
 
300 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.2 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1939  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.15 
 
 
314 aa  87.8  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0503026  normal  0.979613 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.2 
 
 
279 aa  87  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
273 aa  87.4  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227272  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
264 aa  87  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2542  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.93 
 
 
283 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.40939  normal  0.246449 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  26.22 
 
 
265 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.26 
 
 
276 aa  86.3  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
266 aa  86.7  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
262 aa  86.3  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.67 
 
 
261 aa  86.3  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.82 
 
 
277 aa  85.1  0.000000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.46 
 
 
270 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  31.9 
 
 
366 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.54 
 
 
265 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6805  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  32.23 
 
 
224 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000182685 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  31.9 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06510  carbohydrate ABC transporter membrane protein  28.57 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  31.65 
 
 
410 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.69 
 
 
591 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.82 
 
 
273 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00118636  normal  0.712976 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  23.11 
 
 
265 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  31.9 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  31.9 
 
 
362 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
265 aa  84  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.89 
 
 
265 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0498  putative sperimidine/putrescine ABC transporter (permease protein)  27.31 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
243 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.14 
 
 
258 aa  83.2  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1736  NifC-like ABC-type porter  26.34 
 
 
270 aa  83.2  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  30.85 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7705  sugar ABC transporter (permease)  30.77 
 
 
301 aa  82.8  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.675914 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1445  NifC-like ABC-type porter  29.33 
 
 
266 aa  82.8  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  28.14 
 
 
242 aa  82.8  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>