More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1447 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1447  major facilitator transporter  100 
 
 		 421 aa  845    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000362136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1295  multidrug transporter  26.81 
 
 		 412 aa  91.3  3e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1356  major facilitator family transporter  27.41 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0813  class H tetracycline resistance efflux protein  24.66 
 
 		 449 aa  87.4  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2247  major facilitator transporter  27.87 
 
 		 399 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6524  major facilitator transporter  25.81 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.39358  normal  0.732434 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6748  major facilitator superfamily MFS_1  25.19 
 
 		 426 aa  83.2  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2150  major facilitator superfamily MFS_1  26.44 
 
 		 406 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.357257  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1016  major facilitator transporter  25.26 
 
 		 416 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.180185 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6240  major facilitator transporter  25 
 
 		 420 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3626  major facilitator transporter  24.94 
 
 		 445 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0809302  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4741  major facilitator transporter  24.94 
 
 		 445 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818675 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1355  major facilitator superfamily MFS_1  27.92 
 
 		 400 aa  77.4  0.0000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.358064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5542  major facilitator transporter  24.56 
 
 		 445 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0551  major facilitator transporter  32.63 
 
 		 407 aa  77  0.0000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000114988  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0873  major facilitator superfamily MFS_1  24.3 
 
 		 398 aa  75.9  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2504  tetracycline-efflux transporter, putative  28.78 
 
 		 411 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00179141  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0075  major facilitator transporter  25.27 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.884221  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2330  major facilitator transporter  26.56 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2543  major facilitator superfamily MFS_1  25 
 
 		 396 aa  73.9  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.636273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3394  major facilitator superfamily MFS_1  23.04 
 
 		 408 aa  73.6  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2062  major facilitator transporter  23.91 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.020715 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3727  cold shock protein  24.23 
 
 		 413 aa  72.8  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.664331 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0342  major facilitator superfamily permease  26.72 
 
 		 396 aa  72.8  0.00000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2249  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  27.1 
 
 		 406 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0638588  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0682  major facilitator superfamily MFS_1  28.79 
 
 		 397 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1499  major facilitator transporter  27.23 
 
 		 416 aa  71.6  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2904  tetracycline resistance protein  23.72 
 
 		 411 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.316872  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1931  major facilitator transporter  26.54 
 
 		 395 aa  71.2  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0709998  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3850  major facilitator transporter  30.99 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.369274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0923  major facilitator transporter  27.1 
 
 		 406 aa  71.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311973  normal  0.133556 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2068  major facilitator transporter  30.63 
 
 		 395 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.731019  normal  0.214462 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4096  major facilitator transporter  28.44 
 
 		 416 aa  70.5  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.25734  normal  0.218815 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  29.08 
 
 		 397 aa  70.1  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0113  major facilitator superfamily permease  26.72 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000201698  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4724  tetracycline resistance protein, class B  29.44 
 
 		 401 aa  69.7  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2426  tetracycline resistance protein  24.09 
 
 		 411 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3044  major facilitator transporter  26.37 
 
 		 405 aa  69.3  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  28.34 
 
 		 407 aa  68.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  25 
 
 		 391 aa  68.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2462  major facilitator superfamily MFS_1  27.32 
 
 		 411 aa  68.2  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000109307  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2910  major facilitator transporter  23.71 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03308  tetracycline-efflux transporter  28.19 
 
 		 434 aa  67.8  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0389216  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  23.51 
 
 		 408 aa  67  0.0000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2032  multidrug-efflux transporter quinolene resistance protein NorA  29.82 
 
 		 396 aa  65.5  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  24.93 
 
 		 416 aa  64.7  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0973  major facilitator transporter  25.84 
 
 		 406 aa  64.7  0.000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0924739  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  24.87 
 
 		 408 aa  64.3  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0151  major facilitator superfamily MFS_1  26.22 
 
 		 398 aa  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0140  major facilitator superfamily MFS_1  25.87 
 
 		 398 aa  63.5  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0133  major facilitator transporter  25.87 
 
 		 398 aa  63.5  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.456987  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3462  major facilitator transporter  25.53 
 
 		 412 aa  63.2  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0107746 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0937  major facilitator superfamily MFS_1  28.08 
 
 		 439 aa  62.8  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.725221 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1774  major facilitator superfamily MFS_1  25.97 
 
 		 430 aa  62.8  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2342  major facilitator superfamily MFS_1  25.59 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000352958  decreased coverage  0.00223229 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4029  major facilitator transporter  25.97 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00530062  normal  0.0326348 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0153  tetracycline resistance protein, class A  26.59 
 
 		 424 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0042  tetracycline repressor protein TetA, class A  26.59 
 
 		 424 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1524  major facilitator superfamily MFS_1  25.15 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2291  major facilitator superfamily permease  29.14 
 
 		 419 aa  62.4  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2662  major facilitator superfamily permease  33.6 
 
 		 417 aa  62  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0137  major facilitator transporter  24.21 
 
 		 386 aa  60.8  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0342299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0994  major facilitator superfamily MFS_1  28.29 
 
 		 424 aa  60.8  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4835  major facilitator transporter  30.27 
 
 		 419 aa  60.1  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0266  tetracycline resistance protein  29.8 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.968173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4478  major facilitator transporter  30.06 
 
 		 428 aa  60.1  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000434229  decreased coverage  0.000716178 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  24.72 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2606  major facilitator transporter  25.07 
 
 		 412 aa  59.3  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  0.745366 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05140  tetracycline transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G07300)  28.95 
 
 		 454 aa  58.5  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5676  major facilitator transporter  21.77 
 
 		 424 aa  58.5  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.858387  decreased coverage  0.000722949 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  23.22 
 
 		 392 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1186  major facilitator superfamily MFS_1  32.28 
 
 		 402 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.924769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  29.81 
 
 		 426 aa  58.2  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0047  major facilitator superfamily MFS_1  26.82 
 
 		 401 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2776  major facilitator transporter  28.36 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.978343 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0032  tetracycline resistance protein, class A  27.41 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.581594 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1930  multidrug efflux transport protein EefD  26.18 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00624404 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29931  multidrug ABC transporter  28.65 
 
 		 435 aa  57.4  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.910726 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1833  multidrug efflux transport protein EefD  26.18 
 
 		 387 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  hitchhiker  0.0000436585 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1149  drug resistance protein, putative  28.78 
 
 		 424 aa  57  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.488645  normal  0.633567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2968  major facilitator superfamily MFS_1  26.83 
 
 		 414 aa  57  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277943 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21761  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  23.44 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.407538 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  26.17 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1215  major facilitator superfamily MFS_1  29.03 
 
 		 423 aa  56.6  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1378  multidrug resistance efflux transporter, putative  23.97 
 
 		 433 aa  56.6  0.0000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.993613  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0744  major facilitator transporter  27.67 
 
 		 433 aa  55.8  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0364296  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_880  major facilitator family transporter  27.16 
 
 		 423 aa  55.8  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1303  major facilitator superfamily permease  23.15 
 
 		 414 aa  56.2  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3681  major facilitator transporter  30.11 
 
 		 414 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0735  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  23.74 
 
 		 388 aa  55.8  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1645  major facilitator superfamily permease  23.42 
 
 		 409 aa  56.2  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11439  aminoglycosides/tetracycline-transport integral membrane protein  32.54 
 
 		 518 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.252345  normal  0.125913 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3378  major facilitator transporter  33.93 
 
 		 412 aa  56.2  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0191855  normal  0.504281 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0719  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  23.74 
 
 		 388 aa  55.8  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0731  major facilitator transporter  31.41 
 
 		 399 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2847  major facilitator family transporter  21.99 
 
 		 424 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000267919 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1716  major facilitator transporter  25.46 
 
 		 410 aa  55.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354748  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  31.79 
 
 		 428 aa  55.1  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0231  major facilitator transporter  25.73 
 
 		 424 aa  55.5  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4370  major facilitator transporter  31.58 
 
 		 413 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342792 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>