More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_7047 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_7047  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
382 aa  712    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.24 
 
 
410 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3860  DNA polymerase III epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease-like protein  57.82 
 
 
407 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.0698195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.5 
 
 
406 aa  152  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  47.47 
 
 
405 aa  140  4.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.81 
 
 
547 aa  125  1e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.13 
 
 
204 aa  114  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1624  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.72 
 
 
298 aa  105  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00188166  normal  0.266938 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  46.2 
 
 
389 aa  104  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.16 
 
 
328 aa  102  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.23 
 
 
590 aa  101  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  44.59 
 
 
330 aa  100  4e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  44.59 
 
 
330 aa  100  4e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  44.59 
 
 
330 aa  100  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9062  DNA-directed DNA polymerase  45.75 
 
 
189 aa  97.1  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  43.31 
 
 
345 aa  96.3  9e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.15 
 
 
224 aa  92  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  42.04 
 
 
333 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.27 
 
 
339 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35510  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  47.01 
 
 
611 aa  87  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.99 
 
 
530 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  39.51 
 
 
516 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  40.85 
 
 
530 aa  85.1  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2347  exonuclease  40.37 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13743  DNA polymerase III subunit epsilon  41.77 
 
 
329 aa  83.6  0.000000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000832595  normal  0.511972 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  36.16 
 
 
720 aa  82  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  46.55 
 
 
379 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.9 
 
 
449 aa  79.7  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.91 
 
 
453 aa  79.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.59 
 
 
476 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3006  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  39.29 
 
 
381 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00547496  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3040  DNA polymerase/helicase  39.29 
 
 
381 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476773  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 
392 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.51 
 
 
375 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.76 
 
 
470 aa  77.4  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.14 
 
 
383 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
453 aa  77.4  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.51 
 
 
375 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.51 
 
 
375 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.09 
 
 
466 aa  77  0.0000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2940  exonuclease DNA polymerase III subunit epsilon  39.29 
 
 
381 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000147558  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 
375 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 
375 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.94 
 
 
459 aa  76.3  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  32.16 
 
 
797 aa  76.3  0.0000000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.89 
 
 
398 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.15 
 
 
395 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.3 
 
 
502 aa  75.5  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.97 
 
 
280 aa  74.3  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 
442 aa  74.3  0.000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.54 
 
 
378 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  31.44 
 
 
954 aa  73.6  0.000000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.13 
 
 
225 aa  72  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.5 
 
 
456 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 
180 aa  72  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.71 
 
 
706 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.76 
 
 
456 aa  71.2  0.00000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  29.79 
 
 
457 aa  71.2  0.00000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.74 
 
 
769 aa  69.7  0.00000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0251  exonuclease  33.95 
 
 
256 aa  68.9  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.53 
 
 
565 aa  68.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.75 
 
 
462 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.46 
 
 
463 aa  67.8  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  27.61 
 
 
489 aa  67.4  0.0000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.58 
 
 
715 aa  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.04 
 
 
532 aa  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
174 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0181  putative exonuclease  35.91 
 
 
289 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.66165  normal  0.100194 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5882  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.59 
 
 
193 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.13 
 
 
235 aa  65.1  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5482  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.59 
 
 
193 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.915048 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.07 
 
 
482 aa  64.3  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.04 
 
 
921 aa  64.7  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.08 
 
 
695 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  30.16 
 
 
1440 aa  64.3  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  35.93 
 
 
242 aa  63.9  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  36.11 
 
 
527 aa  63.5  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  36.22 
 
 
578 aa  63.5  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 
253 aa  63.5  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  32.47 
 
 
252 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  32.47 
 
 
252 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  28.82 
 
 
1402 aa  62.4  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
252 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.98 
 
 
232 aa  62.8  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
233 aa  62  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  29.7 
 
 
239 aa  61.6  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  34.39 
 
 
695 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.39 
 
 
695 aa  62  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
231 aa  61.6  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
267 aa  61.2  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  34.15 
 
 
252 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  32.74 
 
 
246 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.14 
 
 
203 aa  60.8  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  33.53 
 
 
242 aa  60.8  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  30.7 
 
 
252 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.09 
 
 
934 aa  60.8  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 
243 aa  60.8  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  31.01 
 
 
217 aa  60.1  0.00000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.95 
 
 
239 aa  60.1  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  34.73 
 
 
242 aa  60.1  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>