52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1873 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2459  glucoamylase  66.47 
 
 		 847 aa  1127    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2973  glucan 1,4-alpha-glucosidase  53.32 
 
 		 808 aa  813    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.590668 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26980  glucan 1,4-alpha-glucosidase  53.72 
 
 		 821 aa  858    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3146  glucan 1,4-alpha-glucosidase  53.32 
 
 		 808 aa  813    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2010  Glucan 1,4-alpha-glucosidase  67.47 
 
 		 858 aa  1134    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00769756  hitchhiker  0.000340276 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2201  glucan 1,4-alpha-glucosidase  67.22 
 
 		 840 aa  1159    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.402848  decreased coverage  0.000000736169 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4086  glucan 1,4-alpha-glucosidase  49.29 
 
 		 777 aa  727    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2453  glucan 1,4-alpha-glucosidase  67.84 
 
 		 858 aa  1142    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2337  glucan 1,4-alpha-glucosidase  67.84 
 
 		 858 aa  1142    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1873  glucan 1,4-alpha-glucosidase  100 
 
 		 833 aa  1711    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000067547  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2349  glucan 1,4-alpha-glucosidase  75.58 
 
 		 433 aa  691    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1656  glucan 1,4-alpha-glucosidase  60.25 
 
 		 817 aa  947    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1924  glucan 1,4-alpha-glucosidase  67.11 
 
 		 837 aa  1144    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1775  glucan 1,4-alpha-glucosidase  65.98 
 
 		 820 aa  1103    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.039992  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2109  glucan 1,4-alpha-glucosidase  68.7 
 
 		 838 aa  1131    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.185275 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1869  glucan 1,4-alpha-glucosidase  68.34 
 
 		 838 aa  1144    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4198  glucan 1,4-alpha-glucosidase  52.89 
 
 		 860 aa  812    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.116621 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0600  glucan 1,4-alpha-glucosidase  56.17 
 
 		 803 aa  875    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.782698  normal  0.698783 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2004  glucan 1,4-alpha-glucosidase  64.68 
 
 		 841 aa  1069    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2348  glucan 1,4-alpha-glucosidase  60 
 
 		 430 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3431  glucan 1,4-alpha-glucosidase  34.43 
 
 		 715 aa  357  5e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.37344  normal  0.185198 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2108  Glucan 1,4-alpha-glucosidase  32.37 
 
 		 692 aa  330  6e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.860324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2590  glucan 1,4-alpha-glucosidase  31.53 
 
 		 802 aa  329  1.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.767497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2482  glucan 1,4-alpha-glucosidase  32.19 
 
 		 681 aa  328  3e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.40631  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3494  glucan 1,4-alpha-glucosidase  31.53 
 
 		 803 aa  326  1e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7572  glucan 1,4-alpha-glucosidase  30.74 
 
 		 801 aa  320  7e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2807  glucan 1,4-alpha-glucosidase  30.96 
 
 		 814 aa  315  1.9999999999999998e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0213  glucan 1,4- a-glucosidase  31.61 
 
 		 881 aa  311  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1658  putative amylase  31.93 
 
 		 881 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0200  putative glucan 1,4-alpha-glucosidase  31.93 
 
 		 882 aa  305  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0289  glycosy hydrolase family protein  31.8 
 
 		 882 aa  303  8.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0995  glucan 1,4-alpha-glucosidase  31.64 
 
 		 800 aa  295  4e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.690706  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7155  Glucodextranase N  32.02 
 
 		 1160 aa  290  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0849564  normal  0.457795 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1503  glycoside hydrolase 15-related  28.86 
 
 		 1592 aa  253  1e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.547945 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3141  Glucan 1,4-alpha-glucosidase  28.26 
 
 		 761 aa  253  1e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.136567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0098  putative glucoamylase precursor  27.91 
 
 		 835 aa  249  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.519208 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1053  Glucan 1,4-alpha-glucosidase  29.95 
 
 		 1505 aa  241  5.999999999999999e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.498818  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0725  glucan 1,4-alpha-glucosidase  30.23 
 
 		 798 aa  238  4e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.928559 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1878  Glucan 1,4-alpha-glucosidase  27.72 
 
 		 786 aa  216  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2224  glycosyl hydrolase, family 15  27.72 
 
 		 786 aa  216  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7156  Glucan 1,4-alpha-glucosidase  26.94 
 
 		 1132 aa  204  8e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0565327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3601  glycoside hydrolase 15-related  25.47 
 
 		 670 aa  79  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0277  glycoside hydrolase 15-related protein  25.98 
 
 		 615 aa  67  0.000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.70107  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0526  glycoside hydrolase 15-related  24.15 
 
 		 645 aa  65.5  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1047  glycoside hydrolase 15-related  23.81 
 
 		 663 aa  62.4  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.425062  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0202  glycoside hydrolase 15-related protein  24.17 
 
 		 668 aa  59.7  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1503  glycoside hydrolase 15-related  28.51 
 
 		 649 aa  58.5  0.0000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.227839  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1916  glucan 1,4-alpha-glucosidase  25 
 
 		 569 aa  56.2  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.370193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0709  glycoside hydrolase 15-related  22.55 
 
 		 647 aa  55.1  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1420  glycoside hydrolase 15-related  23.1 
 
 		 615 aa  54.7  0.000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0134624 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0431  glycoside hydrolase 15-related protein  24.14 
 
 		 650 aa  46.2  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0395513  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0537  glycoside hydrolase 15-related  28.34 
 
 		 621 aa  45.4  0.004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>