More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1066 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1066  50S ribosomal protein L19  100 
 
 		 116 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000285851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3100  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  220  6e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000026861  normal  0.106468 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1257  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  220  6e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000504967  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1360  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  220  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1213  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  220  6e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000888328  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1290  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  220  6e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000003977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1171  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  220  6e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000251517  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2835  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  220  6e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000148121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2917  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  220  6e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000128835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3014  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  220  6e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000550721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0892  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00545492  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2917  50S ribosomal protein L19  93.91 
 
 		 117 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000537691  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2751  50S ribosomal protein L19  93.04 
 
 		 117 aa  216  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000896071  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1162  50S ribosomal protein L19  96.52 
 
 		 117 aa  207  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000263892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1052  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  206  8e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000268898  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1257  50S ribosomal protein L19  94.78 
 
 		 117 aa  205  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000965232  hitchhiker  0.0000525185 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03477  50S ribosomal protein L19  81.9 
 
 		 117 aa  194  5.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002539  LSU ribosomal protein L19p  81.9 
 
 		 117 aa  194  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000131397  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0652  50S ribosomal protein L19  80.17 
 
 		 117 aa  192  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0098  50S ribosomal protein L19  79.31 
 
 		 117 aa  190  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154416  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01708  50S ribosomal protein L19  81.42 
 
 		 120 aa  187  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0189538  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3200  50S ribosomal protein L19  80.7 
 
 		 115 aa  186  8e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000327928  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1127  50S ribosomal protein L19  80.7 
 
 		 115 aa  186  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.658651  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0994  50S ribosomal protein L19  80.7 
 
 		 115 aa  184  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.205285  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2857  50S ribosomal protein L19  80.7 
 
 		 115 aa  184  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02495  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  184  4e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0233029  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1068  ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  184  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000854887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2765  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  184  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315914  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1077  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  184  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00292053  hitchhiker  0.00675829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02459  hypothetical protein  79.82 
 
 		 115 aa  184  4e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0136468  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3845  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  184  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0054034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2758  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  184  4e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531203  normal  0.0143177 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2995  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  184  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0184061  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2890  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  184  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00198618  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3087  50S ribosomal protein L19  79.13 
 
 		 115 aa  182  9e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228152  normal  0.0603569 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3225  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  182  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.639554  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0855  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 118 aa  182  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000174926  hitchhiker  0.0000579637 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0879  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  182  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.387585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3361  50S ribosomal protein L19  79.82 
 
 		 115 aa  182  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.407849  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2889  50S ribosomal protein L19  78.95 
 
 		 115 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.317443  normal  0.332648 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2818  50S ribosomal protein L19  78.95 
 
 		 115 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241725  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3001  50S ribosomal protein L19  78.95 
 
 		 115 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1580  50S ribosomal protein L19  79.65 
 
 		 120 aa  181  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2868  50S ribosomal protein L19  78.95 
 
 		 115 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0111282 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2887  50S ribosomal protein L19  78.95 
 
 		 115 aa  181  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00407134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3013  50S ribosomal protein L19  76.52 
 
 		 119 aa  179  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.028124  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3364  50S ribosomal protein L19  74.36 
 
 		 119 aa  176  5.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.734932  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4066  50S ribosomal protein L19  73.28 
 
 		 117 aa  176  9e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2257  50S ribosomal protein L19  76.99 
 
 		 115 aa  176  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00054587  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0296  50S ribosomal protein L19  74.78 
 
 		 116 aa  173  7e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000130489  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3767  50S ribosomal protein L19  72.17 
 
 		 120 aa  173  8e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000116222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0887  50S ribosomal protein L19  73.91 
 
 		 117 aa  170  6.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00504476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3398  50S ribosomal protein L19  71.05 
 
 		 116 aa  169  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.976851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2376  50S ribosomal protein L19  73.91 
 
 		 126 aa  169  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.488088 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3063  50S ribosomal protein L19  71.79 
 
 		 126 aa  168  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  1.7389400000000002e-23  unclonable  0.0000000280297 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1887  50S ribosomal protein L19  71.3 
 
 		 128 aa  167  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000459449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2700  50S ribosomal protein L19  71.3 
 
 		 127 aa  166  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.271873  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3352  50S ribosomal protein L19  71.3 
 
 		 127 aa  166  7e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.459545  normal  0.21243 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0650  50S ribosomal protein L19  70.18 
 
 		 115 aa  166  9e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0345381  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5342  ribosomal protein L19  70.43 
 
 		 146 aa  166  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0849  ribosomal protein L19  70.18 
 
 		 117 aa  165  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0430  ribosomal protein L19  68.42 
 
 		 121 aa  165  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0827  50S ribosomal protein L19  71.3 
 
 		 128 aa  165  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.694399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1206  50S ribosomal protein L19  72.57 
 
 		 118 aa  164  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000437176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2319  50S ribosomal protein L19  73.68 
 
 		 142 aa  164  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.556938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2852  ribosomal protein L19  69.91 
 
 		 114 aa  164  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.151423  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2473  ribosomal protein L19  69.91 
 
 		 114 aa  164  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0203  50S ribosomal protein L19  73.5 
 
 		 138 aa  164  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000333718  normal  0.100248 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1377  50S ribosomal protein L19  69.03 
 
 		 116 aa  164  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.134338  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2016  50S ribosomal protein L19  73.68 
 
 		 130 aa  164  4e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39530  50S ribosomal protein L19  69.3 
 
 		 116 aa  164  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0334012  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2784  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 135 aa  164  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16000  50S ribosomal protein L19  69.03 
 
 		 116 aa  164  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000973438  normal  0.502722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1070  50S ribosomal protein L19  70.18 
 
 		 116 aa  163  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.199934  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1465  50S ribosomal protein L19  70.18 
 
 		 116 aa  163  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0559636  normal  0.290226 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4256  50S ribosomal protein L19  70.18 
 
 		 116 aa  163  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1022  50S ribosomal protein L19  70.18 
 
 		 116 aa  163  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.132061  normal  0.522739 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0463  50S ribosomal protein L19  68.1 
 
 		 121 aa  163  9e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0439  50S ribosomal protein L19  68.1 
 
 		 121 aa  163  9e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2277  50S ribosomal protein L19  70.8 
 
 		 118 aa  163  9e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0122186  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4154  50S ribosomal protein L19  69.3 
 
 		 116 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.237739  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1476  ribosomal protein L19  69.3 
 
 		 116 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0735287  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1285  50S ribosomal protein L19  69.3 
 
 		 116 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2003  ribosomal protein L19  71.05 
 
 		 115 aa  161  3e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000253757  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1107  50S ribosomal protein L19  68.97 
 
 		 117 aa  161  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1476  ribosomal protein L19  69.57 
 
 		 127 aa  161  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.466303  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0936  50S ribosomal protein L19  66.95 
 
 		 128 aa  160  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0118366 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0400  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311266  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2542  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0263241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2965  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.618021  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2916  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.104076  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1664  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2856  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.878575  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0231  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0916  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 129 aa  160  7e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2231  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 130 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0772  50S ribosomal protein L19  68.38 
 
 		 127 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.123982  normal  0.100319 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0395  50S ribosomal protein L19  69.03 
 
 		 114 aa  159  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0878  50S ribosomal protein L19  66.95 
 
 		 128 aa  159  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.714575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1464  50S ribosomal protein L19  68.7 
 
 		 130 aa  159  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.889205 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>