More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4370 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1354  major facilitator transporter  99.03 
 
 		 414 aa  776    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00928923  normal  0.137177 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0961  major facilitator transporter  95.16 
 
 		 414 aa  731    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4370  major facilitator transporter  100 
 
 		 413 aa  784    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0342792 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4495  major facilitator transporter  97.82 
 
 		 414 aa  723    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.662231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2560  major facilitator transporter  56.36 
 
 		 415 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.48129 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0048  major facilitator transporter  45.83 
 
 		 409 aa  299  7e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.848234  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4110  multidrug translocase MdfA  45.68 
 
 		 409 aa  298  8e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0092  major facilitator transporter  46.52 
 
 		 415 aa  291  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3760  multidrug translocase  44.7 
 
 		 386 aa  288  1e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1334  major facilitator transporter  44.23 
 
 		 411 aa  286  7e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.152063 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0869  multidrug translocase MdfA  44.51 
 
 		 410 aa  280  3e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.468939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0904  multidrug translocase MdfA  44.23 
 
 		 410 aa  279  5e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2800  major facilitator transporter  44.23 
 
 		 410 aa  279  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00809  multidrug efflux system protein  44.23 
 
 		 410 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2800  major facilitator superfamily MFS_1  44.23 
 
 		 410 aa  279  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.245605  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00826  hypothetical protein  44.23 
 
 		 410 aa  279  7e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0995  multidrug translocase MdfA  44.23 
 
 		 410 aa  279  7e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.462654  normal  0.0714029 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0914  multidrug translocase MdfA  43.96 
 
 		 410 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0999  multidrug resistance protein MdtM  44.51 
 
 		 410 aa  275  9e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0902  multidrug resistance protein MdtM  44.51 
 
 		 410 aa  275  9e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1018  multidrug resistance protein MdtM  44.51 
 
 		 410 aa  275  9e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.283578  normal  0.445773 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0938  multidrug resistance protein MdtM  44.51 
 
 		 410 aa  275  9e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0970  multidrug resistance protein MdtM  44.51 
 
 		 410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1356  hypothetical protein  36.87 
 
 		 426 aa  249  6e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1360  hypothetical protein  36.87 
 
 		 426 aa  249  9e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4939  multidrug resistance protein MdtM  34 
 
 		 410 aa  231  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3725  major facilitator transporter  35.22 
 
 		 408 aa  229  5e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04206  multidrug efflux system protein  33.75 
 
 		 410 aa  229  6e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.652544  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3658  major facilitator superfamily MFS_1  33.75 
 
 		 410 aa  229  6e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04169  hypothetical protein  33.75 
 
 		 410 aa  229  6e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.596573  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4884  multidrug resistance protein MdtM  34.95 
 
 		 410 aa  229  7e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5851  multidrug resistance protein MdtM  33.75 
 
 		 410 aa  229  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.720836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4565  multidrug resistance protein MdtM  33.75 
 
 		 410 aa  228  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4767  multidrug resistance protein MdtM  33.5 
 
 		 410 aa  227  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4922  multidrug resistance protein MdtM  35.73 
 
 		 413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.353329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4774  multidrug resistance protein MdtM  35.73 
 
 		 413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.158436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4872  multidrug resistance protein MdtM  35.73 
 
 		 413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.891982 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4920  multidrug resistance protein MdtM  35.73 
 
 		 413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.998541  normal  0.506347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4848  multidrug resistance protein MdtM  35.73 
 
 		 413 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4448  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.71 
 
 		 424 aa  126  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0777  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.19 
 
 		 418 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  32.27 
 
 		 402 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2800  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.75 
 
 		 411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.72 
 
 		 405 aa  116  8.999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  32.42 
 
 		 414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.18 
 
 		 405 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.1 
 
 		 398 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3304  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  27.91 
 
 		 412 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0252324 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2421  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.38 
 
 		 416 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.18 
 
 		 405 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.81 
 
 		 401 aa  110  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.56 
 
 		 401 aa  110  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.81 
 
 		 399 aa  110  6e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.81 
 
 		 399 aa  109  8.000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.18 
 
 		 434 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0876  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.8 
 
 		 405 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.453625  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0009  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.29 
 
 		 394 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000450315 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.03 
 
 		 393 aa  109  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3830  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.18 
 
 		 413 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.423466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1915  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.49 
 
 		 411 aa  107  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0774  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.57 
 
 		 403 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0782  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1767  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.32 
 
 		 397 aa  107  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.32 
 
 		 405 aa  107  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.42 
 
 		 424 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1774  Bcr/CflA family drug resistance transporter  28.57 
 
 		 395 aa  107  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.53 
 
 		 396 aa  106  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0683  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.13 
 
 		 403 aa  107  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.8441  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2033  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.57 
 
 		 403 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1058  Bcr/CflA family drug resistance transporter  28.57 
 
 		 403 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.57 
 
 		 403 aa  106  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.356599  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 		 396 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 		 396 aa  106  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 		 396 aa  106  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  26.93 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5334  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  25.84 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 		 396 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3518  MFS permease  26.28 
 
 		 401 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0558  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.86 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.27 
 
 		 396 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.96 
 
 		 461 aa  105  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25390  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.64 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.721605  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3271  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.37 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.638949 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1765  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.88 
 
 		 413 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.236916  hitchhiker  0.00655505 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.66 
 
 		 400 aa  104  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0318  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  24.9 
 
 		 402 aa  103  4e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  27.58 
 
 		 426 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.76 
 
 		 405 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3344  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.34 
 
 		 411 aa  103  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0616341 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1659  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.01 
 
 		 398 aa  103  6e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.76 
 
 		 405 aa  103  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.76 
 
 		 458 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.6 
 
 		 412 aa  102  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003780  permease  32.66 
 
 		 400 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1975  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  26.18 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.03 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2692  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.96 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0881  drug resistance translocator protein  28.16 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0515514  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.69 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0049  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  26.85 
 
 		 400 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414965 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2665  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.93 
 
 		 408 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126331  hitchhiker  0.00560959 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>