More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0416 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  100 
 
 		 576 aa  1118    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  54.87 
 
 		 698 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  54.35 
 
 		 689 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.85 
 
 		 704 aa  501  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  54.52 
 
 		 499 aa  399  9.999999999999999e-111  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.1 
 
 		 576 aa  387  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  52.47 
 
 		 466 aa  385  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  54.93 
 
 		 598 aa  373  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  55.2 
 
 		 598 aa  375  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  64.12 
 
 		 687 aa  358  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  63.88 
 
 		 795 aa  356  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  61.92 
 
 		 690 aa  355  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.49 
 
 		 601 aa  352  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  62.74 
 
 		 736 aa  349  7e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  63.53 
 
 		 577 aa  347  4e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  59.93 
 
 		 743 aa  347  4e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  62.98 
 
 		 680 aa  346  6e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  64.86 
 
 		 784 aa  343  5e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.72 
 
 		 669 aa  343  7e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  57.38 
 
 		 674 aa  342  1e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.03 
 
 		 620 aa  341  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  64.78 
 
 		 576 aa  340  4e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.95 
 
 		 528 aa  332  1e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  64 
 
 		 676 aa  330  6e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.66 
 
 		 327 aa  315  9.999999999999999e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  59.92 
 
 		 508 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.66 
 
 		 466 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.92 
 
 		 489 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  63.09 
 
 		 296 aa  300  6e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  63.79 
 
 		 322 aa  299  8e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  60.78 
 
 		 422 aa  299  9e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  59.07 
 
 		 372 aa  291  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  62.13 
 
 		 247 aa  288  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.73 
 
 		 457 aa  287  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  59.23 
 
 		 293 aa  286  8e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.32 
 
 		 501 aa  286  9e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  58.75 
 
 		 264 aa  269  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  57.46 
 
 		 286 aa  266  7e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  53.06 
 
 		 270 aa  239  9e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  53.57 
 
 		 285 aa  232  2e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  42.01 
 
 		 567 aa  172  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 398 aa  171  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  46.33 
 
 		 736 aa  170  7e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 290 aa  169  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.04 
 
 		 328 aa  165  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.33 
 
 		 686 aa  162  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  36.82 
 
 		 331 aa  160  5e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.1 
 
 		 355 aa  160  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  39.76 
 
 		 379 aa  159  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.78 
 
 		 332 aa  159  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  38.93 
 
 		 278 aa  158  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  40.39 
 
 		 386 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  40.39 
 
 		 386 aa  157  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 271 aa  157  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 554 aa  155  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 594 aa  155  2e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 624 aa  155  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  38.29 
 
 		 289 aa  154  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  40.28 
 
 		 587 aa  154  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.65 
 
 		 631 aa  154  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.1 
 
 		 325 aa  154  5e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.9 
 
 		 615 aa  154  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  39.08 
 
 		 594 aa  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  42.42 
 
 		 409 aa  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 291 aa  153  7e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.06 
 
 		 291 aa  153  7e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45.16 
 
 		 239 aa  153  8e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.35 
 
 		 258 aa  153  8e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  37.7 
 
 		 598 aa  153  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.49 
 
 		 408 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 291 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 405 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.82 
 
 		 274 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.06 
 
 		 355 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.06 
 
 		 355 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  39.29 
 
 		 417 aa  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  38.25 
 
 		 554 aa  151  4e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.06 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.33 
 
 		 253 aa  150  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.53 
 
 		 633 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  40.83 
 
 		 344 aa  150  5e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.36 
 
 		 294 aa  150  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  37.23 
 
 		 626 aa  150  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  39.36 
 
 		 294 aa  150  8e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  37.79 
 
 		 554 aa  150  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  40.72 
 
 		 556 aa  150  9e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  37.79 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  37.79 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.79 
 
 		 513 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  38.25 
 
 		 502 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  37.79 
 
 		 554 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  40.24 
 
 		 290 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 		 340 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 385 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  41.33 
 
 		 466 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.96 
 
 		 291 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  40.96 
 
 		 291 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  40.56 
 
 		 291 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 251 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  38.43 
 
 		 382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>