157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0191 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0191  cytochrome c, class I  100 
 
 
97 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000235852  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0180  cytochrome c, class I  89.69 
 
 
97 aa  187  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.245077  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0246  cytochrome c  87.63 
 
 
97 aa  178  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00117918  normal  0.0109237 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4023  cytochrome c class I  83.51 
 
 
99 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000136046  hitchhiker  0.0000237935 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0229  cytochrome c class I  83.51 
 
 
99 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000537114  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0232  cytochrome c class I  83.51 
 
 
99 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000496502  normal  0.108907 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0229  cytochrome c class I  83.51 
 
 
99 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000024603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  80.41 
 
 
97 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0232  cytochrome c, class I  82.47 
 
 
99 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113447  unclonable  0.0000000000238576 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0227  cytochrome c, class I  82.47 
 
 
99 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.495989  hitchhiker  0.00493696 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0232  cytochrome c, class I  82.47 
 
 
99 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0199425  unclonable  0.0000000000331566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3568  cytochrome c, class I  76.29 
 
 
97 aa  167  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.199847  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0264  cytochrome c  80.41 
 
 
99 aa  167  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3726  cytochrome c, class I  80.21 
 
 
99 aa  166  8e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.334938  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  78.35 
 
 
97 aa  165  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  81.44 
 
 
97 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0156  cytochrome c5-like protein  52.58 
 
 
96 aa  106  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3332  cytochrome c-type protein  52.58 
 
 
96 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2849  cytochrome c family protein  45.26 
 
 
95 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000128252  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2981  cytochrome c-type protein  47.42 
 
 
95 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72470  putative cytochrome  50.52 
 
 
97 aa  92  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.240625  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6290  putative cytochrome  53.33 
 
 
97 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.594105  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  46.15 
 
 
112 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0054  cytochrome c-type protein  48.24 
 
 
90 aa  89  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5103  cytochrome c-type protein  50.67 
 
 
100 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.100412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0125  cytochrome c-type protein  49.33 
 
 
100 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0350268  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0142  cytochrome c5-like protein  49.33 
 
 
100 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228578  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0140  cytochrome c-type protein  48 
 
 
100 aa  87  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  51.32 
 
 
136 aa  86.3  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2786  hypothetical protein  45.45 
 
 
142 aa  85.1  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2655  hypothetical protein  45.45 
 
 
142 aa  85.1  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00078  cytochrome c5  52.86 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  47.5 
 
 
135 aa  82  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  47.3 
 
 
134 aa  81.3  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0286  putative cytochrome c, class I  43.16 
 
 
111 aa  81.3  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.721199 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  44.71 
 
 
137 aa  81.3  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  46.84 
 
 
135 aa  80.5  0.000000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70340  putative cytochrome c(mono-heme type)  48.57 
 
 
129 aa  79  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  42.67 
 
 
145 aa  79  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  43.48 
 
 
148 aa  79  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  46.84 
 
 
131 aa  79  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0095  cytochrome c family protein  39.56 
 
 
129 aa  77.8  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6074  cytochrome c5  46.75 
 
 
142 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69970  cytochrome c5  46.75 
 
 
136 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5267  cytochrome c5  50 
 
 
121 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0106  cytochrome c5  47.19 
 
 
107 aa  76.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  47.3 
 
 
225 aa  76.3  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5177  cytochrome c5  50 
 
 
140 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.129919  normal  0.155967 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  50.65 
 
 
167 aa  75.9  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5319  cytochrome c5  48.65 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.241325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0203  cytochrome c5  48.65 
 
 
140 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.768078  hitchhiker  0.00155687 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0260  cytochrome c, class I  38.54 
 
 
111 aa  74.7  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47940  cytochrome c5 protein  49.35 
 
 
134 aa  74.7  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5522  cytochrome c5  47.3 
 
 
138 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1741  cytochrome c  45.07 
 
 
123 aa  73.2  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  52.17 
 
 
288 aa  72.8  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0239  cytochrome c5  44.83 
 
 
107 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  44.59 
 
 
223 aa  72.4  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0249  cytochrome c5-like protein  45.83 
 
 
136 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  50 
 
 
293 aa  70.9  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  42.86 
 
 
137 aa  70.5  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2493  cytochrome c(mono-heme type)  41.43 
 
 
120 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0117122  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1715  hypothetical protein  42.25 
 
 
120 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0128981  normal  0.195089 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  43.48 
 
 
185 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6104  putative cytochrome c(mono-heme type)  48.57 
 
 
127 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.415894  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  42.86 
 
 
298 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  45.45 
 
 
163 aa  67.8  0.00000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  39.47 
 
 
537 aa  66.6  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  39.47 
 
 
537 aa  66.2  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3877  cytochrome c, class I  41.89 
 
 
147 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  40 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  40 
 
 
297 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  42.39 
 
 
103 aa  66.2  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  42.5 
 
 
216 aa  66.2  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0498  cytochrome c class I  43.75 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  41.56 
 
 
300 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0320  cytochrome c, class I  43.75 
 
 
180 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.388168 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0315  cytochrome c class I  43.75 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  40 
 
 
206 aa  65.1  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  44.29 
 
 
299 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0654  cytochrome c class I  43.42 
 
 
148 aa  65.5  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  37.89 
 
 
297 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4983  cytochrome c, class I  42.86 
 
 
183 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  41.56 
 
 
159 aa  63.9  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  41.56 
 
 
159 aa  63.9  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1890  hypothetical protein  45.83 
 
 
102 aa  63.9  0.0000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  35.05 
 
 
297 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  40.26 
 
 
302 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  40.26 
 
 
302 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  41.1 
 
 
266 aa  62.8  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1398  putative cytochrome c-type protein  42.11 
 
 
161 aa  63.2  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0906233  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  40.26 
 
 
296 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1443  cytochrome c-555, membrane-bound  39.73 
 
 
116 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000888982  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  40 
 
 
319 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3084  hypothetical protein  39.29 
 
 
294 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0208  cytochrome c, class I  43.04 
 
 
180 aa  61.6  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3542  putative cytochrome  47.95 
 
 
181 aa  62  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.510228  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0840  putative cytochrome c5  37.84 
 
 
157 aa  61.2  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.674138  normal  0.844917 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0971  hypothetical protein  41.1 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0153  cytochrome c-555, membrane-bound  38.36 
 
 
131 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170393  normal  0.590725 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>