256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0110 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0110  2-oxopent-4-enoate hydratase  100 
 
 		 254 aa  493  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00322536  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3930  hydratase/decarboxylase  54.2 
 
 		 238 aa  196  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0554783  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1911  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  41.45 
 
 		 256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123637 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3399  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  38.19 
 
 		 260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3024  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  40.26 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.332921 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4255  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  36.94 
 
 		 257 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1231  putative hydratase/decarboxylase  37.39 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.2162  normal  0.357566 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2003  putative hydratase/decarboxylase  34.13 
 
 		 253 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.378768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6957  Hydratase/decarboxylase  36.28 
 
 		 249 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5715  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  36.51 
 
 		 253 aa  102  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.480508 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6932  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  36.51 
 
 		 253 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.228017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2148  putative hydratase/decarboxylase  35.34 
 
 		 266 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.691188 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6468  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  35.71 
 
 		 253 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.391434 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1441  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  35.32 
 
 		 253 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6387  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  35.32 
 
 		 253 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.956579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7051  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  35.32 
 
 		 253 aa  99  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5380  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  36.65 
 
 		 254 aa  98.6  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.506501  normal  0.128473 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0042  hydratase/decarboxylase family protein  36.76 
 
 		 366 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0175  putative hydratase/decarboxylase  33.46 
 
 		 261 aa  96.7  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293299  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1543  hydratase/decarboxylase family protein  36.29 
 
 		 254 aa  96.3  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.112303  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1455  hydratase/decarboxylase family protein  36.03 
 
 		 254 aa  95.9  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.44965  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2258  putative hydratase/decarboxylase  33.73 
 
 		 253 aa  95.5  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0643634  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1322  hydratase/decarboxylase family protein  36 
 
 		 254 aa  92.4  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.831556  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0623  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  32.88 
 
 		 253 aa  91.3  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0105  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  37.66 
 
 		 265 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5145  putative hydratase  33.33 
 
 		 257 aa  89.4  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0494321  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2908  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  32.81 
 
 		 252 aa  89.7  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.357805  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3472  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.92 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.102578  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1165  putative hydratase protein  33.61 
 
 		 251 aa  87  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.371203 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5513  putative hydratase/decarboxylase  32.91 
 
 		 263 aa  87.8  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.560438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2133  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase  33.92 
 
 		 261 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2884  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.58 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5795  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  32.81 
 
 		 267 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4042  hydratase/decarboxylase family protein  31.03 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3602  hydratase/decarboxylase family protein  31.8 
 
 		 271 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2038  putative hydratase  33.49 
 
 		 268 aa  79.3  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.450204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0561  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  34.3 
 
 		 256 aa  79  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5798  hydratase/decarboxylase family protein  31.76 
 
 		 269 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000214426  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13569  hydratase  32.16 
 
 		 261 aa  76.6  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000748615 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3446  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  32.92 
 
 		 276 aa  74.7  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0212  hypothetical protein  31.52 
 
 		 272 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0650  putative hydratase  31.78 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3428  hydratase/decarboxylase family protein  28.74 
 
 		 280 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0524  hydratase/decarboxylase family protein  28.9 
 
 		 280 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0439  2-oxopent-4-enoate hydratase  37.89 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0138498 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0572  hydratase/decarboxylase family protein  32.08 
 
 		 267 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.733432 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4271  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  29.66 
 
 		 268 aa  72.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.623769  normal  0.550033 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3902  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.82 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.561065 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2460  4-oxalocrotonate decarboxylase  35.85 
 
 		 260 aa  72  0.000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.768834  normal  0.296337 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3524  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  31.61 
 
 		 261 aa  72  0.000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1777  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.33 
 
 		 257 aa  71.2  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0633  hydratase/decarboxylase family protein  31.38 
 
 		 268 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1321  hydratase/decarboxylase  32.7 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0604012  normal  0.404919 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0577  hydratase/decarboxylase family protein  30.96 
 
 		 267 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4144  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.33 
 
 		 260 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.246439 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2785  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.96 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.197083 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4085  2-oxopent-4-enoate hydratase  30.7 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000524317 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0909  2-oxopent-4-enoate hydratase  32.93 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1466  4-oxalocrotonate decarboxylase  36.25 
 
 		 273 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0548  hydratase/decarboxylase family protein  31.67 
 
 		 267 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3612  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  31.09 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1189  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase (BphH)  33.33 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2273  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.75 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2125  4-oxalocrotonate decarboxylase  33.06 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.740862  normal  0.868744 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.15 
 
 		 280 aa  68.9  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5044  4-oxalocrotonate decarboxylase  35 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4661  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.38 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.930854  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4749  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.38 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0856703  normal  0.088822 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2077  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.96 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.849096  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3091  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.96 
 
 		 260 aa  68.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.42559  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2296  2-oxopent-4-enoate hydratase  31.06 
 
 		 259 aa  67.8  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5236  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.31 
 
 		 261 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.270652 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3785  hydratase/decarboxylase  32.62 
 
 		 260 aa  67.4  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0026227  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1186  4-oxalocrotonate decarboxylase  35 
 
 		 264 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0763202  normal  0.362959 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8638  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  30.42 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.423963  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3544  2-oxopent-4-enoate hydratase  32.5 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.127016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4620  2-oxopent-4-enoate hydratase  32.5 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.275598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4066  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  31.22 
 
 		 274 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.597772 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0222  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.28 
 
 		 262 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5829  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  29.11 
 
 		 267 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.193631  normal  0.310568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1392  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.87 
 
 		 263 aa  67  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3343  2-oxopent-4-enoate hydratase  32.08 
 
 		 260 aa  66.6  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3762  hydratase/decarboxylase family protein  31.25 
 
 		 267 aa  66.6  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42150  2-hydroxypent-2,4-dienoate hydratase  33.33 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.293913  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3457  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.74 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3464  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.24 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0381  2-keto-4-pentenoate hydratase  33.53 
 
 		 269 aa  65.9  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.795138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3689  hydratase/decarboxylase  34.85 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3275  2-keto-4-pentenoate hydratase  33.53 
 
 		 269 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.235013  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2155  2-hydroxypenta-2,4-dienoate hydratase, putative  25.79 
 
 		 255 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0414  2-keto-4-pentenoate hydratase  33.53 
 
 		 269 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3527  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.57 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0374  2-keto-4-pentenoate hydratase  33.53 
 
 		 269 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.832182  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2774  hydratase/decarboxylase  31.87 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000469641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1459  4-oxalocrotonate decarboxylase  34.36 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.512129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5691  4-oxalocrotonate decarboxylase  31.87 
 
 		 260 aa  65.5  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3520  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.96 
 
 		 263 aa  65.1  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0986627 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3256  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.93 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0200  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  30.92 
 
 		 260 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.428998  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00308  hypothetical protein  32.93 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.527408  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>