82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1685 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1685  collagenase  100 
 
 
968 aa  1997    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000629981  unclonable  0.00000468189 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2754  collagenase  56.87 
 
 
972 aa  1142    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0648  collagenase  34.64 
 
 
1005 aa  452  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000132044  unclonable  0.0000000383591 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0639  collagenase family protein  33.75 
 
 
1037 aa  434  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0653  Microbial collagenase  34.91 
 
 
1041 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3732  collagenase  34.47 
 
 
1041 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0630  collagenase  34.23 
 
 
1070 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0657  collagenase  34.47 
 
 
1070 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003663  microbial collagenase secreted  33.47 
 
 
814 aa  366  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3516  Microbial collagenase  30.96 
 
 
852 aa  340  5.9999999999999996e-92  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2903  Microbial collagenase  34.74 
 
 
632 aa  331  5.0000000000000004e-89  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.439593 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2230  peptidase  34.35 
 
 
605 aa  304  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.596045  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0900  collagenase  34.53 
 
 
645 aa  303  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0988  collagenase  34.53 
 
 
661 aa  303  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.244986  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6876  collagenase  32.17 
 
 
658 aa  292  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000000039324  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1142  collagenase  32.3 
 
 
647 aa  290  8e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1216  collagenase  32.23 
 
 
645 aa  290  1e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000787421  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0773  putative collagenase  32.3 
 
 
647 aa  290  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.293551  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1736  putative collagenase  32.3 
 
 
645 aa  289  1e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0694  putative collagenase  32.3 
 
 
632 aa  288  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.117227  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2419  peptidase  33.06 
 
 
602 aa  288  4e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.337269  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1578  collagenase, putative  32.08 
 
 
602 aa  278  4e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.285851  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7152  Peptidase M9A collagenase domain protein  29.04 
 
 
855 aa  266  2e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.766617  normal  0.500432 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01786  hypothetical protein  26.38 
 
 
785 aa  263  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001372  microbial collagenase secreted  30.12 
 
 
808 aa  251  5e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00032964  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1256  collagenase  28.89 
 
 
539 aa  246  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000029967  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0616  Microbial collagenase  27.41 
 
 
787 aa  243  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00460764  normal  0.253983 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1517  collagenase  45.38 
 
 
313 aa  229  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000383276  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2966  collagenase  44.94 
 
 
304 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.194174  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2743  collagenase  43.07 
 
 
293 aa  222  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.981604  hitchhiker  0.0000597817 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3300  collagenase  42.7 
 
 
294 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000170282  decreased coverage  0.0000000275437 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0039  collagenase  47.69 
 
 
590 aa  208  4e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000449009  normal  0.0513701 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0042  collagenase  42.4 
 
 
587 aa  207  8e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.53761  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3449  collagenase  38.89 
 
 
292 aa  206  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.649774  hitchhiker  0.000527325 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2237  collagenase  41.94 
 
 
667 aa  206  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.971967  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3732  collagenase  45.37 
 
 
603 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00527905  hitchhiker  0.00286894 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1077  collagenase  39.7 
 
 
301 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000014464  normal  0.459952 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1458  collagenase  39.47 
 
 
322 aa  193  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446603  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0035  collagenase  44.24 
 
 
519 aa  192  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2821  collagenase  22.32 
 
 
878 aa  77.4  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.342528  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0166  collagenase  20.63 
 
 
1104 aa  74.7  0.000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0162  collagenase  21.79 
 
 
1104 aa  72.8  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0486  collagenase  21.78 
 
 
967 aa  71.6  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.008095  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0468  collagenase  23.25 
 
 
965 aa  69.7  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5655  collagenase  22.6 
 
 
878 aa  69.3  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.123468 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0616  collagenase,putative  21.92 
 
 
965 aa  67.4  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0684  putative microbial collagenase  22.14 
 
 
965 aa  67.4  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000922762  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4748  putative microbial collagenase  22.2 
 
 
965 aa  67  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.369378 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0611  putative microbial collagenase  21.48 
 
 
965 aa  66.6  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0466  microbial collagenase  21.61 
 
 
965 aa  66.2  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0113001  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0145  collagenase  20.57 
 
 
960 aa  66.2  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0555  collagenase,putative  21.48 
 
 
965 aa  65.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0523  collagenase,putative  21.48 
 
 
965 aa  65.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.415307  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0466  microbial collagenase  21.85 
 
 
965 aa  65.9  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0591  putative microbial collagenase  21.92 
 
 
965 aa  64.7  0.000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129925  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3238  collagenase  21.89 
 
 
1018 aa  61.6  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3194  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28.5 
 
 
629 aa  60.8  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3538  putative microbial collagenase  20.87 
 
 
971 aa  61.2  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.60161e-19 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3338  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  28 
 
 
629 aa  59.7  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3323  collagenase  21.89 
 
 
971 aa  59.7  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3584  collagenase  21.89 
 
 
971 aa  59.7  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629747  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3200  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.5 
 
 
629 aa  58.5  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3027  microbial collagenase  26.29 
 
 
878 aa  58.5  0.0000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1173  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  27.5 
 
 
629 aa  57.4  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0427  peptidase domain-containing protein  26.34 
 
 
553 aa  54.7  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3286  collagenase  23.04 
 
 
971 aa  54.3  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.238892  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1016  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  30.2 
 
 
630 aa  53.9  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3539  collagenase, putative  23.32 
 
 
971 aa  53.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1680  putative microbial collagenase  23.32 
 
 
971 aa  53.5  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0340823  hitchhiker  1.3122e-17 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3636  putative microbial collagenase  22.52 
 
 
971 aa  53.5  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3060  collagenase  20.33 
 
 
960 aa  53.1  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0837435  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3299  collagenase  20.33 
 
 
960 aa  53.1  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.675823  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3542  putative microbial collagenase  22.52 
 
 
971 aa  52.4  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4623  peptidase domain-containing protein  25.13 
 
 
658 aa  52.4  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.272632  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3229  collagenase  23.32 
 
 
971 aa  52.4  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0751  cold-active alkaline serine protease  24.62 
 
 
789 aa  52  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1102  ATPase  68.57 
 
 
2848 aa  50.8  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.456945 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0556  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  31.63 
 
 
494 aa  48.9  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0947915  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1173  hypothetical protein  28.7 
 
 
266 aa  46.6  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.198365  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0069  peptidase  28.7 
 
 
189 aa  46.6  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.342109  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0115  lysyl endopeptidase  34.69 
 
 
823 aa  45.8  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.585546  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00819  hypothetical protein  62.86 
 
 
823 aa  45.4  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>