278 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Shew_0001  CDS  NC_009092  111  1490  1380  chromosomal replication initiation protein  YP_001092133  decreased coverage  7.81636e-06  unclonable  3.44978e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0002  CDS  NC_009092  1511  2611  1101  DNA polymerase III, beta subunit  YP_001092134  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0024  CDS  NC_009092  27605  27910  306  ArsR family transcriptional regulator  YP_001092156  unclonable  5.55304e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0140  CDS  NC_009092  149997  150455  459  RNP-1-like RNA-binding protein  YP_001092271  unclonable  5.6681e-09  normal  0.0664394  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0157  CDS  NC_009092  179226  179537  312  30S ribosomal protein S10  YP_001092288  unclonable  2.55753e-09  decreased coverage  4.48668e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0168  CDS  NC_009092  184343  184711  369  50S ribosomal protein L14  YP_001092299  unclonable  2.80121e-09  hitchhiker  0.000304102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0178  CDS  NC_009092  188374  189714  1341  preprotein translocase subunit SecY  YP_001092309  unclonable  4.08952e-07  hitchhiker  0.00214614  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0179  CDS  NC_009092  189736  189849  114  50S ribosomal protein L36  YP_001092310  unclonable  1.87157e-09  hitchhiker  0.00156032  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0180  CDS  NC_009092  189967  190323  357  30S ribosomal protein S13  YP_001092311  unclonable  4.23158e-09  hitchhiker  0.00154728  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0190  CDS  NC_009092  196133  196783  651  cytochrome c biogenesis protein CcmA  YP_001092321  unclonable  1.46102e-08  hitchhiker  0.00172001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0191  CDS  NC_009092  197116  197409  294  cytochrome c, class I  YP_001092322  unclonable  2.35852e-09  hitchhiker  0.00582407  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0192  CDS  NC_009092  197601  198851  1251  TPR repeat-containing protein  YP_001092323  unclonable  3.08025e-07  hitchhiker  0.00684666  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0193  CDS  NC_009092  199263  201239  1977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  YP_001092324  unclonable  1.08567e-05  normal  0.0553743  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0213  CDS  NC_009092  228784  229299  516  shikimate kinase I  YP_001092344  unclonable  1.06831e-08  hitchhiker  0.00783685  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0260  CDS  NC_009092  279538  280386  849  hypothetical protein  YP_001092391  unclonable  3.97247e-08  normal  0.0163156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0272  CDS  NC_009092  289060  289803  744  cupin 2 domain-containing protein  YP_001092403  normal  0.181215  unclonable  2.1691e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0341  CDS  NC_009092  387111  389840  2730  TonB-dependent receptor  YP_001092472  unclonable  0.000307773  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0544  CDS  NC_009092  614493  615839  1347  outer membrane channel protein  YP_001092675  unclonable  5.76987e-07  normal  0.601769  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0570  CDS  NC_009092  646171  646761  591  ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit  YP_001092701  unclonable  6.86632e-09  normal  0.220294  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0585  CDS  NC_009092  662616  663251  636  cAMP-regulatory protein  YP_001092716  unclonable  9.188e-09  normal  0.481967  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0616  CDS  NC_009092  701190  701738  549  SH3 domain-containing protein  YP_001092747  unclonable  8.39293e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0668  CDS  NC_009092  760155  761870  1716  hypothetical protein  YP_001092799  normal  0.718809  unclonable  4.73139e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0669  CDS  NC_009092  761972  762502  531  redoxin domain-containing protein  YP_001092800  normal  0.671483  unclonable  2.72005e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0670  CDS  NC_009092  762619  764085  1467  hypothetical protein  YP_001092801  normal  unclonable  4.36312e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0773  CDS  NC_009092  882949  883938  990  fructose-1,6-bisphosphatase  YP_001092904  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0106002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0840  CDS  NC_009092  963046  963813  768  peptidylprolyl isomerase, FKBP-type  YP_001092971  unclonable  2.03846e-08  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0841  CDS  NC_009092  964006  964380  375  hypothetical protein  YP_001092972  unclonable  5.55304e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0852  CDS  NC_009092  975242  975418  177  hypothetical protein  YP_001092983  unclonable  2.02898e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0868  CDS  NC_009092  989310  990281  972  trans-hexaprenyltranstransferase  YP_001092999  unclonable  6.12724e-08  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0869  CDS  NC_009092  990557  990868  312  50S ribosomal protein L21  YP_001093000  unclonable  2.45664e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0881  CDS  NC_009092  1000116  1001420  1305  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  YP_001093012  unclonable  3.01767e-07  normal  0.688163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0894  CDS  NC_009092  1015252  1015524  273  hypothetical protein  YP_001093024  unclonable  4.27519e-09  normal  0.844163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0895  CDS  NC_009092  1015603  1016886  1284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  YP_001093025  unclonable  4.39067e-07  normal  0.678719  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_0896  CDS  NC_009092  1016897  1017610  714  two component transcriptional regulator  YP_001093026  unclonable  1.89871e-08  normal  0.423328  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1007  CDS  NC_009092  1164241  1164507  267  major outer membrane lipoprotein, putative  YP_001093137  unclonable  2.69001e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1037  CDS  NC_009092  1199866  1200537  672  DNA mismatch repair protein  YP_001093167  unclonable  2.3466e-08  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1038  CDS  NC_009092  1201232  1201756  525  dinucleoside polyphosphate hydrolase  YP_001093168  unclonable  1.56815e-08  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1052  CDS  NC_009092  1214071  1215861  1791  GTP-binding protein LepA  YP_001093182  unclonable  3.15171e-06  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1066  CDS  NC_009092  1227279  1227629  351  50S ribosomal protein L19  YP_001093196  unclonable  2.85851e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1092  CDS  NC_009092  1259341  1260819  1479  amino acid carrier protein  YP_001093222  unclonable  5.31923e-07  normal  0.0424482  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1093  CDS  NC_009092  1260947  1261723  777  hypothetical protein  YP_001093223  unclonable  3.55318e-08  normal  0.0378607  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1094  CDS  NC_009092  1261904  1263310  1407  peptidase M28  YP_001093224  unclonable  9.9485e-07  normal  0.0169877  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1095  CDS  NC_009092  1263446  1263742  297  ArsR family transcriptional regulator  YP_001093225  unclonable  6.20503e-09  normal  0.070685  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1096  CDS  NC_009092  1263964  1264230  267  30S ribosomal protein S20  YP_001093226  unclonable  7.00681e-09  normal  0.0325702  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1155  CDS  NC_009092  1327929  1328936  1008  threonine aldolase  YP_001093284  unclonable  6.19042e-08  decreased coverage  0.00631546  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1202  CDS  NC_009092  1395358  1397562  2205  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  YP_001093331  unclonable  1.41345e-05  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1243  CDS  NC_009092  1441813  1442898  1086  peptidyl-Lys metalloendopeptidase  YP_001093372  unclonable  5.53843e-08  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1244  CDS  NC_009092  1443417  1443851  435  OsmC family protein  YP_001093373  unclonable  3.39163e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1398  CDS  NC_009092  1608453  1608980  528  NusG antitermination factor  YP_001093526  unclonable  1.28095e-08  normal  0.158725  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1447  CDS  NC_009092  1663993  1665258  1266  major facilitator transporter  YP_001093573  unclonable  3.62136e-07  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1448  CDS  NC_009092  1665367  1665594  228  hypothetical protein  YP_001093574  unclonable  2.43158e-09  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1449  CDS  NC_009092  1667390  1668799  1410  glutamyl-tRNA synthetase  YP_001093575  unclonable  5.65413e-07  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1511  CDS  NC_009092  1734073  1734831  759  UMP phosphatase  YP_001093637  unclonable  1.95754e-08  normal  0.444742  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1516  CDS  NC_009092  1739339  1739944  606  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  YP_001093642  unclonable  1.37453e-08  normal  0.888378  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1528  CDS  NC_009092  1751441  1751983  543  OmpA domain-containing protein  YP_001093654  unclonable  1.13524e-08  normal  0.565826  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1529  CDS  NC_009092  1752003  1752725  723  TPR repeat-containing protein  YP_001093655  unclonable  2.57088e-08  normal  0.395847  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1598  CDS  NC_009092  1831732  1832256  525  hypothetical protein  YP_001093724  unclonable  1.26789e-08  hitchhiker  0.000998263  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1599  CDS  NC_009092  1832274  1832444  171  50S ribosomal protein L32  YP_001093725  unclonable  3.42659e-09  hitchhiker  0.00352794  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1600  CDS  NC_009092  1832459  1833487  1029  putative glycerol-3-phosphate acyltransferase PlsX  YP_001093726  unclonable  1.7306e-07  hitchhiker  0.00113836  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1601  CDS  NC_009092  1833497  1834456  960  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase III  YP_001093727  unclonable  1.17796e-07  hitchhiker  0.000966367  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1602  CDS  NC_009092  1834503  1835429  927  malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase  YP_001093728  unclonable  9.63184e-08  hitchhiker  0.000801485  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1603  CDS  NC_009092  1835440  1836186  747  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  YP_001093729  unclonable  4.01343e-08  decreased coverage  0.000161546  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1604  CDS  NC_009092  1836347  1836580  234  acyl carrier protein  YP_001093730  unclonable  3.8664e-09  decreased coverage  0.000139314  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1628  CDS  NC_009092  1861653  1861922  270  acylphosphatase  YP_001093754  unclonable  2.0913e-09  normal  0.189828  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1629  CDS  NC_009092  1861962  1862900  939  hypothetical protein  YP_001093755  unclonable  4.1783e-08  normal  0.218366  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1630  CDS  NC_009092  1862893  1866375  3483  transcription-repair coupling factor  YP_001093756  unclonable  0.00676636  normal  0.517783  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1661  CDS  NC_009092  1911025  1911456  432  ferric uptake regulator  YP_001093787  unclonable  9.66153e-09  normal  0.373988  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1676  CDS  NC_009092  1926354  1927949  1596  ABC transporter-related protein  YP_001093802  normal  0.762171  unclonable  3.52126e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1677  CDS  NC_009092  1928104  1929465  1362  leucyl aminopeptidase  YP_001093803  normal  unclonable  3.01378e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1678  CDS  NC_009092  1929538  1929966  429  hypothetical protein  YP_001093804  normal  unclonable  2.12508e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1679  CDS  NC_009092  1930027  1930584  558  TetR family transcriptional regulator  YP_001093805  normal  unclonable  2.26335e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1680  CDS  NC_009092  1930713  1931183  471  HPP family protein+B94  YP_001093806  normal  unclonable  2.10288e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1681  CDS  NC_009092  1931402  1932892  1491  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  YP_001093807  normal  0.650455  unclonable  3.01378e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1682  CDS  NC_009092  1932935  1933699  765  ribonuclease H  YP_001093808  normal  0.240069  unclonable  2.12508e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1683  CDS  NC_009092  1933730  1934305  576  hypothetical protein  YP_001093809  normal  0.0614487  unclonable  1.99628e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1684  CDS  NC_009092  1934337  1934933  597  lysine exporter protein LysE/YggA  YP_001093810  hitchhiker  0.00116285  unclonable  1.7661e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1685  CDS  NC_009092  1935281  1938187  2907  collagenase  YP_001093811  unclonable  0.000629981  unclonable  4.68189e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1723  CDS  NC_009092  1977199  1978062  864  heat shock protein HtpX  YP_001093849  unclonable  4.57651e-08  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1805  CDS  NC_009092  2067704  2069752  2049  hypothetical protein  YP_001093930  unclonable  1.27719e-05  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1816  CDS  NC_009092  2089384  2089560  177  ribosome modulation factor  YP_001093941  unclonable  8.8163e-10  normal  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1834  CDS  NC_009092  2111512  2112096  585  superoxide dismutase  YP_001093959  unclonable  1.10112e-08  normal  0.958041  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1854  CDS  NC_009092  2133350  2134720  1371  hypothetical protein  YP_001093979  unclonable  4.1317e-07  unclonable  3.14319e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1855  CDS  NC_009092  2134825  2135091  267  hypothetical protein  YP_001093980  hitchhiker  3.89519e-06  unclonable  1.99628e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1856  CDS  NC_009092  2135122  2135859  738  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  YP_001093981  hitchhiker  4.00119e-05  unclonable  2.23856e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1857  CDS  NC_009092  2135944  2137014  1071  iron-containing alcohol dehydrogenase  YP_001093982  hitchhiker  3.04818e-05  unclonable  2.58476e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1858  CDS  NC_009092  2137104  2138291  1188  DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase  YP_001093983  hitchhiker  0.0010747  unclonable  2.10288e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1859  CDS  NC_009092  2138546  2139157  612  carbonate dehydratase  YP_001093984  normal  0.0117896  unclonable  1.51742e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1872  CDS  NC_009092  2150354  2152438  2085  elongation factor G  YP_001093997  unclonable  6.21272e-06  hitchhiker  0.00111051  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1873  CDS  NC_009092  2152982  2155483  2502  glucan 1,4-alpha-glucosidase  YP_001093998  unclonable  6.7547e-05  normal  0.14602  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1910  CDS  NC_009092  2206437  2209055  2619  bifunctional acetaldehyde-CoA/alcohol dehydrogenase  YP_001094035  normal  0.358145  unclonable  4.23199e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1911  CDS  NC_009092  2209370  2210011  642  hypothetical protein  YP_001094036  normal  0.0139262  unclonable  1.97593e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1912  CDS  NC_009092  2210118  2211443  1326  deoxyguanosinetriphosphate triphosphohydrolase-like protein  YP_001094037  hitchhiker  0.00809428  unclonable  2.48153e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1913  CDS  NC_009092  2211472  2212059  588  hypothetical protein  YP_001094038  normal  0.0121835  unclonable  2.01736e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1914  CDS  NC_009092  2212362  2213576  1215  aminotransferase AlaT  YP_001094039  hitchhiker  2.33272e-05  unclonable  2.66484e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1915  CDS  NC_009092  2213855  2214415  561  elongation factor P  YP_001094040  hitchhiker  1.20633e-06  unclonable  1.67912e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1916  CDS  NC_009092  2214463  2215632  1170  hypothetical protein  YP_001094041  hitchhiker  2.31696e-06  unclonable  2.1691e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1917  CDS  NC_009092  2215844  2216371  528  flavodoxin FldA  YP_001094042  unclonable  6.79628e-09  unclonable  1.89702e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1918  CDS  NC_009092  2216422  2216694  273  LexA regulated protein  YP_001094043  hitchhiker  3.93466e-08  unclonable  1.85851e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1919  CDS  NC_009092  2216706  2216927  222  hypothetical protein  YP_001094044  hitchhiker  2.79845e-06  unclonable  1.80223e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Shew_1920  CDS  NC_009092  2217009  2217776  768  alpha/beta hydrolase fold  YP_001094045  hitchhiker  0.00389314  unclonable  2.23856e-06  Shewanella loihica PV-4  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>