72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2908 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2908  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  100 
 
 		 252 aa  504  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.357805  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0561  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  55.33 
 
 		 256 aa  256  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5145  putative hydratase  54.44 
 
 		 257 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0494321  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3446  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  50.2 
 
 		 276 aa  234  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0650  putative hydratase  50.2 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0212  hypothetical protein  46.21 
 
 		 272 aa  212  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3930  hydratase/decarboxylase  36.25 
 
 		 238 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0554783  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3024  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  35.11 
 
 		 254 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.332921 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0110  2-oxopent-4-enoate hydratase  33.77 
 
 		 254 aa  89  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00322536  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0623  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  32.55 
 
 		 253 aa  87  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6957  Hydratase/decarboxylase  30.3 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1231  putative hydratase/decarboxylase  28.94 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.2162  normal  0.357566 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4255  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  27.95 
 
 		 257 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1911  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  29.25 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.123637 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3399  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  28.51 
 
 		 260 aa  74.7  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2003  putative hydratase/decarboxylase  26.09 
 
 		 253 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.378768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5715  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  27.49 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.480508 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2258  putative hydratase/decarboxylase  28.52 
 
 		 253 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0643634  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6387  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  27.96 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.956579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1441  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  27.96 
 
 		 253 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6468  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  26.69 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.391434 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2148  putative hydratase/decarboxylase  26.8 
 
 		 266 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.691188 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2055  4-oxalocrotonate decarboxylase  32.2 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0304181  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6932  2-keto-4-pentenoate hydratase-like  25.79 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.228017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7051  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  27.42 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2055  2-keto-4-pentenoate hydratase  25.32 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.247079  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4271  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  28.04 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.623769  normal  0.550033 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4569  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.98 
 
 		 264 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147074 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0042  hydratase/decarboxylase family protein  28.12 
 
 		 366 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2133  putative 2-keto-4-pentenoate hydratase  26.69 
 
 		 261 aa  53.9  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1543  hydratase/decarboxylase family protein  28.12 
 
 		 254 aa  53.5  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.112303  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1455  hydratase/decarboxylase family protein  28.12 
 
 		 254 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.44965  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3464  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.25 
 
 		 266 aa  52.4  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2125  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.38 
 
 		 264 aa  52  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.740862  normal  0.868744 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5513  putative hydratase/decarboxylase  31.14 
 
 		 263 aa  51.6  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.560438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5380  2-keto-4-pentenoate hydratase-like protein  27.5 
 
 		 254 aa  50.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.506501  normal  0.128473 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0794  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.71 
 
 		 261 aa  49.7  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  24.52 
 
 		 262 aa  49.3  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0175  putative hydratase/decarboxylase  29.88 
 
 		 261 aa  49.3  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293299  normal  0.703391 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3781  hydratase/decarboxylase  22.75 
 
 		 262 aa  47.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0303669  decreased coverage  0.000202677 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3342  4-oxalocrotonate decarboxylase  23.77 
 
 		 262 aa  47  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1392  4-oxalocrotonate decarboxylase  27.33 
 
 		 263 aa  47  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0975696 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2272  4-oxalocrotonate decarboxylase  23.11 
 
 		 268 aa  47.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.866391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0905  hydratase/decarboxylase  28.66 
 
 		 263 aa  47  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0436706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3499  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  25.62 
 
 		 266 aa  47  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00827858 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1767  2-keto-4-pentenoate hydratase, putative  26.72 
 
 		 271 aa  46.2  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1406  4-oxalocrotonate decarboxylase  26.19 
 
 		 261 aa  46.2  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1318  hydratase/decarboxylase  21.97 
 
 		 262 aa  45.8  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288999  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1061  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.69 
 
 		 267 aa  45.4  0.0008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.88697  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1158  2-keto-4-pentenoate hydratase  26.16 
 
 		 267 aa  45.4  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1618  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.71 
 
 		 259 aa  44.7  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1322  hydratase/decarboxylase family protein  28.12 
 
 		 254 aa  45.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.831556  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1076  hydratase/decarboxylase  23.72 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0633702  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4313  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  25.97 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2111  4-oxalocrotonate decarboxylase  30.57 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2038  putative hydratase  26.32 
 
 		 268 aa  44.3  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.450204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2504  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  24.05 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4132  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  27.5 
 
 		 267 aa  43.5  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.138195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4619  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.53 
 
 		 263 aa  43.5  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5436  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.19 
 
 		 274 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.635895 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2075  hydratase/decarboxylase family protein  26.92 
 
 		 258 aa  43.5  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.488863  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5833  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.19 
 
 		 274 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3543  4-oxalocrotonate decarboxylase  25.53 
 
 		 263 aa  43.5  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0271382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13569  hydratase  28.31 
 
 		 261 aa  43.1  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000748615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1354  hydratase/decarboxylase  28.05 
 
 		 262 aa  43.1  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000612409  decreased coverage  0.00000118865 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1790  4-oxalocrotonate decarboxylase  28.07 
 
 		 263 aa  43.1  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0308919  normal  0.205885 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0225  4-oxalocrotonate decarboxylase  29.09 
 
 		 269 aa  42.7  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00468493  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0572  hydratase/decarboxylase family protein  22.02 
 
 		 267 aa  42.4  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.733432 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3242  hydratase/decarboxylase  28.3 
 
 		 260 aa  42.4  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000968427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1627  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  26.32 
 
 		 267 aa  42  0.01  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.72873 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3527  4-oxalocrotonate decarboxylase  30 
 
 		 265 aa  42  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3658  2-oxo-hepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  27.08 
 
 		 267 aa  42  0.01  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.504721 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>