More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_4048 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_4048  integrase family protein  100 
 
 		 343 aa  706    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.900099 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3356  phage integrase family protein  52.24 
 
 		 352 aa  354  1e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4117  integrase family protein  52.73 
 
 		 337 aa  351  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.944065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0401  integrase family protein  53.68 
 
 		 337 aa  351  1e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.663201  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3686  putative phage integrase  50.16 
 
 		 322 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0710  integrase family protein  50.95 
 
 		 324 aa  315  9e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4797  phage integrase  38.41 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4530  phage integrase family site specific recombinase  35.4 
 
 		 449 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4434  phage integrase family site specific recombinase  35.74 
 
 		 427 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51650  putative integrase  35.74 
 
 		 426 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000506916  hitchhiker  0.0000630791 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36590  phage integrase  34.77 
 
 		 415 aa  187  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.706618  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1421  Phage integrase  35.08 
 
 		 468 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.602834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0001  integrase  32.03 
 
 		 265 aa  151  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60140  xerD-like putative integrase  33.58 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000287702  hitchhiker  0.00000000219898 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0743  phage integrase family site specific recombinase  47.92 
 
 		 102 aa  89.4  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  27.05 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.21 
 
 		 300 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1185  integrase family protein  25.08 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  27.47 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.2 
 
 		 311 aa  62.8  0.000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.88 
 
 		 303 aa  62  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.47 
 
 		 313 aa  62  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  23.92 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  26.37 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  23.53 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.68 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  24.63 
 
 		 337 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  22.15 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  21.34 
 
 		 329 aa  59.7  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  24.63 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  24.63 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  23.14 
 
 		 302 aa  59.3  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  25.35 
 
 		 304 aa  58.9  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  26.9 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  23.57 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  31.25 
 
 		 412 aa  57  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  22.76 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  29.22 
 
 		 310 aa  57  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  27.95 
 
 		 293 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  24.35 
 
 		 332 aa  55.5  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  24.23 
 
 		 398 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  23.19 
 
 		 304 aa  55.8  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3587  integrase family protein  22.5 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  decreased coverage  0.00000000515843  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  22.58 
 
 		 429 aa  55.1  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  21.93 
 
 		 291 aa  55.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  28.03 
 
 		 299 aa  54.7  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  26.54 
 
 		 295 aa  54.3  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  27.39 
 
 		 296 aa  54.3  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.14 
 
 		 299 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.74 
 
 		 300 aa  53.9  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  21.97 
 
 		 304 aa  54.3  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  27.22 
 
 		 310 aa  53.9  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0240  tyrosine recombinase XerC subunit  27.69 
 
 		 291 aa  53.9  0.000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.295303  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  32.28 
 
 		 297 aa  53.9  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  31.87 
 
 		 305 aa  53.9  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0952  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.53 
 
 		 329 aa  53.5  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  23.41 
 
 		 294 aa  53.5  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.45 
 
 		 299 aa  53.5  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  30.25 
 
 		 298 aa  53.1  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  25.56 
 
 		 296 aa  53.1  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  28.05 
 
 		 331 aa  52.8  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  30.06 
 
 		 302 aa  52.8  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  28.57 
 
 		 291 aa  52.8  0.000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  26.75 
 
 		 296 aa  52.4  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  27.16 
 
 		 298 aa  52  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  27.61 
 
 		 295 aa  52  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0039  integrase/recombinase  32.38 
 
 		 159 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  20.72 
 
 		 291 aa  52  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  24.1 
 
 		 298 aa  51.6  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  23.64 
 
 		 290 aa  51.6  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  22.73 
 
 		 299 aa  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0810  putative phage integrase  53.66 
 
 		 49 aa  51.6  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  28.57 
 
 		 310 aa  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  31.1 
 
 		 254 aa  51.2  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  29.81 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  24.52 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0380  tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 304 aa  51.6  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  23.89 
 
 		 317 aa  51.6  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0163  phage integrase family site specific recombinase  55 
 
 		 48 aa  50.8  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000123199 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  24.91 
 
 		 365 aa  50.8  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  26.44 
 
 		 400 aa  50.8  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  23.47 
 
 		 286 aa  50.8  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.65 
 
 		 305 aa  50.4  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  25.61 
 
 		 404 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 296 aa  50.8  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.71 
 
 		 300 aa  50.4  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 298 aa  50.4  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47730  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 299 aa  50.8  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0435757  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.59 
 
 		 298 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5230  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.69 
 
 		 299 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  22.94 
 
 		 301 aa  50.4  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 296 aa  50.1  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  30 
 
 		 295 aa  50.1  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  23.45 
 
 		 291 aa  50.4  0.00005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 278 aa  50.1  0.00005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>