More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1243 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  100 
 
 
244 aa  458  9.999999999999999e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  61.25 
 
 
259 aa  259  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  57.09 
 
 
252 aa  238  6.999999999999999e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  55.51 
 
 
244 aa  227  1e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  53.04 
 
 
246 aa  227  1e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.51 
 
 
244 aa  222  4e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  59.92 
 
 
243 aa  221  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  51.41 
 
 
248 aa  219  3e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.29 
 
 
244 aa  218  8.999999999999998e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.51 
 
 
248 aa  217  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  54.1 
 
 
243 aa  217  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.51 
 
 
248 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  54.51 
 
 
248 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.85 
 
 
262 aa  212  4.9999999999999996e-54  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  53.44 
 
 
245 aa  207  2e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  55.56 
 
 
251 aa  205  6e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  48.4 
 
 
249 aa  202  4e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  50.19 
 
 
256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  50.78 
 
 
257 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.26 
 
 
246 aa  196  3e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  51.87 
 
 
255 aa  195  5.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  47.67 
 
 
257 aa  191  1e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.37 
 
 
246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.44 
 
 
247 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.67 
 
 
242 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  50.2 
 
 
262 aa  172  2.9999999999999996e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.71 
 
 
253 aa  169  5e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  45.85 
 
 
252 aa  166  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  47.18 
 
 
250 aa  164  9e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.14 
 
 
257 aa  162  3e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.15 
 
 
258 aa  157  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  46.85 
 
 
253 aa  153  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.93 
 
 
230 aa  144  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  36.6 
 
 
265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.67 
 
 
265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.71 
 
 
244 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  36.48 
 
 
260 aa  122  4e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  34.03 
 
 
246 aa  117  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
258 aa  116  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.5 
 
 
249 aa  115  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  36.71 
 
 
244 aa  115  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.76 
 
 
249 aa  112  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.29 
 
 
247 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  27.56 
 
 
249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  31.95 
 
 
247 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  39.19 
 
 
249 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.51 
 
 
250 aa  107  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  37.17 
 
 
291 aa  107  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  31.02 
 
 
245 aa  106  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.62 
 
 
239 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  36.61 
 
 
243 aa  105  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.88 
 
 
244 aa  105  6e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  31.8 
 
 
246 aa  105  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.1 
 
 
246 aa  105  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.51 
 
 
243 aa  105  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.77 
 
 
244 aa  105  9e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.95 
 
 
243 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.95 
 
 
243 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.95 
 
 
243 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  30.52 
 
 
248 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.63 
 
 
246 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
247 aa  103  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.82 
 
 
257 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.48 
 
 
239 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.55 
 
 
246 aa  102  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
239 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.08 
 
 
249 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.08 
 
 
249 aa  101  8e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.69 
 
 
253 aa  101  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.08 
 
 
249 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.63 
 
 
244 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  28.63 
 
 
245 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.78 
 
 
244 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.7 
 
 
247 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
239 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.48 
 
 
239 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  27.27 
 
 
248 aa  100  3e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.3 
 
 
244 aa  99.8  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.67 
 
 
249 aa  99.8  4e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
249 aa  99.4  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.88 
 
 
245 aa  99.4  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.12 
 
 
243 aa  99  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.05 
 
 
255 aa  98.6  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.38 
 
 
249 aa  98.6  8e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.38 
 
 
249 aa  98.6  8e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.05 
 
 
255 aa  98.6  8e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.38 
 
 
249 aa  98.6  8e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.05 
 
 
255 aa  98.6  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.05 
 
 
255 aa  98.6  8e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.38 
 
 
249 aa  98.6  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.05 
 
 
255 aa  98.6  8e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3586  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.78 
 
 
245 aa  97.8  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.982939  normal  0.09223 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.87 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.75 
 
 
255 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.04 
 
 
240 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.75 
 
 
241 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.67 
 
 
243 aa  97.4  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  31.67 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.48 
 
 
239 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>