54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1037 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1037  DNA mismatch repair protein  100 
 
 		 223 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000023466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2948  DNA mismatch repair protein  72.15 
 
 		 223 aa  340  8e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000886645  normal  0.260318 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3130  DNA mismatch repair protein  71.95 
 
 		 223 aa  338  5e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000866065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1183  DNA mismatch repair protein  71.95 
 
 		 223 aa  338  5e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000548416  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1330  DNA mismatch repair protein  71.75 
 
 		 223 aa  337  7e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1260  DNA mismatch repair protein  71.95 
 
 		 223 aa  337  9e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000473996  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1227  DNA mismatch repair protein  71.49 
 
 		 223 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000990302  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3044  DNA mismatch repair protein  71.69 
 
 		 223 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000824269  normal  0.401343 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1131  DNA mismatch repair protein  69.51 
 
 		 224 aa  335  1.9999999999999998e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000941126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2866  DNA mismatch repair protein  71.23 
 
 		 223 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000404837  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1226  DNA mismatch repair protein  71.76 
 
 		 231 aa  333  7.999999999999999e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000502045  hitchhiker  0.00825632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2946  DNA mismatch repair protein  71.3 
 
 		 222 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0152588  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1141  DNA mismatch repair protein  70.78 
 
 		 223 aa  327  9e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000591813  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0862  DNA mismatch repair protein  72.02 
 
 		 224 aa  325  3e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000278549  normal  0.0577392 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2783  DNA mismatch repair protein  72.22 
 
 		 222 aa  321  6e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000862742  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1020  DNA mismatch repair protein  68.61 
 
 		 223 aa  318  5e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864463  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3400  DNA mismatch repair protein  63.89 
 
 		 230 aa  290  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00030218  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0903  DNA mismatch repair protein  66.19 
 
 		 231 aa  290  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00317572  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3825  DNA mismatch repair protein  63.13 
 
 		 228 aa  285  2.9999999999999996e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000312374  normal  0.472471 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3031  DNA mismatch repair protein  62.21 
 
 		 229 aa  284  7e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000733589  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3152  DNA mismatch repair protein  62.1 
 
 		 231 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000922313  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3233  DNA mismatch repair protein  62.1 
 
 		 231 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000281601  hitchhiker  0.00000400145 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3333  DNA mismatch repair protein  62.1 
 
 		 231 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000194607  hitchhiker  0.00919064 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3218  DNA mismatch repair protein  62.1 
 
 		 231 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000631392  hitchhiker  0.00373794 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3169  DNA mismatch repair protein  62.1 
 
 		 231 aa  284  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000166298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4098  DNA mismatch repair protein  61.75 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000707245  hitchhiker  0.00136585 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3199  DNA mismatch repair protein  63.76 
 
 		 228 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000169255  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0884  DNA mismatch repair protein  61.75 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000023918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3151  DNA mismatch repair protein  61.75 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000414624  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02640  hypothetical protein  61.75 
 
 		 229 aa  282  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000402159  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2979  DNA mismatch repair protein  61.75 
 
 		 229 aa  282  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000162046  decreased coverage  0.00389286 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0859  DNA mismatch repair endonuclease mutH  61.75 
 
 		 229 aa  282  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000402017  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2978  DNA mismatch repair protein  61.75 
 
 		 229 aa  282  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.65444e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02679  DNA mismatch repair protein  61.75 
 
 		 229 aa  282  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000579311  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0568  DNA mismatch repair protein  61.93 
 
 		 222 aa  282  4.0000000000000003e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.128312  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3273  DNA mismatch repair protein  61.75 
 
 		 230 aa  279  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000145556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1032  DNA mismatch repair protein  59.91 
 
 		 228 aa  275  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000109163  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0980  DNA mismatch repair protein  59.91 
 
 		 228 aa  275  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000587199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3242  DNA mismatch repair protein  59.91 
 
 		 228 aa  275  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000170849  normal  0.0183168 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0200  DNA mismatch repair protein  59.26 
 
 		 221 aa  274  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.725657  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00966  DNA mismatch repair protein  58.8 
 
 		 226 aa  272  2.0000000000000002e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004432  DNA mismatch repair endonuclease MutH  56.94 
 
 		 226 aa  270  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000291849  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3019  DNA mismatch repair protein  63.18 
 
 		 228 aa  265  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000328639  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1550  DNA mismatch repair protein  57.47 
 
 		 224 aa  263  1e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3848  DNA mismatch repair protein  55.3 
 
 		 228 aa  262  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.662475  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0541  DNA mismatch repair protein  56.05 
 
 		 224 aa  258  4e-68  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.962332  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0501  DNA mismatch repair protein  52.31 
 
 		 224 aa  249  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.56276  normal  0.0450922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3626  DNA mismatch repair protein  53.24 
 
 		 222 aa  245  3e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.544284  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03711  DNA mismatch repair protein  56.19 
 
 		 225 aa  244  4.9999999999999997e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60827  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2831  DNA mismatch repair protein  48.39 
 
 		 225 aa  218  5e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1548  DNA mismatch repair protein  42.79 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1436  DNA mismatch repair protein  41.86 
 
 		 224 aa  186  3e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1016  putative type II restriction endonuclease  27.98 
 
 		 495 aa  56.6  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000561814  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1358  DNA mismatch repair protein  23.61 
 
 		 502 aa  50.1  0.00003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.0000249397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>