More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0001 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  80.17 
 
 		 467 aa  769    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  80.17 
 
 		 467 aa  769    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 		 459 aa  955    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  63.01 
 
 		 511 aa  639    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  92.64 
 
 		 462 aa  884    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  92.08 
 
 		 462 aa  883    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  92.08 
 
 		 462 aa  883    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  92.41 
 
 		 461 aa  889    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  79.83 
 
 		 466 aa  765    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  74.95 
 
 		 461 aa  716    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  92.62 
 
 		 460 aa  888    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  62.3 
 
 		 511 aa  636    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  79.83 
 
 		 466 aa  765    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  79.91 
 
 		 468 aa  756    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  67.46 
 
 		 452 aa  663    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  67.46 
 
 		 452 aa  663    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  80.39 
 
 		 462 aa  771    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  80.17 
 
 		 467 aa  768    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  80.52 
 
 		 462 aa  773    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  63.42 
 
 		 494 aa  645    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0001  chromosomal replication initiation protein  61.93 
 
 		 507 aa  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  79.83 
 
 		 466 aa  765    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  79.83 
 
 		 466 aa  765    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  79.96 
 
 		 467 aa  766    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  80.67 
 
 		 450 aa  749    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  80.22 
 
 		 465 aa  770    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  80.52 
 
 		 462 aa  773    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  62.5 
 
 		 512 aa  635    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  89.12 
 
 		 533 aa  643    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000917685  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  80.17 
 
 		 467 aa  769    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  80.65 
 
 		 465 aa  774    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  67.15 
 
 		 478 aa  654    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  92.59 
 
 		 457 aa  864    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  79.62 
 
 		 466 aa  763    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  91.34 
 
 		 462 aa  879    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  64.44 
 
 		 495 aa  641    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  81.16 
 
 		 464 aa  771    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  80.17 
 
 		 467 aa  769    Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  92.21 
 
 		 461 aa  878    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  80.17 
 
 		 467 aa  769    Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  78.42 
 
 		 468 aa  754    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  92.08 
 
 		 462 aa  883    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  77 
 
 		 474 aa  734    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  91.56 
 
 		 462 aa  876    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  92.84 
 
 		 460 aa  888    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  92.84 
 
 		 460 aa  889    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  66.02 
 
 		 451 aa  640    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000764641  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  92.84 
 
 		 461 aa  885    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  92.08 
 
 		 462 aa  883    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  62.06 
 
 		 514 aa  639    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  80.78 
 
 		 463 aa  777    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  80.17 
 
 		 467 aa  769    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  79.66 
 
 		 472 aa  775    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  78.66 
 
 		 483 aa  763    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  67.39 
 
 		 455 aa  648    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  80.17 
 
 		 467 aa  768    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  92.84 
 
 		 460 aa  888    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000281375  unclonable  0.0000000000600935 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  63.33 
 
 		 510 aa  645    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  79.49 
 
 		 468 aa  754    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  62.25 
 
 		 506 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0001  chromosomal replication initiation protein  61.45 
 
 		 511 aa  631  1e-180  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  62.38 
 
 		 505 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  64.86 
 
 		 451 aa  625  1e-178  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123931  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  64.86 
 
 		 451 aa  625  1e-178  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  65.36 
 
 		 449 aa  619  1e-176  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  63.3 
 
 		 442 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  63.3 
 
 		 455 aa  607  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  59.04 
 
 		 524 aa  598  1e-170  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0001  chromosomal replication initiation protein  61.1 
 
 		 487 aa  590  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000189853  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0136  chromosomal replication initiation protein  60.09 
 
 		 452 aa  578  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000582235  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.78 
 
 		 469 aa  569  1e-161  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.53 
 
 		 467 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000009849  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3714  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.93 
 
 		 458 aa  560  1e-158  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0883513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0001  chromosomal replication initiator protein, DnaA  59.91 
 
 		 449 aa  557  1e-157  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  77.13 
 
 		 516 aa  556  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000003522  unclonable  0.00000000000722922 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3309  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.92 
 
 		 452 aa  530  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.05 
 
 		 470 aa  530  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  55.92 
 
 		 452 aa  530  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000132407  decreased coverage  0.000453889 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0001  chromosomal replication initiation protein  53.81 
 
 		 476 aa  514  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00109258  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03483  chromosomal replication initiation protein  53.91 
 
 		 442 aa  504  1e-141  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.51 
 
 		 457 aa  501  1e-141  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  51.19 
 
 		 465 aa  485  1e-136  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000010295  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0001  chromosomal replication initiation protein  55.26 
 
 		 443 aa  484  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0001  chromosomal replication initiation protein  49.2 
 
 		 500 aa  481  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0001  chromosomal replication initiation protein  48.35 
 
 		 518 aa  480  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000470324 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0301  chromosomal replication initiation protein  47.83 
 
 		 533 aa  475  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0089  chromosomal replication initiation protein  47.83 
 
 		 533 aa  475  1e-133  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0001  chromosomal replication initiation protein  48.08 
 
 		 524 aa  477  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57647  hitchhiker  0.0000195718 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3442  chromosomal replication initiation protein  47.51 
 
 		 522 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807856  normal  0.719643 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0001  chromosomal replication initiation protein  50.99 
 
 		 475 aa  472  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.738182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0001  chromosomal replication initiation protein  47.83 
 
 		 533 aa  474  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0103  chromosomal replication initiation protein  47.83 
 
 		 533 aa  474  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0001  chromosomal replication initiation protein  51.32 
 
 		 464 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.789649 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2237  chromosomal replication initiation protein  47.83 
 
 		 533 aa  474  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.01 
 
 		 474 aa  472  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0537995  normal  0.168321 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.89 
 
 		 475 aa  472  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2848  chromosomal replication initiation protein  47.83 
 
 		 533 aa  474  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0001  chromosomal replication initiation protein  50.11 
 
 		 468 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0688864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0001  chromosomal replication initiation protein  52.64 
 
 		 443 aa  460  9.999999999999999e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0296464  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4117  chromosomal replication initiation protein  50.33 
 
 		 465 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931933  normal  0.0270955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>