More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1215 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_1215  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 
423 aa  834    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0994  major facilitator superfamily MFS_1  81.8 
 
 
424 aa  676    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1149  drug resistance protein, putative  81.67 
 
 
424 aa  681    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.488645  normal  0.633567 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1111  major facilitator transporter  78.86 
 
 
444 aa  647    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1305  major facilitator superfamily MFS_1  70.14 
 
 
421 aa  590  1e-167  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0725  drug resistance protein, putative  74.22 
 
 
417 aa  589  1e-167  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1524  major facilitator superfamily MFS_1  68.48 
 
 
425 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  35.15 
 
 
392 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3378  major facilitator transporter  36.75 
 
 
412 aa  216  5.9999999999999996e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0191855  normal  0.504281 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0137  major facilitator transporter  33.16 
 
 
386 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0342299  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0133  major facilitator transporter  36.15 
 
 
398 aa  209  8e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.456987  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1956  major facilitator superfamily MFS_1  36.76 
 
 
434 aa  206  7e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  31.59 
 
 
416 aa  206  8e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0140  major facilitator superfamily MFS_1  36.92 
 
 
398 aa  202  7e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  35.09 
 
 
426 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  32.54 
 
 
391 aa  201  3e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0151  major facilitator superfamily MFS_1  36.67 
 
 
398 aa  199  9e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2342  major facilitator superfamily MFS_1  34.24 
 
 
427 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000352958  decreased coverage  0.00223229 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2280  major facilitator transporter  34.52 
 
 
419 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.398896  normal  0.849447 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4478  major facilitator transporter  34.3 
 
 
428 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000434229  decreased coverage  0.000716178 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3504  major facilitator superfamily MFS_1  33.49 
 
 
428 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0374275  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3004  major facilitator transporter  31.59 
 
 
421 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2764  major facilitator superfamily MFS_1  34.16 
 
 
389 aa  180  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  32.06 
 
 
387 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0937  major facilitator superfamily MFS_1  33.49 
 
 
439 aa  174  2.9999999999999996e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.725221 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  31.62 
 
 
424 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3778  putative tetracycline-efflux transporter  29.74 
 
 
422 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0551  major facilitator transporter  29.92 
 
 
407 aa  162  8.000000000000001e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000114988  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0873  major facilitator superfamily MFS_1  32.47 
 
 
398 aa  162  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4029  major facilitator transporter  29.88 
 
 
442 aa  161  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00530062  normal  0.0326348 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03308  tetracycline-efflux transporter  32.35 
 
 
434 aa  160  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0389216  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1499  major facilitator transporter  29.06 
 
 
416 aa  159  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6748  major facilitator superfamily MFS_1  31.87 
 
 
426 aa  157  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  32.55 
 
 
407 aa  157  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0682  major facilitator superfamily MFS_1  32.64 
 
 
397 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260378  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  31.85 
 
 
408 aa  156  6e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4096  major facilitator transporter  28.47 
 
 
416 aa  156  7e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.25734  normal  0.218815 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2247  major facilitator transporter  30.9 
 
 
399 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224163  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  32.3 
 
 
421 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2968  major facilitator superfamily MFS_1  29.67 
 
 
414 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0277943 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2910  major facilitator transporter  30.13 
 
 
405 aa  154  4e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2651  major facilitator superfamily MFS_1  28.44 
 
 
453 aa  150  3e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.936595  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  29.77 
 
 
414 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0266  tetracycline resistance protein  31.37 
 
 
405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.968173  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  29.36 
 
 
428 aa  148  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2068  major facilitator transporter  30.39 
 
 
395 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.731019  normal  0.214462 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  27.98 
 
 
408 aa  147  5e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  30.65 
 
 
397 aa  146  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1774  major facilitator superfamily MFS_1  30.71 
 
 
430 aa  144  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1354  multidrug-efflux transporter  29.57 
 
 
370 aa  144  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2462  major facilitator superfamily MFS_1  27.8 
 
 
411 aa  143  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000109307  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4835  major facilitator transporter  30.24 
 
 
419 aa  144  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1186  major facilitator superfamily MFS_1  33.42 
 
 
402 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.924769  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1648  major facilitator transporter  28.93 
 
 
415 aa  143  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0811808 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3850  major facilitator transporter  32.9 
 
 
397 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.369274  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1661  major facilitator transporter  30.89 
 
 
406 aa  141  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.171561  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1682  major facilitator transporter  30.64 
 
 
412 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707903  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0530  major facilitator transporter  31.8 
 
 
415 aa  139  7.999999999999999e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.308388  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1303  major facilitator superfamily permease  31.85 
 
 
414 aa  139  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2249  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  29.86 
 
 
406 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0638588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0923  major facilitator transporter  29.88 
 
 
406 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311973  normal  0.133556 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2426  tetracycline resistance protein  27.07 
 
 
411 aa  138  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0153  tetracycline resistance protein, class A  28.16 
 
 
424 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3394  major facilitator superfamily MFS_1  29.67 
 
 
408 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0032  tetracycline resistance protein, class A  28.16 
 
 
399 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.581594 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0042  tetracycline repressor protein TetA, class A  28.16 
 
 
424 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21761  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  31.6 
 
 
414 aa  137  5e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.407538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2504  tetracycline-efflux transporter, putative  26.34 
 
 
411 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00179141  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2330  major facilitator transporter  29.08 
 
 
411 aa  135  9e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2062  major facilitator transporter  27.96 
 
 
436 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.020715 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0682  major facilitator transporter  31.15 
 
 
397 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0047  major facilitator superfamily MFS_1  34.31 
 
 
401 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2904  tetracycline resistance protein  26.34 
 
 
411 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.316872  normal  0.10266 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3307  major facilitator transporter  30.18 
 
 
405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0906362  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18291  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  29.53 
 
 
417 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0657  major facilitator transporter  31.15 
 
 
397 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0731  major facilitator transporter  32.01 
 
 
399 aa  131  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0973  major facilitator transporter  29.2 
 
 
406 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0924739  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0278  major facilitator transporter  32.01 
 
 
399 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0762  major facilitator transporter  32.01 
 
 
399 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0314  major facilitator superfamily MFS_1  27.54 
 
 
396 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29931  multidrug ABC transporter  29.28 
 
 
435 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.910726 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2150  major facilitator superfamily MFS_1  26.93 
 
 
406 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.357257  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2993  major facilitator superfamily MFS_1  28.19 
 
 
394 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0641153  normal  0.947318 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3044  major facilitator transporter  29.85 
 
 
405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2291  major facilitator superfamily permease  29.71 
 
 
419 aa  127  5e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4724  tetracycline resistance protein, class B  27.11 
 
 
401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357008  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1298  major facilitator superfamily MFS_1  32.32 
 
 
402 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.148337  normal  0.167522 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1706  major facilitator transporter  26.29 
 
 
411 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.20478  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0813  class H tetracycline resistance efflux protein  26.51 
 
 
449 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0342  major facilitator superfamily permease  26.73 
 
 
396 aa  117  5e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2032  multidrug-efflux transporter quinolene resistance protein NorA  28.28 
 
 
396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1859  major facilitator superfamily MFS_1  27.17 
 
 
421 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0875597  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2662  major facilitator superfamily permease  30.08 
 
 
417 aa  114  3e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0113  major facilitator superfamily permease  26.29 
 
 
387 aa  113  7.000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000201698  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0999  multidrug resistance protein  28 
 
 
400 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000493568  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18861  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  26.94 
 
 
422 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.899402  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4444  multidrug resistance protein  27.5 
 
 
400 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.239413 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2776  major facilitator transporter  27.54 
 
 
412 aa  111  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.978343 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0744  major facilitator transporter  28.75 
 
 
433 aa  110  5e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0364296  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>