263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0064 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0066  sucrose phosphorylase  99.39 
 
 
494 aa  1017  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.18626e-09 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0066  sucrose phosphorylase  88.62 
 
 
492 aa  921  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.530318  hitchhiker  0.00316152 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0061  sucrose phosphorylase  88.82 
 
 
492 aa  923  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4288  sucrose phosphorylase  89.23 
 
 
492 aa  924  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00965772  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0062  sucrose phosphorylase  99.19 
 
 
494 aa  1015  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0945971  unclonable  3.50237e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0065  sucrose phosphorylase  88.62 
 
 
492 aa  921  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3990  sucrose phosphorylase  73.73 
 
 
493 aa  763  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00149762  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0064  sucrose phosphorylase  100 
 
 
494 aa  1024  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  7.22293e-08 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01971  sucrose phosphorylase  59.76 
 
 
498 aa  604  1e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0232  sucrose phosphorylase  53.77 
 
 
493 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.528502  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1331  sucrose phosphorylase  51.26 
 
 
508 aa  510  1e-143  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00201506  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3361  alpha amylase catalytic region  51.92 
 
 
491 aa  491  1e-137  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00605646 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0651  sucrose phosphorylase  37.03 
 
 
482 aa  340  5e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0824794  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0241  Sucrose phosphorylase  39.52 
 
 
483 aa  336  6e-91  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1779  glycosidase  40.53 
 
 
489 aa  333  4e-90  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0384  glycosidase  39.77 
 
 
492 aa  322  7e-87  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00983965  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1542  sucrose phosphorylase  37.4 
 
 
485 aa  313  3e-84  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.296567  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1813  alpha amylase family protein  31.67 
 
 
559 aa  200  6e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.653374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1424  alpha amylase family protein  31.45 
 
 
559 aa  199  8e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2165  alpha amylase, catalytic region  29.61 
 
 
565 aa  199  9e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0993887 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2316  alpha amylase catalytic region  31.45 
 
 
559 aa  199  1e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.278573  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01286  predicted glucosyltransferase  31.45 
 
 
559 aa  199  1e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1519  alpha amylase family protein  31.45 
 
 
559 aa  199  1e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2337  alpha amylase catalytic region  31.45 
 
 
559 aa  199  1e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0459721  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1248  alpha amylase catalytic region  32.82 
 
 
568 aa  196  6e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.55232  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0665  alpha amylase catalytic region  30 
 
 
555 aa  184  4e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.694695  normal  0.614349 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2164  alpha amylase, catalytic region  30.63 
 
 
586 aa  181  3e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.659302  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3029  alpha amylase catalytic subunit  30.57 
 
 
556 aa  176  1e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.172997 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2600  sucrose phosphorylase  29.69 
 
 
591 aa  174  2e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0436867 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2606  alpha amylase domain-containing protein  27.78 
 
 
575 aa  172  1e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.281377 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1523  alpha amylase catalytic region  30.72 
 
 
561 aa  171  3e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.346384  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0418  alpha amylase, catalytic region  28.95 
 
 
577 aa  171  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.537622  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1771  alpha amylase catalytic region  26.9 
 
 
585 aa  164  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.232326  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10441  glycoside hydrolase family protein  27.19 
 
 
589 aa  162  9e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09141  glycoside hydrolase family protein  26.07 
 
 
583 aa  162  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264002 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0246  alpha amylase domain-containing protein  26.07 
 
 
583 aa  162  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2243  alpha amylase domain-containing protein  26.19 
 
 
575 aa  160  5e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2573  alpha amylase, catalytic region  28.1 
 
 
578 aa  160  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000337914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2580  alpha amylase, catalytic region  28.1 
 
 
578 aa  160  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.008896  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2566  alpha amylase, catalytic region  28.1 
 
 
578 aa  160  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0104089  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0774  Alpha amylase, catalytic region  29.03 
 
 
589 aa  158  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0506  putative sucrose phosphorylase  29.39 
 
 
544 aa  158  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2588  alpha amylase  29.86 
 
 
598 aa  157  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02161  putative sucrose phosphorylase  28.54 
 
 
584 aa  155  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06751  glycoside hydrolase family protein  26.55 
 
 
578 aa  155  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.335085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3210  sucrose phosphorylase  28.91 
 
 
596 aa  154  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08951  glycoside hydrolase family protein  26.52 
 
 
586 aa  154  5e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.497034  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08971  glycoside hydrolase family protein  26.29 
 
 
586 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.540308  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1824  putative sucrose phosphorylase  27.63 
 
 
587 aa  151  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.552548  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2846  alpha amylase, catalytic region  27.19 
 
 
581 aa  151  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.218279  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0838  alpha amylase domain-containing protein  26.68 
 
 
586 aa  149  1e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0152  trehalose synthase  23.91 
 
 
1113 aa  75.1  3e-12  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0537  trehalose synthase-like protein  24.01 
 
 
556 aa  70.9  5e-11  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1096  trehalose synthase  25.35 
 
 
587 aa  70.5  7e-11  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00646319 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1153  alpha amylase catalytic region  22.41 
 
 
657 aa  68.6  3e-10  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00213284  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0972  alpha amylase catalytic region  22.8 
 
 
644 aa  67.8  4e-10  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2978  alpha amylase, catalytic region  23.25 
 
 
548 aa  68.2  4e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.533119  normal  0.0820165 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1307  alpha amylase catalytic region  24.18 
 
 
652 aa  67  7e-10  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  3.23164e-05 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1336  trehalose synthase  24.03 
 
 
567 aa  67  8e-10  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2828  trehalose synthase  24.45 
 
 
548 aa  66.6  9e-10  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3590  alpha amylase catalytic region  20.13 
 
 
661 aa  66.2  1e-09  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0704974 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0937  alpha amylase domain-containing protein  22.67 
 
 
548 aa  66.2  1e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2596  alpha amylase, catalytic region  22.67 
 
 
558 aa  65.5  2e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4096  trehalose synthase  25.11 
 
 
1139 aa  64.7  3e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.981031  normal  0.0225037 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0308  alpha amylase catalytic subunit  27.4 
 
 
636 aa  65.1  3e-09  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0851  trehalose synthase  23.91 
 
 
1108 aa  64.7  4e-09  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0305  alpha amylase, catalytic region  22.17 
 
 
646 aa  64.7  4e-09  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1728  trehalose synthase  25.19 
 
 
585 aa  64.3  5e-09  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0315  trehalose synthase-like protein  21.25 
 
 
1121 aa  64.3  5e-09  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3860  alpha amylase catalytic region  26.51 
 
 
667 aa  64.3  5e-09  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2029  alpha amylase domain-containing protein  27 
 
 
1100 aa  63.9  6e-09  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.269645 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3820  alpha amylase, catalytic region  22.59 
 
 
645 aa  62.8  1e-08  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.166544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0117  trehalose synthase  22.87 
 
 
1116 aa  62.8  1e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0236355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2030  alpha amylase, catalytic region  22.25 
 
 
638 aa  62  2e-08  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194844  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1106  trehalose synthase  25 
 
 
1123 aa  62.8  2e-08  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10330  trehalose synthase  25 
 
 
588 aa  62.4  2e-08  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163589  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02416  alpha-amlyase  22.65 
 
 
638 aa  62  2e-08  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2536  trehalose synthase  23.93 
 
 
1098 aa  62  2e-08  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.605311  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3928  alpha amylase catalytic region  22.93 
 
 
544 aa  62  2e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0136  trehalose synthase  22.48 
 
 
1116 aa  62  2e-08  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1690  alpha amylase catalytic region  22.77 
 
 
639 aa  62.4  2e-08  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.526546  normal  0.114706 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3079  alpha amylase catalytic region  25.57 
 
 
556 aa  62  3e-08  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.493465  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1908  alpha amylase catalytic region  22.58 
 
 
553 aa  61.6  3e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.834785  normal  0.122197 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1598  trehalose synthase  24.87 
 
 
1092 aa  61.6  3e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0248685 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0624  alpha amylase catalytic region  25.41 
 
 
570 aa  61.6  3e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00268544  normal  0.845236 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2917  trehalose synthase  27.1 
 
 
1130 aa  61.6  3e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1630  trehalose synthase  25.26 
 
 
562 aa  62  3e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.325402 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3605  alpha amylase catalytic region  22.73 
 
 
643 aa  61.6  3e-08  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3708  alpha amylase catalytic region  22.71 
 
 
521 aa  60.8  5e-08  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3684  alpha amylase catalytic region  24.65 
 
 
663 aa  60.8  5e-08  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5237  alpha amylase catalytic region  24.2 
 
 
554 aa  60.8  6e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0387802 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3263  trehalose synthase  21.25 
 
 
1121 aa  60.8  6e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4791  trehalose synthase  22.22 
 
 
1114 aa  60.1  8e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0872883  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2115  alpha amylase catalytic region  22.33 
 
 
553 aa  60.1  9e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232775  normal  0.0296214 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0211  trehalose synthase  24.62 
 
 
1105 aa  59.3  1e-07  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00676  alpha-amylase, amylosucrase  22.45 
 
 
649 aa  59.7  1e-07  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.145273  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1579  alpha amylase catalytic region  20.65 
 
 
543 aa  59.7  1e-07  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.125982 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2378  trehalose synthase  24.03 
 
 
1099 aa  58.9  2e-07  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0240  trehalose synthase  24.62 
 
 
1105 aa  58.5  2e-07  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2678  trehalose synthase  21.93 
 
 
1115 aa  59.3  2e-07  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>