More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7452 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7452  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 
271 aa  531  1e-150  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5611  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  63.26 
 
 
269 aa  324  1e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.64 
 
 
275 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.415654 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0182  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
268 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
270 aa  166  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.124345  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
283 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.93964  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2178  ABC transporter membrane spanning protein  32.78 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178146  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2450  putative spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.72 
 
 
278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.32 
 
 
278 aa  112  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.260813  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2058  putative spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.32 
 
 
278 aa  112  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.650732  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  31.78 
 
 
264 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
264 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.93 
 
 
263 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  30.12 
 
 
264 aa  99.8  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  29.32 
 
 
265 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.57 
 
 
277 aa  97.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.4 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.06 
 
 
265 aa  95.9  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  28.4 
 
 
264 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  28.4 
 
 
264 aa  95.9  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
264 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1754  putative ABC transporter (permease protein)  28.24 
 
 
274 aa  94.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  0.512561 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.35 
 
 
265 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.91 
 
 
275 aa  93.2  4e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
291 aa  92.4  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174626  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.46 
 
 
263 aa  92.4  8e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.3 
 
 
268 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.18 
 
 
280 aa  92  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.565272 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.24 
 
 
264 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
264 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
264 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
264 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
270 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.62 
 
 
264 aa  89.4  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.5 
 
 
276 aa  89.4  6e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
275 aa  89  8e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0623628 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.59 
 
 
264 aa  88.6  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.91 
 
 
264 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.59 
 
 
275 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.607728  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.91 
 
 
264 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0230  sugar ABC transporter, permease protein  28.99 
 
 
291 aa  87.4  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0237  sugar ABC transporter, permease protein  28.99 
 
 
291 aa  87.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.963709  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  27.43 
 
 
265 aa  86.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.85 
 
 
271 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0761213  normal  0.695628 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1873  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
278 aa  86.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.617098  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5200  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.27 
 
 
271 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  0.0825161 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.62 
 
 
296 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.174421 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1585  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
265 aa  86.3  5e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
265 aa  86.3  5e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00509999  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5363  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.73 
 
 
285 aa  85.5  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.547781 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.87 
 
 
596 aa  85.5  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.34 
 
 
279 aa  85.5  9e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.92 
 
 
275 aa  85.5  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.275064  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0280  ABC transporter, inner membrane subunit  28.57 
 
 
280 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.787211  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
591 aa  85.1  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.62 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3130  maltose transporter permease  30.99 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0528646  decreased coverage  0.00285167 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.22 
 
 
265 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.85 
 
 
255 aa  84  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.95 
 
 
265 aa  84.3  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.17 
 
 
264 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.91 
 
 
301 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
305 aa  83.2  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03310  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
288 aa  82.8  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.28 
 
 
270 aa  82.8  0.000000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.06 
 
 
276 aa  82.8  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
442 aa  82.4  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.340361  normal  0.449211 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.18 
 
 
287 aa  82.4  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  26.87 
 
 
269 aa  81.6  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0363  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.67 
 
 
272 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293535  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
426 aa  81.3  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.07 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  29.3 
 
 
267 aa  81.3  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  28.12 
 
 
269 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.97 
 
 
289 aa  81.3  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.05 
 
 
292 aa  80.5  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.466995  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5253  ABC transporter membrane spanning protein (sugars)  28.37 
 
 
354 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
267 aa  80.1  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.36 
 
 
280 aa  80.5  0.00000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.41482 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1868  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.56 
 
 
276 aa  79.7  0.00000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.82 
 
 
261 aa  80.1  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  24.14 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2280  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.28 
 
 
280 aa  79.7  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.326107  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.95 
 
 
265 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2697  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.35 
 
 
293 aa  79.3  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.23 
 
 
316 aa  79  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.72 
 
 
563 aa  79  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0807  ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
280 aa  78.6  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
442 aa  78.6  0.00000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.132762  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.81 
 
 
280 aa  78.6  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0757  ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 
280 aa  78.2  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.931203  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20470  carbohydrate ABC transporter membrane protein  29.2 
 
 
289 aa  78.6  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0780045  normal  0.389193 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1703  putative transport system permease ABC transporter protein  26.61 
 
 
292 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.757038  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05440  carbohydrate ABC transporter membrane protein  29.7 
 
 
307 aa  78.6  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.050978  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.59 
 
 
272 aa  78.2  0.0000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.59 
 
 
270 aa  78.2  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
305 aa  78.2  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.995394  normal  0.0303683 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
279 aa  78.2  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.675174  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25 
 
 
277 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.35 
 
 
280 aa  78.2  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248821  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>