More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4869 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
337 aa  705  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  72.4 
 
 
335 aa  523  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  70.35 
 
 
347 aa  508  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  70.35 
 
 
347 aa  506  1e-142  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  70.35 
 
 
347 aa  507  1e-142  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.58985e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  63.42 
 
 
335 aa  463  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 
342 aa  263  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 
330 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  36.72 
 
 
331 aa  213  3e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.93 
 
 
325 aa  203  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  36.04 
 
 
330 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  34.12 
 
 
336 aa  194  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  43.32 
 
 
323 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.23 
 
 
329 aa  186  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  31.45 
 
 
334 aa  174  3e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 
334 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  32.05 
 
 
331 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  33.63 
 
 
336 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  30.27 
 
 
334 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 
326 aa  166  7e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 
332 aa  165  8e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  2.78765e-05 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 
328 aa  164  2e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.23 
 
 
335 aa  164  2e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  35.59 
 
 
326 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 
306 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 
351 aa  159  6e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 
326 aa  159  7e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6714e-05 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 
339 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 
324 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  36.75 
 
 
341 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.56 
 
 
327 aa  157  3e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  28.36 
 
 
336 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  37.5 
 
 
337 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  28.27 
 
 
334 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  27.19 
 
 
324 aa  154  2e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  30.16 
 
 
340 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 
348 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 
324 aa  153  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.34033e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 
332 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 
327 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.64 
 
 
326 aa  150  4e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.94 
 
 
324 aa  149  6e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  27.94 
 
 
321 aa  148  1e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  35.68 
 
 
333 aa  148  1e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  33.56 
 
 
322 aa  147  2e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  33.33 
 
 
319 aa  148  2e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  35.35 
 
 
320 aa  147  2e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  33.55 
 
 
354 aa  147  2e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.48 
 
 
325 aa  146  4e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
322 aa  146  4e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  29.73 
 
 
332 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3021  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 
372 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 
285 aa  146  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 
360 aa  145  7e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 
299 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 
337 aa  143  5e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6166  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 
362 aa  142  6e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0220245  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  34.25 
 
 
347 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3774  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 
349 aa  142  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964953  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 
320 aa  142  9e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
327 aa  141  2e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  33.49 
 
 
345 aa  141  2e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  33.2 
 
 
320 aa  140  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  34.1 
 
 
338 aa  140  4e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  33.8 
 
 
331 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  31.88 
 
 
319 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 
334 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 
332 aa  137  3e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  27.3 
 
 
326 aa  137  3e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 
329 aa  137  3e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 
343 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 
332 aa  137  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2641  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 
338 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 
333 aa  136  6e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0916  AraC family transcriptional regulator  33.23 
 
 
335 aa  136  7e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 
330 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 
344 aa  135  9e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2612  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 
341 aa  135  1e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2002  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 
341 aa  135  1e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.513633  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2695  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 
344 aa  134  2e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.448661  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 
330 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2532  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
333 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1097  ThiJ/PfpI domain protein  31.09 
 
 
350 aa  133  4e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0266562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 
320 aa  133  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  33.64 
 
 
361 aa  132  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.7 
 
 
293 aa  132  6e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 
326 aa  132  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5129  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 
326 aa  132  1e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4046  transcriptional regulator, AraC family  29.39 
 
 
327 aa  132  1e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.188489  normal  0.0112256 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  31.94 
 
 
361 aa  131  1e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 
348 aa  131  2e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 
338 aa  130  2e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  33.18 
 
 
329 aa  131  2e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 
330 aa  131  2e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 
317 aa  131  2e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  28.67 
 
 
317 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 
354 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 
338 aa  130  4e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1693  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 
321 aa  130  4e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.69841  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3383  transcriptional regulator  27.38 
 
 
320 aa  130  4e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.690138  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>